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万見
- PDB-3rvz: Crystal structure of the NavAb voltage-gated sodium channel (Ile2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rvz
タイトルCrystal structure of the NavAb voltage-gated sodium channel (Ile217Cys, 2.8 A)
要素Ion transport protein
キーワードMETAL TRANSPORT / tetrameric ion channel / voltage-gated sodium-selective ion channel / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane depolarization during action potential / voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated sodium channel activity / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated potassium channels. Chain C / Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Helix Hairpins - #70 / Voltage-dependent channel domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Ion transport domain / Ion transport protein / Helix Hairpins / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Ion transport protein
類似検索 - 構成要素
生物種Arcobacter butzleri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Payandeh, J. / Scheuer, T. / Zheng, N. / Catterall, W.A.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: The crystal structure of a voltage-gated sodium channel.
著者: Payandeh, J. / Scheuer, T. / Zheng, N. / Catterall, W.A.
履歴
登録2011年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月27日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ion transport protein
B: Ion transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,71516
ポリマ－66,2102
非ポリマー9,50514
水362
1
A: Ion transport protein
B: Ion transport protein
ヘテロ分子

A: Ion transport protein
B: Ion transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,43132
ポリマ－132,4204
非ポリマー19,01028
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-x-1,-y-1,z1
Buried area20100 Å2
ΔGint-153 kcal/mol
Surface area45050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.277, 126.143, 192.444
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Ion transport protein


分子量: 33105.094 Da / 分子数: 2 / 変異: I217C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arcobacter butzleri (バクテリア)
株: RM4018 / 遺伝子: Abu_1752 / プラスミド: pFastBac Dual / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: A8EVM5
#2: 化合物
ChemComp-PX4 / 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / ジミリストイルホスファチジルコリン


分子量: 678.940 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H73NO8P / コメント: DMPC, リン脂質*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.75 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.75
詳細: CHAPSO:DMPC bicelles, 2 M ammonium sulphate, 0.1 M Na-citrate pH 4.75, 28% glucose, nicotinic acid (sat.), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.005 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月16日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.005 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 38149 / Num. obs: 31615 / % possible obs: 82.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 20.61
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.346 / Mean I/σ(I) obs: 2.08 / % possible all: 59.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: built using SAD data sets from Hg and SeMet crystals

解像度: 2.8→50 Å / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2922 1569 random
Rwork0.2671 --
all0.2922 38149 -
obs0.2671 31613 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3594 0 132 2 3728
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009235
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.21886
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.83 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.2752 4
Rwork0.3017 -
obs-44

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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