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万見
- PDB-3rwl: Structure of P450pyr hydroxylase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rwl
タイトルStructure of P450pyr hydroxylase
要素Cytochrome P450 alkane hydroxylase 1 CYP153A7
キーワードOXIDOREDUCTASE / P450 monooxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


alkane 1-monooxygenase / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450 alkane hydroxylase 1 CYP153A7
類似検索 - 構成要素
生物種Sphingopyxis macrogoltabida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Pompidor, G.
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2012
タイトル: Evolving P450pyr hydroxylase for highly enantioselective hydroxylation at non-activated carbon atom.
著者: Pham, S.Q. / Pompidor, G. / Liu, J. / Li, X.D. / Li, Z.
履歴
登録2011年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月25日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 alkane hydroxylase 1 CYP153A7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8752
ポリマ－48,2591
非ポリマー6161
水5,008278
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.604, 112.604, 41.964
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450 alkane hydroxylase 1 CYP153A7


分子量: 48258.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphingopyxis macrogoltabida (バクテリア)
遺伝子: ahpG1, Sphingomonas sp. / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q5F4D9, alkane 1-monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 100 mM TRIS, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.736 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.736 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→48.759 Å / Num. all: 38307 / Num. obs: 38307 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 5.1 % / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2-2.114.80.5221.42398050460.52285.8
2.11-2.2450.3740.12625152270.37494.6
2.24-2.395.20.1983.82586349820.19895.3
2.39-2.585.10.1454.92385046600.14596
2.58-2.835.30.0947.82309743550.09497
2.83-3.165.20.071102082039900.07198.3
3.16-3.655.30.0513.81848234720.0598.1
3.65-4.475.20.0416.91559929900.0499
4.47-6.325.40.03618.31255023180.03699.4
6.32-48.7595.30.03418671112670.03499.5

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.9データスケーリング
SHELX位相決定
直接法位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XSCALEデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→48.759 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / WRfactor Rfree: 0.188 / WRfactor Rwork: 0.154 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8974 / SU B: 2.754 / SU ML: 0.078 / SU R Cruickshank DPI: 0.1346 / SU Rfree: 0.1279 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1962 1913 5 %RANDOM
Rwork0.1603 ---
obs0.1621 38304 95.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 70.13 Å2 / Biso mean: 27.3493 Å2 / Biso min: 2.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.17 Å20.09 Å20 Å2
2--0.17 Å20 Å2
3----0.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→48.759 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3229 0 43 278 3550
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0223430
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022379
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0851.9944679
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.14935753
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6695422
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.41323.036168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.02215590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4011536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1490.2502
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0213829
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02719
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3411.52048
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4041.5822
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.30723333
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.64831382
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.7214.51335
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 121 -
Rwork0.305 2266 -
all-2387 -
obs--81.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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