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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3rrj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of tm0922, a fusion of a domain of unknown function and ADP/ATP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase from Thermotoga maritima in complex with P1,P5-Di(adenosine-5') pentaphosphate | ||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shumilin, I.A. / Cymborowski, M. / Lesley, S.A. / Minor, W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Identification of unknown protein function using metabolite cocktail screening. 著者: Shumilin, I.A. / Cymborowski, M. / Chertihin, O. / Jha, K.N. / Herr, J.C. / Lesley, S.A. / Joachimiak, A. / Minor, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 204.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 161.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3rnoC ![]() 3ro7C ![]() 3roeC ![]() 3rogC ![]() 3roxC ![]() 3rozC ![]() 3rphC ![]() 3rpzC ![]() 3rq2C ![]() 3rq5C ![]() 3rq6C ![]() 3rq8C ![]() 3rqhC ![]() 3rqqC ![]() 3rqxC ![]() 3rrbC ![]() 3rreC ![]() 3rrfC ![]() 3rs8C ![]() 3rs9C ![]() 3rsfC ![]() 3rsgC ![]() 3rsqC ![]() 3rssC ![]() 3rt7C ![]() 3rt9C ![]() 3rtaC ![]() 3rtbC ![]() 3rtcC ![]() 3rtdC ![]() 3rteC ![]() 3rtgC ![]() 3ru2C ![]() 3ru3C ![]() 2ax3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 8||||||||
単位格子 |
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要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 54527.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: MSB8 / 遺伝子: nnr / プラスミド: pMH1 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質・ペプチド | ![]() 分子量: 735.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Unknown peptide, probably from expression host / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
-非ポリマー , 4種, 52分子 ![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/AP5.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/AP5.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-K / |
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#4: 化合物 | ChemComp-AP5 / |
#5: 化合物 | ChemComp-GOL / ![]() |
#6: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.89 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M Na Cacodylate, 1.6 M Na Citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月16日 / 詳細: BERYLLIUM LENSES |
放射 | モノクロメーター: DIAMOND [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 174277 / Num. obs: 174277 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 51.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 26.659 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.649 / Mean I/σ(I) obs: 2.312 / Rsym value: 0.649 / % possible all: 95.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2AX3 解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 16.88 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.263 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES: RESIDUAL ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 79.12 Å2 / Biso mean: 45.442 Å2 / Biso min: 10.59 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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