PDB-3roi: 2.20 Angstrom resolution structure of 3-phosphoshikimate 1-carbox...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3roi

タイトル

2.20 Angstrom resolution structure of 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase (AroA) from Coxiella burnetii

要素

3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Coxiella burnetii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Light, S.H. / Minasov, G. / Krishna, S.N. / Halavaty, A.S. / Shuvalova, L. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: 2.20 Angstrom resolution structure of 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase (AroA) from Coxiella burnetii
著者: Light, S.H. / Minasov, G. / Krishna, S.N. / Halavaty, A.S. / Shuvalova, L. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2011年4月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3roi.cif.gz	334.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3roi.ent.gz	274.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3roi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ro/3roi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ro/3roi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1rf5S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4e7f-2 3kqa-4 4e7e-1 4e7d-4 4e7e-4 5dah-d 1viz-d 2gg4-d 4e7c-3 4e7c-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP01842

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (9)

登録構造単位

A: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

B: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

ヘテロ分子

95.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
47.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
47.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.164, 116.408, 160.749
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase / EPSP synthase / EPSPS 分子量: 46753.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coxiella burnetii (バクテリア) / 株: RSA 493 / 遺伝子: aroA, CBU_0526 / プラスミド: MCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic 参照: UniProt: Q83E11, 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.69 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: 7.5 mg/ml, 0.5 M NaCl, 0.01 Tris, JCSG+, B1 0.8 M Ammonium Sulfate, 0.1 M tri-Sodium Citrate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月17日 / 詳細: Beryllium lens
放射	モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 40980 / Num. obs: 40980 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 49.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 51

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
BALBES		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1RF5

1rf5

解像度: 2.2→29.1 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 13.469 / SU ML: 0.159 / Isotropic thermal model: Individual thermal factors refined / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.227 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24308	2034	5 %	RANDOM
R_work	0.19054	-	-	-
all	0.19323	38869	-	-
obs	0.19323	38869	99.58 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.292 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.42 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.67 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6400	0	84	198	6682

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	6647
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4430
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.372	1.998	9039
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.846	3	10913
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.728	5	878
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.274	24.458	249
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.97	15	1139
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.166	15	45
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	1065
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	7372
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1185
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.952	1.5	4332
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.253	1.5	1778
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.743	2	6991
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.872	3	2315
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.638	4.5	2047
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.202→2.259 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.288	126	-
R_work	0.215	2660	-
obs	-	2660	94.57 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3428	-2.0444	-0.7533	3.1052	0.8882	0.9348	0.0575	-0.1578	0.1618	-0.133	0.1004	-0.104	-0.1065	0.1281	-0.1578	0.0251	-0.0132	0.029	0.023	-0.0282	0.0748	-4.2459	27.8821	-32.919
2	2.2928	-0.1165	-0.1232	2.1261	-0.0323	2.3429	-0.0431	-0.2637	-0.2611	-0.0522	0.1108	0.6481	0.1613	-0.1766	-0.0677	0.1278	0.0396	0.0421	0.1708	0.035	0.3064	-23.2111	28.9947	-28.6566
3	1.1419	-1.7607	-0.0273	4.0149	0.4989	0.3178	-0.1291	-0.3583	-0.1439	0.3996	0.2393	0.1276	0.1635	-0.0055	-0.1102	0.1928	0.043	0.024	0.249	0.0121	0.1204	-3.8436	17.213	-23.0921
4	1.3771	0.5515	-0.5358	1.5716	-0.0397	1.9456	0.0954	-0.1957	-0.0139	0.2206	-0.039	0.0139	0.1347	-0.0508	-0.0564	0.1479	0.0379	-0.0289	0.0815	0.0193	0.0713	-4.4276	-0.0842	-28.4746
5	1.7753	0.4735	0.0721	2.0002	-0.1446	1.9946	-0.0309	0.0688	0.1166	-0.2425	0.0893	0.012	0.0632	-0.0506	-0.0584	0.1348	0.0479	-0.0153	0.0399	-0.0022	0.0436	-1.7286	3.7349	-45.5247
6	1.6612	0.7312	1.5341	1.0797	0.8508	2.7023	-0.0148	0.0642	0.0485	0.0253	0.0527	0.167	0.1628	-0.0644	-0.0379	0.0469	-0.041	0.0019	0.0985	0.0313	0.0579	-14.2963	-2.8515	8.8651
7	2.324	-0.7757	-0.5051	1.8036	-0.4156	1.8384	0.0398	0.1701	-0.0179	-0.1438	0.0495	-0.1258	0.0356	0.4303	-0.0894	0.0481	-0.0477	-0.005	0.2492	-0.0219	0.0741	4.7275	1.039	8.8424
8	2.5912	1.1149	2.2005	1.9106	1.9363	3.0766	-0.1663	0.2713	0.2056	-0.2758	0.0652	0.0761	-0.3236	0.1458	0.1011	0.1271	-0.0841	-0.0414	0.134	0.0935	0.0795	-12.5663	4.1109	-4.5
9	3.7135	-1.0648	-0.7485	3.2979	0.034	2.7441	0.1243	0.0664	0.0548	-0.1237	-0.1198	-0.1503	-0.1432	0.0153	-0.0046	0.1701	-0.0484	-0.0678	0.0872	0.0601	0.0552	-14.4776	-6.7899	-19.048
10	3.634	-0.6904	-1.3156	1.495	0.0134	3.5606	0.0354	-0.3109	-0.6212	0.1057	-0.1218	-0.017	0.6869	0.0563	0.0864	0.3221	-0.095	-0.1605	0.0824	0.1059	0.2237	-16.6166	-22.0355	-11.1716

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 119
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	120 - 202
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	203 - 255
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	256 - 330
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	331 - 433
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1 - 119
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	120 - 202
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	203 - 255
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	256 - 330
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	331 - 430

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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