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万見
- PDB-3ruh: Alternative analogs as viable substrates of UDP-hexose 4-epimerases -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ruh
タイトルAlternative analogs as viable substrates of UDP-hexose 4-epimerases
要素WbgU
キーワードISOMERASE / Rossmann fold / UDP-hexose 4-epimerase
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase / UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase activity / O antigen biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Chem-UD6 / UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Plesiomonas shigelloides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Bhatt, V.S. / Guan, W. / Wang, P.G.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Alternative analogs as viable substrates of UDP-hexose 4-epimerases
著者: Bhatt, V.S. / Guan, W. / Wang, P.G.
履歴
登録2011年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WbgU
B: WbgU
C: WbgU
D: WbgU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,67916
ポリマ－159,2884
非ポリマー5,39012
水73941
1
A: WbgU
ヘテロ分子

D: WbgU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,49510
ポリマ－79,6442
非ポリマー2,8518
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-y,x-y,z-1/31
Buried area4890 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area24740 Å2
手法PISA
2
B: WbgU
C: WbgU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,1846
ポリマ－79,6442
非ポリマー2,5404
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4830 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area24870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.612, 76.612, 220.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
WbgU


分子量: 39822.109 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plesiomonas shigelloides (バクテリア)
遺伝子: wbgU / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7BJX9

-
非ポリマー , 5種, 53分子

#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-UD6 / [[(2R,3S,4R,5R)-5-[2,4-bis(oxidanylidene)pyrimidin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2R,3R,4R,5R,6R)-6-(hydroxymethyl)-4,5-bis(oxidanyl)-3-(2-oxidanylidenepropyl)oxan-2-yl] hydrogen phosphate / UDP-2-ketoGlc / ウリジン5′-[二りん酸β-[2-(2-オキソプロピル)-2-デオキシ-α-D-ガラクトピラノシル]]


分子量: 606.366 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H28N2O17P2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.58 %
結晶化温度: 300 K / 手法: microbatch under oil / pH: 6.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.2 M Ammonium Sulfate, 200 mM Bis Tris Propane pH 6.5, microbatch under oil, temperature 300K

-
データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月6日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.88 Å / Num. obs: 30694 / % possible obs: 98.5 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-3000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LU1

3lu1


解像度: 2.88→73.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.823 / SU B: 42.243 / SU ML: 0.366 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.476 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26845 1632 5 %RANDOM
Rwork0.20964 ---
obs0.21259 30694 98.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.037 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.91 Å2-0.45 Å2-0 Å2
2---0.91 Å2-0 Å2
3---1.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.88→73.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10724 0 348 41 11113
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02211324
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1531.98915426
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.66151336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.58923.969524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.449151844
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1751568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21748
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0218468
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.241.56668
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.472210788
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.78134656
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.3664.54638
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.88→2.951 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 105 -
Rwork0.285 2234 -
obs--94.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.11860.33350.49922.547-0.4111.715-0.0559-0.25590.17280.4190.05570.2821-0.1033-0.19190.00030.1309-0.02880.01860.09230.00740.047724.8461-12.115313.3934
22.00540.26280.7362.5961-0.09521.6494-0.06820.4311-0.1688-0.24730.0368-0.26810.12130.19070.03140.1189-0.04260.01460.1065-0.02430.047315.4021-50.903614.4428
31.63210.3048-0.31482.83430.52792.20590.0505-0.375-0.05640.1741-0.16450.11310.0905-0.02970.11410.0788-0.0125-0.03610.0936-0.00130.067927.9996-42.94251.68
41.6245-0.4290.18862.80850.67461.98790.04180.33480.0671-0.2531-0.15340.0841-0.0468-0.06480.11160.07840.00020.03040.0781-0.00220.0753-10.3092-23.39849.7078
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 341
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 341
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 341
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 341

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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