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- PDB-3roj: D-fructose 1,6-bisphosphatase class 2/sedoheptulose 1,7-bisphosph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3roj
タイトルD-fructose 1,6-bisphosphatase class 2/sedoheptulose 1,7-bisphosphatase of Synechocystis sp. PCC 6803
要素D-fructose 1,6-bisphosphatase class 2/sedoheptulose 1,7-bisphosphatase
キーワードHYDROLASE / fructose-1 / 6-/sedoheptulose-1 / 7-bisphosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


sedoheptulose-bisphosphatase activity / sedoheptulose-bisphosphatase / glycerol metabolic process / fructose-bisphosphatase / reductive pentose-phosphate cycle / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / gluconeogenesis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #90 / Fructose-1,6-bisphosphatase class 2/Sedoheputulose-1,7-bisphosphatase / Bacterial fructose-1,6-bisphosphatase, glpX-encoded / Fructose-1,6-Bisphosphatase, subunit A, domain 1 / Fructose-1,6-Bisphosphatase; Chain A, domain 1 / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / D-fructose 1,6-bisphosphatase class 2/sedoheptulose 1,7-bisphosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Hu, X. / Hui, D. / Lingling, F. / Jian, W.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: New insights into the structural and interactional basis for a promising route towards fructose-1,6-/sedoheptulose-1,7-bisphosphatases controlling
著者: Hu, X. / Lingling, F.
履歴
登録2011年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-fructose 1,6-bisphosphatase class 2/sedoheptulose 1,7-bisphosphatase
B: D-fructose 1,6-bisphosphatase class 2/sedoheptulose 1,7-bisphosphatase
C: D-fructose 1,6-bisphosphatase class 2/sedoheptulose 1,7-bisphosphatase
D: D-fructose 1,6-bisphosphatase class 2/sedoheptulose 1,7-bisphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,73757
ポリマ－162,6134
非ポリマー4,12453
水15,871881
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12130 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area49160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.282, 144.282, 168.795
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
D-fructose 1,6-bisphosphatase class 2/sedoheptulose 1,7-bisphosphatase / FBPase class 2/SBPase


分子量: 40653.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis (バクテリア) / 株: PCC 6803 / 遺伝子: slr2094 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: P73922, fructose-bisphosphatase, sedoheptulose-bisphosphatase

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非ポリマー , 6種, 934分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 881 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.56 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100mM HEPES, 1.6M Ammonium Sulfate, 7-9% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION ENHANCE ULTRA / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: OXFORD ONYX CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月12日
放射モノクロメーター: multilayer optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→25.95 Å / Num. all: 87598 / Num. obs: 87598 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 14.7 % / Biso Wilson estimate: 34.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
2.3-2.426.60.5512.912260195.4
7.27-25.9516.30.031542793197.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrysalisProデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
CrysalisProデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3D1R

3d1r


解像度: 2.3→25.542 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.38 / FOM work R set: 0.8723 / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2044 4396 5.02 %RANDOM
Rwork0.1835 ---
all0.1845 87525 --
obs0.1845 87525 99.3 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.13 Å2 / ksol: 0.384 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 115.81 Å2 / Biso mean: 30.8998 Å2 / Biso min: 0 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.1167 Å20 Å2-0 Å2
2--3.1167 Å20 Å2
3----6.2334 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→25.542 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10242 0 214 881 11337
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00310638
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81614416
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481648
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021888
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7573921
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.32610.28311380.29092599273792
2.3261-2.35350.28021260.28452593271994
2.3535-2.38210.29091510.2612667281896
2.3821-2.41230.3011570.26152744290198
2.4123-2.4440.26581440.24152744288899
2.444-2.47750.25331700.230227592929100
2.4775-2.51280.22821480.214627692917100
2.5128-2.55030.23741340.216127892923100
2.5503-2.59010.22891540.215327802934100
2.5901-2.63250.23111390.210927882927100
2.6325-2.67790.24351310.205228202951100
2.6779-2.72650.22051430.201127702913100
2.7265-2.77890.20781760.202327712947100
2.7789-2.83550.24931270.194927862913100
2.8355-2.89710.20741510.186827952946100
2.8971-2.96440.21971230.186328112934100
2.9644-3.03840.221500.186927732923100
3.0384-3.12040.19571850.181327652950100
3.1204-3.21210.24561370.183628062943100
3.2121-3.31560.19691460.174227792925100
3.3156-3.43380.20161400.176527892929100
3.4338-3.57090.18541430.164727962939100
3.5709-3.7330.17831450.153827842929100
3.733-3.92910.14971470.145427952942100
3.9291-4.17430.16691620.139427972959100
4.1743-4.4950.16651460.13527892935100
4.495-4.94440.15721520.144628122964100
4.9444-5.65310.19971470.181128022949100
5.6531-7.09690.22151440.219728052949100
7.0969-25.54360.18851400.183128522992100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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