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万見
- PDB-1d0j: STRUCTURE OF TNF RECEPTOR ASSOCIATED FACTOR 2 IN COMPLEX WITH A M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d0j
タイトルSTRUCTURE OF TNF RECEPTOR ASSOCIATED FACTOR 2 IN COMPLEX WITH A M4-1BB PEPTIDE
要素
  • 4-1BB LIGAND RECEPTOR
  • TUMOR NECROSIS FACTOR RECEPTOR ASSOCIATED PROTEIN 2
キーワードAPOPTOSIS / B-SANDWICH / PROTEIN-PEPTIDE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


TORC2 complex disassembly / CD40 receptor binding / TORC1 complex assembly / TNFs bind their physiological receptors / tumor necrosis factor receptor superfamily complex / sphingolipid binding / IRE1-TRAF2-ASK1 complex / TRAF2-GSTP1 complex / Defective RIPK1-mediated regulated necrosis / CD27 signaling pathway ...TORC2 complex disassembly / CD40 receptor binding / TORC1 complex assembly / TNFs bind their physiological receptors / tumor necrosis factor receptor superfamily complex / sphingolipid binding / IRE1-TRAF2-ASK1 complex / TRAF2-GSTP1 complex / Defective RIPK1-mediated regulated necrosis / CD27 signaling pathway / CD40 signaling pathway / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / tumor necrosis factor binding / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / regulation of immature T cell proliferation in thymus / negative regulation of glial cell apoptotic process / interleukin-17-mediated signaling pathway / TNF signaling / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / programmed necrotic cell death / CD40 receptor complex / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / thioesterase binding / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / tumor necrosis factor receptor binding / mRNA stabilization / regulation of immunoglobulin production / regulation of JNK cascade / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / signal transduction involved in regulation of gene expression / non-canonical NF-kappaB signal transduction / vesicle membrane / TNFR1-induced proapoptotic signaling / RIPK1-mediated regulated necrosis / TRAF6 mediated IRF7 activation / TRAF6 mediated NF-kB activation / positive regulation of JUN kinase activity / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / protein K63-linked ubiquitination / ubiquitin ligase complex / regulation of protein-containing complex assembly / protein autoubiquitination / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / signaling adaptor activity / positive regulation of interleukin-2 production / cellular response to nitric oxide / response to endoplasmic reticulum stress / T cell activation / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Regulation of NF-kappa B signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Regulation of TNFR1 signaling / protein catabolic process / RING-type E3 ubiquitin transferase / positive regulation of T cell cytokine production / Regulation of necroptotic cell death / cytoplasmic side of plasma membrane / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / signaling receptor activity / cell cortex / protein-containing complex assembly / protein phosphatase binding / protein-macromolecule adaptor activity / regulation of apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Ub-specific processing proteases / membrane raft / external side of plasma membrane / negative regulation of cell population proliferation / innate immune response / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / protein kinase binding / enzyme binding / signal transduction / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TNF receptor-associated factor 2 / TNF receptor-associated factor 2, MATH domain / : / TRAF2, second zinc finger / TNF receptor-associated factor, BIRC3 binding domain / TNF receptor-associated factor BIRC3 binding domain / Tumour necrosis factor receptor 9 / Tumour necrosis factor receptor 9, N-terminal / TRAF-type zinc finger / TNF receptor-associated factor TRAF, metazoa ...TNF receptor-associated factor 2 / TNF receptor-associated factor 2, MATH domain / : / TRAF2, second zinc finger / TNF receptor-associated factor, BIRC3 binding domain / TNF receptor-associated factor BIRC3 binding domain / Tumour necrosis factor receptor 9 / Tumour necrosis factor receptor 9, N-terminal / TRAF-type zinc finger / TNF receptor-associated factor TRAF, metazoa / : / TRAF/meprin, MATH domain / Zinc finger, TRAF-type / Zinc finger TRAF-type profile. / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9 / TNF receptor-associated factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ye, H. / Park, Y.C. / Kreishman, M. / Kieff, E. / Wu, H.
引用
ジャーナル: Mol.Cell / 年: 1999
タイトル: The structural basis for the recognition of diverse receptor sequences by TRAF2.
著者: Ye, H. / Park, Y.C. / Kreishman, M. / Kieff, E. / Wu, H.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1999
タイトル: Structural basis for self-association and receptor recognition of human TRAF2
著者: Park, Y.C. / Burkitt, V. / Villa, A.R. / Tong, L. / Wu, H.
履歴
登録1999年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TUMOR NECROSIS FACTOR RECEPTOR ASSOCIATED PROTEIN 2
B: TUMOR NECROSIS FACTOR RECEPTOR ASSOCIATED PROTEIN 2
C: TUMOR NECROSIS FACTOR RECEPTOR ASSOCIATED PROTEIN 2
D: TUMOR NECROSIS FACTOR RECEPTOR ASSOCIATED PROTEIN 2
E: TUMOR NECROSIS FACTOR RECEPTOR ASSOCIATED PROTEIN 2
F: TUMOR NECROSIS FACTOR RECEPTOR ASSOCIATED PROTEIN 2
G: 4-1BB LIGAND RECEPTOR
H: 4-1BB LIGAND RECEPTOR
I: 4-1BB LIGAND RECEPTOR
J: 4-1BB LIGAND RECEPTOR
K: 4-1BB LIGAND RECEPTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,19011
ポリマ－117,19011
非ポリマー00
水4,306239
1
A: TUMOR NECROSIS FACTOR RECEPTOR ASSOCIATED PROTEIN 2
B: TUMOR NECROSIS FACTOR RECEPTOR ASSOCIATED PROTEIN 2
C: TUMOR NECROSIS FACTOR RECEPTOR ASSOCIATED PROTEIN 2
G: 4-1BB LIGAND RECEPTOR
H: 4-1BB LIGAND RECEPTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,2805
ポリマ－58,2805
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4840 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area22790 Å2
手法PISA
2
D: TUMOR NECROSIS FACTOR RECEPTOR ASSOCIATED PROTEIN 2
E: TUMOR NECROSIS FACTOR RECEPTOR ASSOCIATED PROTEIN 2
F: TUMOR NECROSIS FACTOR RECEPTOR ASSOCIATED PROTEIN 2
I: 4-1BB LIGAND RECEPTOR
J: 4-1BB LIGAND RECEPTOR
K: 4-1BB LIGAND RECEPTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9106
ポリマ－58,9106
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5710 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area23060 Å2
手法PISA
3
A: TUMOR NECROSIS FACTOR RECEPTOR ASSOCIATED PROTEIN 2
B: TUMOR NECROSIS FACTOR RECEPTOR ASSOCIATED PROTEIN 2
C: TUMOR NECROSIS FACTOR RECEPTOR ASSOCIATED PROTEIN 2
G: 4-1BB LIGAND RECEPTOR
H: 4-1BB LIGAND RECEPTOR

