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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3rs9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of tm0922, a fusion of a domain of unknown function and ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase from Thermotoga maritima in complex with P1,P3-Di(adenosine-5') triphosphate | ||||||
![]() |
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![]() | LYASE / Unknown function / ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase | ||||||
機能・相同性 | ![]() NAD(P)H-hydrate epimerase / metabolite repair / ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase / ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase activity / NADHX epimerase activity / NADPHX epimerase activity / nicotinamide nucleotide metabolic process / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shumilin, I.A. / Cymborowski, M. / Lesley, S.A. / Minor, W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Identification of unknown protein function using metabolite cocktail screening. 著者: Shumilin, I.A. / Cymborowski, M. / Chertihin, O. / Jha, K.N. / Herr, J.C. / Lesley, S.A. / Joachimiak, A. / Minor, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 206.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 163.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3rnoC ![]() 3ro7C ![]() 3roeC ![]() 3rogC ![]() 3roxC ![]() 3rozC ![]() 3rphC ![]() 3rpzC ![]() 3rq2C ![]() 3rq5C ![]() 3rq6C ![]() 3rq8C ![]() 3rqhC ![]() 3rqqC ![]() 3rqxC ![]() 3rrbC ![]() 3rreC ![]() 3rrfC ![]() 3rrjC ![]() 3rs8C ![]() 3rsfC ![]() 3rsgC ![]() 3rsqC ![]() 3rssC ![]() 3rt7C ![]() 3rt9C ![]() 3rtaC ![]() 3rtbC ![]() 3rtcC ![]() 3rtdC ![]() 3rteC ![]() 3rtgC ![]() 3ru2C ![]() 3ru3C ![]() 2ax3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 8||||||||
単位格子 |
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要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 54527.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: MSB8 / 遺伝子: tm0922, TM_0922 / プラスミド: pMH1 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9X024, ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 735.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Unknown peptide, probably from expression host / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-非ポリマー , 5種, 137分子 ![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/BA3.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/BA3.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-K / | ||||
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#4: 化合物 | ChemComp-MG / | ||||
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-GOL / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M Na Cacodylate, 1.6 M Na Citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月16日 / 詳細: BERYLLIUM LENSES |
回折測定 | 詳細: 1.00 degrees, 6.7 sec, detector distance 250.00 mm / 手法: \w scans |
放射 | モノクロメーター: DIAMOND [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
Reflection | Av R equivalents: 0.077 / 数: 375736 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 34349 / Num. obs: 34168 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 32.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 34.075 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.795 / Mean I/σ(I) obs: 2.143 / Rsym value: 0.795 / % possible all: 96.1 |
Cell measurement | Reflection used: 375736 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2AX3 解像度: 2.103→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 6.986 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 86.79 Å2 / Biso mean: 38.434 Å2 / Biso min: 20.78 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.103→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.103→2.158 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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