PDB-3ru7: Specific recognition of N-acetylated substrates and domain flexib...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ru7

タイトル

Specific recognition of N-acetylated substrates and domain flexibility in WbgU: a UDP-GalNAc 4-epimerase

要素

WbgU

キーワード

ISOMERASE / epimerase / Rossmann fold / UDP-GalNAc / 4-epimerase / UDP-hexose 4-epimerase / UDP-hexoses / NAD(H)

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase activity / UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase / O antigen biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Plesiomonas shigelloides (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Bhatt, V.S. / Guan, W. / Wang, P.G.

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Specific recognition of N-acetylated substrates and domain flexibility in WbgU: a UDP-GalNAc 4-epimerase
著者: Bhatt, V.S. / Guan, W. / G Wang, P.

履歴

登録	2011年5月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ru7.cif.gz	543 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ru7.ent.gz	448 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ru7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/3ru7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/3ru7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ru9C 3ruaC 3rucC 3lu1S 3rud 3rue 3ruf 3ruh C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3rua-1 3rua-2 3rue-1 3rud-1 3ru9-1 3ru9-2 3lu1-1 3rue-2 3ruc-2 1sb9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: WbgU

B: WbgU

C: WbgU

D: WbgU

ヘテロ分子

162 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: WbgU

C: WbgU

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
81.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: WbgU

ヘテロ分子

D: WbgU

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
81.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.730, 77.730, 224.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	WbgU 分子量: 39822.105 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plesiomonas shigelloides (バクテリア) 遺伝子: wbgU / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7BJX9

-
非ポリマー , 6種, 112分子

#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-GLY / GLYCINE タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅NO₂
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.97 %
結晶化	温度: 298.15 K / 手法: microbatch under oil / pH: 6.5 詳細: 25% PEG 3350, 0.2 M Ammonium Sulfate, 200 mM Bis Tris Propane pH 6.5, microbatch under oil, temperature 298.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 103 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年2月6日
放射	モノクロメーター: Osmic Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→74.8 Å / Num. all: 46337 / Num. obs: 45596 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
CrystalClear		データ削減
CrystalClear		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3LU1

3lu1

解像度: 2.6→74.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.887 / SU B: 28.765 / SU ML: 0.278 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R Free: 0.365 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2699	2307	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21686	-	-	-
all	0.2196	43276	-	-
obs	0.2196	43276	98.28 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.547 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.5 Å²	0.25 Å²	0 Å²
2-	-	0.5 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→74.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10724	0	300	96	11120

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	11268
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.168	1.982	15340
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.316	5	1336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.893	23.969	524
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.295	15	1844
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.236	15	68
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	1728
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	8456
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.367	1.5	6676
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.698	2	10796
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.967	3	4592
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.609	4.5	4544

LS精密化シェル

解像度: 2.605→2.672 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.357	168	-
R_work	0.288	3247	-
obs	-	-	99.16 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9945	-0.0654	0.205	1.3584	0.2225	1.0988	-0.0419	-0.1694	-0.0347	0.1611	0.0094	0.1657	0.0357	-0.1002	0.0325	0.0359	0.0136	0.021	0.0369	0.0051	0.0211	23.165	-28.7776	13.1317
2	1.2241	-0.0905	0.3291	1.1806	0.1218	1.0937	-0.01	0.1463	0.119	-0.2081	-0.0211	-0.11	-0.0598	0.1006	0.0311	0.0521	0.0083	0.0177	0.0282	0.0166	0.0205	13.3459	10.4458	14.1168
3	0.6073	-0.1916	0.2204	1.351	-0.1639	0.9459	-0.0401	0.1244	-0.0101	-0.1523	-0.0149	0.022	0.0116	-0.0035	0.0551	0.024	-0.0124	-0.0015	0.0293	-0.0026	0.0117	10.0187	-21.2184	-25.1305
4	0.6563	0.1724	-0.1712	1.3944	-0.1124	0.8746	-0.0278	-0.1385	0.0126	0.1446	-0.0334	0.026	-0.0141	0.0184	0.0612	0.0192	0.0072	0.0028	0.0303	-0.0022	0.0109	48.9182	-1.1898	-22.4734
5	4.6938	-2.3032	-5.4316	1.2579	1.6375	14.5547	-0.1691	-0.3549	-0.0305	0.0825	0.1333	0.014	0.088	0.5849	0.0357	0.0938	0.045	-0.0534	0.047	-0.0154	0.0396	21.8439	-21.9137	11.0784
6	14.274	-14.7769	4.5511	50.4299	6.823	5.238	0.0004	-0.4573	-0.5655	-0.0725	-0.8001	3.5029	-0.0422	-0.5722	0.7997	0.2091	0.0754	-0.0351	0.106	-0.1248	0.3028	7.573	-28.0771	17.8309
7	0.3165	-0.2141	-2.1182	1.2416	2.2822	14.835	-0.0385	0.0547	0.0075	-0.0678	0.1109	-0.017	0.0931	-0.249	-0.0724	0.1351	0.041	-0.0211	0.0595	-0.0104	0.043	7.9781	15.0182	16.1711
8	39.2003	-11.3652	46.1677	12.4876	1.3634	78.0371	-0.9311	-0.099	2.858	0.4302	-0.05	-2.3086	-0.8349	-0.234	0.981	0.1779	0.0604	-0.0237	0.0238	0.0313	0.4784	20.4381	24.1919	9.5116
9	10.8077	13.6979	6.95	29.9071	8.2684	10.3293	0.1894	0.0385	-0.3089	0.4115	-0.2281	-0.2	0.2893	-0.2803	0.0387	0.037	-0.0029	-0.0251	0.0751	0.0206	0.1085	15.1315	-16.9235	-21.9059
10	32.2947	9.9938	1.6251	3.1313	0.5194	0.089	-0.0392	1.9118	-1.4727	0.1372	0.2851	-0.46	0.0473	0.0399	-0.2459	0.3393	-0.228	0.0615	0.6313	-0.0121	0.2533	23.0613	-29.3862	-30.3531
11	7.6186	-8.5737	-5.1871	17.7995	6.7154	17.0227	-0.0896	-0.3845	0.0385	-0.1837	0.1912	0.3841	-0.1565	-0.0807	-0.1016	0.0412	0.015	0.0194	0.088	0.0305	0.1008	53.9935	-5.494	-25.6933
12	74.0546	-3.9057	-5.1291	0.2065	0.2708	0.3554	-0.0242	-2.2141	0.8573	-0.01	0.0998	-0.0484	-0.0039	0.1494	-0.0756	0.266	0.0046	-0.0141	0.2635	0.1599	0.2128	61.9091	6.9534	-17.2739

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 341
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 341
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 341
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 341
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	349
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	350
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	349
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	350
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	349
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	350
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	349
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	350

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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