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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3rot | ||||||
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タイトル | Crystal structure of ABC sugar transporter (periplasmic sugar binding protein) from Legionella pneumophila | ||||||
![]() | ABC sugar transporter, periplasmic sugar binding protein | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / NYSGRC / PSI-BIOLOGY / Structural Genomics / New York Structural Genomics Research Consortium / carbohydrate transport | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Eswaramoorthy, S. / Almo, S.C. / Swaminathan, S. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of ABC sugar transporter (periplasmic sugar binding protein) from Legionella pneumophila 著者: Eswaramoorthy, S. / Almo, S.C. / Swaminathan, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 116.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 95.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 447.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 453.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34026.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: lpg0184 / プラスミド: PET3A / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.02 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10% PEG 6000, 5% MPD, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月6日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.91→50 Å / Num. all: 44651 / Num. obs: 44651 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 15.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 10.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.91→1.97 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.667 / Num. unique all: 3410 / % possible all: 90.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: RESOLUTION-DEPENDENT WEIGHTING SCHEME USED, BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.7848 Å2 / ksol: 0.340373 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.91→43.23 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: NONE | |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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