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- PDB-3rtk: Crystal structure of Cpn60.2 from Mycobacterium tuberculosis at 2.8A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rtk
タイトルCrystal structure of Cpn60.2 from Mycobacterium tuberculosis at 2.8A
要素60 kDa chaperonin 2
キーワードCHAPERONE / Heat shock protein / chaperonin
機能・相同性
機能・相同性情報


capsule / adhesion of symbiont to host / GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / : / host cell mitochondrion / : / peptidoglycan-based cell wall / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone ...capsule / adhesion of symbiont to host / GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / : / host cell mitochondrion / : / peptidoglycan-based cell wall / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / response to heat / protein refolding / response to hypoxia / cell surface / ATP hydrolysis activity / extracellular region / ATP binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GROEL; domain 1 / GroEL-like equatorial domain / GROEL; domain 2 / TCP-1-like chaperonin intermediate domain / GroEL / GroEL / Chaperonin Cpn60, conserved site / Chaperonins cpn60 signature. / Chaperonin Cpn60/GroEL / GroEL-like equatorial domain superfamily ...GROEL; domain 1 / GroEL-like equatorial domain / GROEL; domain 2 / TCP-1-like chaperonin intermediate domain / GroEL / GroEL / Chaperonin Cpn60, conserved site / Chaperonins cpn60 signature. / Chaperonin Cpn60/GroEL / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family / 3-Layer(bba) Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chaperonin GroEL 2 / Chaperonin GroEL 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Shahar, A. / Melamed-Frank, M. / Kashi, Y. / Adir, N.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: The dimeric structure of the Cpn60.2 chaperonin of Mycobacterium tuberculosis at 2.8 A reveals possible modes of function.
著者: Shahar, A. / Melamed-Frank, M. / Kashi, Y. / Shimon, L. / Adir, N.
履歴
登録2011年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 60 kDa chaperonin 2
B: 60 kDa chaperonin 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,2693
ポリマ－115,2452
非ポリマー241
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: 60 kDa chaperonin 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6472
ポリマ－57,6221
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: 60 kDa chaperonin 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6221
ポリマ－57,6221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.190, 111.980, 77.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 60 kDa chaperonin 2 / Cpn60.2 / 65 kDa antigen / Antigen A / Cell wall protein A / GroEL protein 2 / Heat shock protein 65


分子量: 57622.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: groL2, groEL-2, groEL2, hsp65, Rv0440, MT0456, MTV037.04
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A520, UniProt: P9WPE7*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 10% 2-propanol, 20% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 24284 / Num. obs: 23832 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 17.28
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
2.8-2.872.81.93166110.25
2.95-3.043.773.693319114.5
3.13-3.233.827.023169114
3.35-3.473.812.62927112.9
3.62-3.783.7818.362679112
3.96-4.183.7726.982449110
4.43-4.743.7432.03215419.3
5.11-5.63.732.57183317.87
6.26-7.233.6240.75141515.92
8.86-12.533.4245.1272112.84

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
CNS精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SJP

1sjp


解像度: 2.8→20 Å / σ(F): 2.5
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.285 1105 RANDOM
Rwork0.217 --
all-24284 -
obs-23832 -
原子変位パラメータBiso mean: 83.3 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.38 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.53 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6620 0 1 8 6629
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.53
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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