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万見
- PDB-3rpe: 1.1 Angstrom Crystal Structure of Putative Modulator of Drug Acti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rpe
タイトル1.1 Angstrom Crystal Structure of Putative Modulator of Drug Activity (MdaB) from Yersinia pestis CO92.
要素Modulator of drug activity B
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Flavodoxin-like fold / NADPH dehydrogenase (quinone) activity / flavin adenine dinucleotide binding
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Flavodoxin-like fold / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin domain / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Flavodoxin family protein / Flavodoxin family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Minasov, G. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 1.1 Angstrom Crystal Structure of Putative Modulator of Drug Activity (MdaB) from Yersinia pestis CO92.
著者: Minasov, G. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2011年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Modulator of drug activity B
B: Modulator of drug activity B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1835
ポリマ－49,5052
非ポリマー1,6773
水8,521473
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7270 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area15610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.497, 66.497, 76.208
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 Modulator of drug activity B / MdaB


分子量: 24752.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: CO92 / 遺伝子: mda66, mdaB, mdaB3, y3509, YPO0670, YP_2985 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): KRX / 参照: UniProt: Q7CGH8, UniProt: A0A2U2H1J1*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 473 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.4 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: Protein: 7.8 mg/mL, 0.5 M sodium chloride, 5 mM FAD, 0.01 M Tris, pH 8.3, Screen: PACT (A2), 0.1 M SPG buffer, pH 5.0, 25% w/v PEG1500, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月14日 / 詳細: Beryllium lenses
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.615
11-H-K, K, -L20.385
反射解像度: 1.1→30 Å / Num. all: 153499 / Num. obs: 153499 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 12.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 33
反射 シェル解像度: 1.1→1.12 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.517 / Mean I/σ(I) obs: 2.95 / Num. unique all: 7667 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2B3D

2b3d


解像度: 1.1→28.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.989 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.985 / SU B: 0.639 / SU ML: 0.013
Isotropic thermal model: Anisotropic Refinement of Temperature Factors
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.005 / ESU R Free: 0.005 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.11737 7752 5.1 %RANDOM
Rwork0.0996 ---
all0.10047 145242 --
obs0.10047 145242 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.418 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.91 Å20 Å20 Å2
2--6.91 Å20 Å2
3----13.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→28.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3125 0 113 473 3711
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0213643
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022403
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5471.9735003
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.00535863
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3015448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.23424.525179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.43815589
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4611518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.2510
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214185
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02765
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5851.52125
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.7921.5861
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.22223464
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.10831518
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3274.51538
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.75933643
LS精密化 シェル解像度: 1.1→1.128 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 593 -
Rwork0.224 10712 -
obs-10712 99.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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