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万見
- PDB-3rv1: Crystal structure of the N-terminal and RNase III domains of K. p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rv1
タイトルCrystal structure of the N-terminal and RNase III domains of K. polysporus Dcr1 E224Q mutant
要素K. polysporus Dcr1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNase III enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease III / ribonuclease III activity / rRNA processing / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #260 / : / : / Dicers, N-terminal domain / Ribonuclease III domain / Ribonuclease iii, N-terminal Endonuclease Domain; Chain A / Ribonuclease III / Ribonuclease III family signature. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. ...Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #260 / : / : / Dicers, N-terminal domain / Ribonuclease III domain / Ribonuclease iii, N-terminal Endonuclease Domain; Chain A / Ribonuclease III / Ribonuclease III family signature. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Vanderwaltozyma polyspora (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.975 Å
データ登録者Nakanishi, K. / Weinberg, D.E. / Bartel, D.P. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2011
タイトル: The inside-out mechanism of dicers from budding yeasts.
著者: Weinberg, D.E. / Nakanishi, K. / Patel, D.J. / Bartel, D.P.
履歴
登録2011年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: K. polysporus Dcr1
B: K. polysporus Dcr1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7812
ポリマ－56,7812
非ポリマー00
水4,720262
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11160 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area22270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.907, 96.405, 101.449
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 K. polysporus Dcr1


分子量: 28390.271 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 15-260 / 変異: E224Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vanderwaltozyma polyspora (菌類) / 株: DSM 70294 / 遺伝子: Kpol_455p11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)rosetta2 / 参照: UniProt: A7TR32
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 200 mM L-proline, 10% PEG3350, 100 mM HEPES buffer pH 7.5, vapor diffusion, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→50 Å / Num. obs: 40348 / % possible obs: 97.9 %

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIXdev_538精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.975→48.203 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8237 / SU ML: 0.26 / σ(F): 0.13 / 位相誤差: 24.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2359 2018 5.01 %
Rwork0.1944 38293 -
obs0.1965 40311 97.69 %
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.335 Å2 / ksol: 0.343 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 129.46 Å2 / Biso mean: 26.3359 Å2 / Biso min: 1.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.8006 Å20 Å20 Å2
2--14.8073 Å2-0 Å2
3---2.7947 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.975→48.203 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3699 0 0 262 3961
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073764
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9475087
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066579
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003647
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4791395
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.975-2.04590.39571930.34953607380094
2.0459-2.12780.33812030.29453730393396
2.1278-2.22460.25641870.24253751393897
2.2246-2.34190.26782090.2043838404798
2.3419-2.48860.24121940.19413804399898
2.4886-2.68080.25812010.19193835403698
2.6808-2.95050.23642060.17873850405699
2.9505-3.37730.20792070.17283850405798
3.3773-4.25470.19142030.1573944414799
4.2547-48.21680.20492150.17114084429999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.04710.02660.04060.12660.01480.1453-0.0395-0.0275-0.06560.04190.04830.00240.0104-0.13710.09360.04850.0034-0.00420.062-0.09870.0957-37.75615.1184-11.5692
20.1524-0.0131-0.02030.05340.01610.0137-0.02080.2609-0.2133-0.04950.0006-0.04180.04060.1162-0.08450.03430.04260.01630.1511-0.16720.0691-14.0453-2.9411-25.0134
30.09760.0224-0.02060.02890.02050.0744-0.02840.1069-0.0114-0.009-00.0996-0.061-0.14250.0379-0.01620.0052-0.0510.1065-0.07460.0523-38.10148.5309-18.6774
40.04220.04950.0230.1112-0.0130.1898-0.00760.0484-0.07090.0317-0.0006-0.127-0.0270.1948-0.0451-0.1331-0.0891-0.05720.03-0.02050.0463-9.54554.4079-7.394
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and ((resseq 15:105))A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and ((resseq 106:256))A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and ((resseq 15:105))B0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and ((resseq 106:258))B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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