D: TUMOR NECROSIS FACTOR RECEPTOR ASSOCIATED PROTEIN 2
E: TUMOR NECROSIS FACTOR RECEPTOR ASSOCIATED PROTEIN 2
F: TUMOR NECROSIS FACTOR RECEPTOR ASSOCIATED PROTEIN 2
I: 4-1BB LIGAND RECEPTOR
J: 4-1BB LIGAND RECEPTOR
K: 4-1BB LIGAND RECEPTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,19011
ポリマ－117,19011
非ポリマー00
水1629
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation4_556-x+1/2,y+1/2,-z+11
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11610 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area44790 Å2
手法PISA
4
A: TUMOR NECROSIS FACTOR RECEPTOR ASSOCIATED PROTEIN 2
B: TUMOR NECROSIS FACTOR RECEPTOR ASSOCIATED PROTEIN 2
C: TUMOR NECROSIS FACTOR RECEPTOR ASSOCIATED PROTEIN 2
G: 4-1BB LIGAND RECEPTOR
H: 4-1BB LIGAND RECEPTOR

D: TUMOR NECROSIS FACTOR RECEPTOR ASSOCIATED PROTEIN 2
E: TUMOR NECROSIS FACTOR RECEPTOR ASSOCIATED PROTEIN 2
F: TUMOR NECROSIS FACTOR RECEPTOR ASSOCIATED PROTEIN 2
I: 4-1BB LIGAND RECEPTOR
J: 4-1BB LIGAND RECEPTOR
K: 4-1BB LIGAND RECEPTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,19011
ポリマ－117,19011
非ポリマー00
水1629
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation4_546-x+1/2,y-1/2,-z+11
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11160 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area45240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.9, 85.6, 124.1
Angle α, β, γ (deg.)90, 119.1, 90
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
TUMOR NECROSIS FACTOR RECEPTOR ASSOCIATED PROTEIN 2


分子量: 19006.916 Da / 分子数: 6 / 断片: TRAF DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET24D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12933
#2: タンパク質・ペプチド
4-1BB LIGAND RECEPTOR


分子量: 629.617 Da / 分子数: 5 / 断片: TRAF2-BINDING SEQUENCE / 由来タイプ: 合成
詳細: THIS PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. THE SEQUENCE OF THIS PEPTIDE NATURALLY OCCURS IN MOUSE (MUS MUSCULUS)
参照: UniProt: P20334
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE DEPOSITED TRAF2-RECEPTOR PEPTIDE COMPLEX CONTAINS 6 TRAF2 PER ASYMMETRIC UNIT, ONE OF WHICH ...THE DEPOSITED TRAF2-RECEPTOR PEPTIDE COMPLEX CONTAINS 6 TRAF2 PER ASYMMETRIC UNIT, ONE OF WHICH DOES NOT HAVE THE PEPTIDE BOUND DUE TO CONFLICT WITH CRYSTAL PACKING.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: PEG4K, MES PH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
18-15 %PEG400011
20.1 MMES11

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.937
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.937 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / % possible obs: 90.2 % / Rmerge(I) obs: 0.061
反射 シェル最高解像度: 2.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.296 / % possible all: 85.2
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 85.2 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.5→20 Å / Rfactor Rfree: 0.27 / Rfactor Rwork: 0.227 / Rfactor obs: 0.227
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7873 0 0 239 8112
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.27
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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