[日本語] English
万見
- PDB-3rwa: Crystal structure of circular-permutated mKate -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rwa
タイトルCrystal structure of circular-permutated mKate
要素Fluorescent protein FP480
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / GFP-like Fluoresent proteins / mkate / circular permutated
機能・相同性Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / Beta Barrel / Mainly Beta / Fluorescent protein FP480
機能・相同性情報
生物種Entacmaea quadricolor (イソギンチャク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Wang, Q. / Byrnes, L. / Sondermann, H.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Circular permutation of red fluorescent proteins.
著者: Shui, B. / Wang, Q. / Lee, F. / Byrnes, L.J. / Chudakov, D.M. / Lukyanov, S.A. / Sondermann, H. / Kotlikoff, M.I.
履歴
登録2011年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年9月14日Group: Database references
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42017年6月21日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_distant_solvent_atoms ...entity_src_gen / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.mon_id ..._struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.mon_id / _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num / _struct_ref_seq_dif.seq_num
改定 1.52017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_validate_polymer_linkage / software
改定 1.62019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Fluorescent protein FP480
B: Fluorescent protein FP480
C: Fluorescent protein FP480
D: Fluorescent protein FP480
E: Fluorescent protein FP480
F: Fluorescent protein FP480
G: Fluorescent protein FP480
H: Fluorescent protein FP480


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,0158
ポリマ－210,0158
非ポリマー00
水25,9421440
1
A: Fluorescent protein FP480
B: Fluorescent protein FP480
C: Fluorescent protein FP480
F: Fluorescent protein FP480


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,0084
ポリマ－105,0084
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12540 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area34340 Å2
手法PISA
2
D: Fluorescent protein FP480
E: Fluorescent protein FP480
G: Fluorescent protein FP480
H: Fluorescent protein FP480


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,0084
ポリマ－105,0084
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12630 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area34040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.357, 93.280, 194.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.52, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-459-

HOH

21B-508-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Fluorescent protein FP480


分子量: 26251.879 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Circular-permutated mKate
由来: (組換発現) Entacmaea quadricolor (イソギンチャク)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0VX33
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1440 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CIRCULAR PERMUTATION OF N AND C TERMINAL REGIONS
配列の詳細THE AUTHORS HAVE NOT INTRODUCED ANY MUTATIONS TO THE PROTEIN. THE REPORTED DISCREPANCY IS DUE TO ...THE AUTHORS HAVE NOT INTRODUCED ANY MUTATIONS TO THE PROTEIN. THE REPORTED DISCREPANCY IS DUE TO THE FACT THAT THIS PROTEIN HAS BEEN RE-ENGINEERED MANY TIMES BY OTHER LABS FOR ITS APPLICATION IN THE PAST FEW YEARS.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.71 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Tris-HCl pH 7.4, 0.2M MgCl2 and 18% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K

-
データ収集

回折平均測定温度: 70 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 1.2158 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2158 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 4 % / Av σ(I) over netI: 21.35 / 数: 900649 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Χ2: 0.98 / D res high: 1.67 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 223214 / % possible obs: 99.2
反射解像度: 1.67→50 Å / Num. obs: 223214 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.67-1.732.80.217193.4
1.73-1.83.40.18199.5
1.8-1.8840.142199.9
1.88-1.984.10.1041100
1.98-2.14.20.0851100
2.1-2.274.30.0771100
2.27-2.494.40.0681100
2.49-2.864.40.0591100
2.86-3.64.40.0511100
3.6-504.30.044199.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7.1_743精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.67→38.311 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.215 2000 0.9 %
Rwork0.182 --
obs0.1823 223204 99.17 %
all-180131 -
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.438 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9637 Å2-0 Å2-0.3764 Å2
2---0.0203 Å20 Å2
3---0.9841 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.67→38.311 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14712 0 0 1440 16152
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00815040
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.23120272
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.035648
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0842152
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0122608
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.67-1.710.30991290.240114275X-RAY DIFFRACTION90
1.71-1.75620.26221430.210515744X-RAY DIFFRACTION99
1.7562-1.80790.26541420.202815728X-RAY DIFFRACTION100
1.8079-1.86620.21231430.191815862X-RAY DIFFRACTION100
1.8662-1.93290.22241430.179115893X-RAY DIFFRACTION100
1.9329-2.01030.22511450.176815872X-RAY DIFFRACTION100
2.0103-2.10180.21391440.180915947X-RAY DIFFRACTION100
2.1018-2.21260.20441430.190215866X-RAY DIFFRACTION100
2.2126-2.35120.23891440.184315909X-RAY DIFFRACTION100
2.3512-2.53270.20241430.187815928X-RAY DIFFRACTION100
2.5327-2.78750.22651450.185315973X-RAY DIFFRACTION100
2.7875-3.19070.22961440.191515968X-RAY DIFFRACTION100
3.1907-4.01930.20231460.170616047X-RAY DIFFRACTION100
4.0193-38.32150.1851460.165716192X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る