[日本語] English
万見
- PDB-3roh: Crystal Structure of Leukotoxin (LukE) from Staphylococcus aureus... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3roh
タイトルCrystal Structure of Leukotoxin (LukE) from Staphylococcus aureus subsp. aureus COL.
要素Leucotoxin LukEv
キーワードTOXIN / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Leukocidin-like / Leukocidin / pore-forming toxin / Membrane and cell surface proteins and peptides
機能・相同性
機能・相同性情報


cytolysis in another organism / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Leukocidin/porin MspA / Leukocidin-like / Bi-component toxin, staphylococci / Leukocidin/Hemolysin toxin / Leukocidin/Hemolysin toxin family / Leukocidin/porin MspA superfamily / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Leucotoxin LukEv
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Minasov, G. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. / Grandi, G. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2016
タイトル: Crystal structures of the components of the Staphylococcus aureus leukotoxin ED.
著者: Nocadello, S. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Sabini, E. / Bagnoli, F. / Grandi, G. / Anderson, W.F.
履歴
登録2011年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22016年3月2日Group: Database references
改定 1.32016年3月16日Group: Source and taxonomy
改定 1.42017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Leucotoxin LukEv
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2604
ポリマ－37,0381
非ポリマー2213
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.904, 133.904, 64.473
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

-
要素

#1: タンパク質 Leucotoxin LukEv / Variant of LukE


分子量: 37038.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 遺伝子: HMPREF0773_11197, lukE, lukEv, SAOUHSC_01955 / プラスミド: pET 15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q2FXB0
#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.47 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein: 7mG/mL, 0.25M Sodium chloride, 0.01M Tris, pH 8.3. Screen: JCSG+, D7, 0.2M Lithium sulfate, 0.1M Tris, pH 8.5, 40% v/v PEG 400. VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月31日 / 詳細: Beryllium lenses
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→30 Å / Num. all: 9573 / Num. obs: 9573 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 87.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 25.8
反射 シェル解像度: 3.2→3.26 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.552 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 467 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1T5R

1t5r


解像度: 3.2→29.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 24.656 / SU ML: 0.185
Isotropic thermal model: Thermal Factors Individually Refined
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.366 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22418 459 4.8 %RANDOM
Rwork0.17845 ---
all0.18055 9098 --
obs0.18055 9098 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 107.369 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→29.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2248 0 12 26 2286
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0222311
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021590
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3581.9373122
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.74133874
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.5695281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg20.21924.732112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg7.27915393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.2181510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2330
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0212579
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02475
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8051.51399
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1221.5574
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.57322271
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1223912
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.544.5851
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.282 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 30 -
Rwork0.294 646 -
obs-646 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.97152.8993-1.92687.3872-3.37613.29250.10840.25540.21380.18280.05130.1042-0.57860.0699-0.15970.186-0.0346-0.02160.2755-0.10250.13125.955528.03212.5051
22.73583.7049-2.238210.3929-5.55584.3374-0.38290.2516-0.5909-0.54940.0731-0.64410.1760.17260.30980.2948-0.0290.05250.3128-0.20810.212529.44117.76037.5645
32.34413.2751-1.223811.5243-2.8583.2594-0.0180.14670.20850.22480.1520.3838-0.3984-0.0719-0.1340.06560.0132-0.00650.1936-0.10220.091120.731821.223816.5268
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A30 - 138
2X-RAY DIFFRACTION2A139 - 215
3X-RAY DIFFRACTION3A216 - 311

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る