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- PDB-3rug: Crystal structure of Valpha10-Vbeta8.1 NKT TCR in complex with CD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rug
タイトルCrystal structure of Valpha10-Vbeta8.1 NKT TCR in complex with CD1d-alphaglucosylceramide (C20:2)
要素
  • Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
  • Beta-2-microglobulin
  • Valpha10(mouse variable domain, human constant domain)
  • Vbeta8.1(mouse variable domain, human constant domain)
キーワードIMMUNE SYSTEM / mouse CD1d / mouse NKT
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of NK T cell differentiation / positive regulation of NK T cell activation / NK T cell differentiation / endogenous lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / positive regulation of macrophage activation ...regulation of immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of NK T cell differentiation / positive regulation of NK T cell activation / NK T cell differentiation / endogenous lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / positive regulation of macrophage activation / positive thymic T cell selection / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of interleukin-4 production / antigen processing and presentation / regulation of immune response / cellular defense response / T cell receptor binding / positive regulation of interleukin-2 production / Neutrophil degranulation / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of type II interferon production / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / late endosome / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / lysosome / early endosome / learning or memory / endosome membrane / immune response / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / innate immune response / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC-I family domain / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site ...MHC-I family domain / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DB6 / Beta-2-microglobulin / Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Patel, O. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2011
タイトル: A semi-invariant V(alpha)10(+) T cell antigen receptor defines a population of natural killer T cells with distinct glycolipid antigen-recognition properties
著者: Uldrich, A.P. / Patel, O. / Cameron, G. / Pellicci, D.G. / Day, E.B. / Sullivan, L.C. / Kyparissoudis, K. / Kjer-Nielsen, L. / Vivian, J.P. / Cao, B. / Brooks, A.G. / Williams, S.J. / ...著者: Uldrich, A.P. / Patel, O. / Cameron, G. / Pellicci, D.G. / Day, E.B. / Sullivan, L.C. / Kyparissoudis, K. / Kjer-Nielsen, L. / Vivian, J.P. / Cao, B. / Brooks, A.G. / Williams, S.J. / Illarionov, P. / Besra, G.S. / Turner, S.J. / Porcelli, S.A. / McCluskey, J. / Smyth, M.J. / Rossjohn, J. / Godfrey, D.I.
履歴
登録2011年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: diffrn / entity ...diffrn / entity / entity_src_gen / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.details / _entity.pdbx_description ..._entity.details / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_ref_seq.ref_id / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
B: Beta-2-microglobulin
C: Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
D: Beta-2-microglobulin
E: Valpha10(mouse variable domain, human constant domain)
F: Vbeta8.1(mouse variable domain, human constant domain)
G: Valpha10(mouse variable domain, human constant domain)
H: Vbeta8.1(mouse variable domain, human constant domain)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,72116
ポリマ－191,4488
非ポリマー3,2748
水6,395355
1
A: Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
B: Beta-2-microglobulin
E: Valpha10(mouse variable domain, human constant domain)
F: Vbeta8.1(mouse variable domain, human constant domain)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,3618
ポリマ－95,7244
非ポリマー1,6374
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9010 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area37880 Å2
手法PISA
2
C: Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
D: Beta-2-microglobulin
G: Valpha10(mouse variable domain, human constant domain)
H: Vbeta8.1(mouse variable domain, human constant domain)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,3618
ポリマ－95,7244
非ポリマー1,6374
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8610 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area38200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.140, 118.834, 108.125
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.24, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 3種, 6分子 ACBDFH

#1: タンパク質 Antigen-presenting glycoprotein CD1d1


分子量: 34662.012 Da / 分子数: 2 / 断片: extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd1d1, Cd1.1 / プラスミド: pBacp10pH / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P11609
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11660.350 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / プラスミド: pBacp10pH / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P01887
#4: タンパク質 Vbeta8.1(mouse variable domain, human constant domain)


分子量: 27158.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Chimera of mouse variable domain and human constant domain
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET30b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
抗体 , 1種, 2分子 EG

#3: 抗体 Valpha10(mouse variable domain, human constant domain)


分子量: 22243.303 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Chimera of mouse variable domain and human constant domain
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET30b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
糖 , 2種, 6分子

#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 357分子

#6: 化合物 ChemComp-DB6 / (11E,14E)-N-[(2S,3S,4R)-1-(alpha-D-glucopyranosyloxy)-3,4-dihydroxyoctadecan-2-yl]icosa-11,14-dienamide


分子量: 770.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H83NO9
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細FOR CHAIN E, G, RESIDUES 1-131 IS MOUSE VARIABLE DOMAIN AND 132-222 IS HUMAN CONSTANT DOMAIN. FOR ...FOR CHAIN E, G, RESIDUES 1-131 IS MOUSE VARIABLE DOMAIN AND 132-222 IS HUMAN CONSTANT DOMAIN. FOR CHAIN F, H, RESIDUES 1-127 IS MOUSE VARIABLE DOMAIN AND 128-257 IS HUMAN CONSTANT DOMAIN. THE SWISS-PROT ENTRY P11609 CONFLICTS WITH BRADBURY ET AL., 1988 WHICH SUGGESTS A HISTIDINE IN PLACE OF ASPARTATE. SEQUENCE IN THIS PDB AGREES WITH THE CITATION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.85 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG 1500, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95453 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95453 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 97190 / Num. obs: 97190 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 27.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
2.2-2.325.60.6982.614093199.7
6.6-505.60.05621.93165299.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HE6, 1Z5L

3he6

1z5l


解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 5.987 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.216 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25401 4867 5 %RANDOM
Rwork0.20961 ---
obs0.21184 92320 99.66 %-
all-97190 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.028 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å2-0.83 Å2
2---0.77 Å20 Å2
3---0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12736 0 220 355 13311
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02113332
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4991.94518164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.78151623
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.64524.203590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.798152004
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0461557
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.21985
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02110195
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8121.58159
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.545213140
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.21535173
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5764.55024
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 351 -
Rwork0.254 6589 -
obs-6940 96.79 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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