PDB-3rqw: Crystal structure of acetylcholine bound to a prokaryotic pentame...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rqw

タイトル

Crystal structure of acetylcholine bound to a prokaryotic pentameric ligand-gated ion channel, ELIC

要素

ELIC Pentameric Ligand Gated Ion Channel from Erwinia Chrysanthemi

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / ion channel / membrane

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / regulation of membrane potential / transmembrane signaling receptor activity / neuron projection / signal transduction / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Dickeya dadantii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.913 Å

データ登録者

Pan, J.J. / Chen, Q. / Yoshida, K. / Cohen, A. / Kong, X.P. / Xu, Y. / Tang, P.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2012
タイトル: Structure of the pentameric ligand-gated ion channel ELIC cocrystallized with its competitive antagonist acetylcholine.
著者: Pan, J. / Chen, Q. / Willenbring, D. / Yoshida, K. / Tillman, T. / Kashlan, O.B. / Cohen, A. / Kong, X.P. / Xu, Y. / Tang, P.

履歴

登録	2011年4月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年3月14日	Group: Database references / Other / Structure summary
改定 1.2	2012年3月28日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rqw.cif.gz	624.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rqw.ent.gz	518.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rqw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3rqw_validation.pdf.gz	588.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3rqw_full_validation.pdf.gz	724.7 KB	表示
XML形式データ	3rqw_validation.xml.gz	124.9 KB	表示
CIF形式データ	3rqw_validation.cif.gz	159.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rq/3rqw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rq/3rqw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3rquC 2vl0S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5sxu-2 5heo-1 5sxu-1 3uq7-2 6hk0-2 4a97-2 4twh-2 2yoe-1 5sxv-2 5heu-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (5) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5)

登録構造単位

A: ELIC Pentameric Ligand Gated Ion Channel from Erwinia Chrysanthemi

B: ELIC Pentameric Ligand Gated Ion Channel from Erwinia Chrysanthemi

C: ELIC Pentameric Ligand Gated Ion Channel from Erwinia Chrysanthemi

D: ELIC Pentameric Ligand Gated Ion Channel from Erwinia Chrysanthemi

E: ELIC Pentameric Ligand Gated Ion Channel from Erwinia Chrysanthemi

F: ELIC Pentameric Ligand Gated Ion Channel from Erwinia Chrysanthemi

G: ELIC Pentameric Ligand Gated Ion Channel from Erwinia Chrysanthemi

H: ELIC Pentameric Ligand Gated Ion Channel from Erwinia Chrysanthemi

I: ELIC Pentameric Ligand Gated Ion Channel from Erwinia Chrysanthemi

J: ELIC Pentameric Ligand Gated Ion Channel from Erwinia Chrysanthemi

ヘテロ分子

374 kDa, 10 ポリマー
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1

A: ELIC Pentameric Ligand Gated Ion Channel from Erwinia Chrysanthemi

B: ELIC Pentameric Ligand Gated Ion Channel from Erwinia Chrysanthemi

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D: ELIC Pentameric Ligand Gated Ion Channel from Erwinia Chrysanthemi

E: ELIC Pentameric Ligand Gated Ion Channel from Erwinia Chrysanthemi

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
187 kDa, 5 ポリマー
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2

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ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	105.763, 266.068, 111.162
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.82, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	ELIC Pentameric Ligand Gated Ion Channel from Erwinia Chrysanthemi 分子量: 36879.000 Da / 分子数: 10 / 断片: UNP residues 22-343 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Dickeya dadantii (バクテリア) / 株: 3937 / 遺伝子: Dda3937_00520 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E0SJQ4
#2: 化合物	ChemComp-ACH / ACETYLCHOLINE / アセチルコリン分子量: 146.207 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₆NO₂ / コメント: 神経伝達物質*YM
#3: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.54 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.1 詳細: 12% PEG4000, 0.1 M MES, 0.2 M ammonium sulfate, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年3月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.91→29.8 Å / Num. obs: 124625 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 22.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SSRL	BlueIce	データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VL0

2vl0

解像度: 2.913→24.977 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.22 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2309	5901	5.02 %	RANDOM
R_work	0.2057	-	-	-
obs	0.207	117512	92.54 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 61.962 Å² / k_sol: 0.279 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	12.7189 Å²	-0 Å²	13.7734 Å²
2-	-	-17.8786 Å²	-0 Å²
3-	-	-	5.1597 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.913→24.977 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25050	0	368	90	25508

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	26061
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.144	35466
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.354	9486
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	3900
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	4470

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2484	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	2484	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.043
2	1	A	2484	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	C	2484	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.04
3	1	A	2484	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	D	2484	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.046
4	1	A	2484	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
4	2	E	2484	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.04
5	1	A	2484	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
5	2	F	2484	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.037
6	1	A	2484	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
6	2	G	2484	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.048
7	1	A	2484	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
7	2	H	2484	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.044
8	1	A	2484	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
8	2	I	2484	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.045
9	1	A	2484	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
9	2	J	2484	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.037
10	1	C	10	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
10	2	D	10	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.044
11	1	C	10	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
11	2	E	10	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.024
12	1	C	10	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
12	2	A	10	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.034
13	1	C	10	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
13	2	B	10	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.038
14	1	C	10	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
14	2	H	10	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.026
15	1	C	10	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
15	2	I	10	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.069
16	1	C	10	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
16	2	J	10	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.035
17	1	C	10	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
17	2	F	10	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.029
18	1	C	10	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
18	2	G	10	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.049

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.913-3.017	0.3626	492	0.3355	9067	X-RAY DIFFRACTION	75
3.017-3.1375	0.3148	549	0.2901	10376	X-RAY DIFFRACTION	86
3.1375-3.28	0.3116	569	0.2637	10767	X-RAY DIFFRACTION	89
3.28-3.4526	0.2841	584	0.2419	10891	X-RAY DIFFRACTION	91
3.4526-3.6682	0.2568	594	0.2146	11450	X-RAY DIFFRACTION	95
3.6682-3.9505	0.2227	594	0.2011	11706	X-RAY DIFFRACTION	97
3.9505-4.3461	0.2308	622	0.1974	11787	X-RAY DIFFRACTION	98
4.3461-4.9707	0.1921	674	0.1639	11702	X-RAY DIFFRACTION	97
4.9707-6.2463	0.2008	632	0.1804	11965	X-RAY DIFFRACTION	99
6.2463-24.9778	0.2245	591	0.2111	11900	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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