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万見
- PDB-3rof: Crystal Structure of the S. aureus Protein Tyrosine Phosphatase PtpA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rof
タイトルCrystal Structure of the S. aureus Protein Tyrosine Phosphatase PtpA
要素
  • Expression tag cleaved from protein-tyrosine-phosphatase ptpA
  • Low molecular weight protein-tyrosine-phosphatase ptpA
キーワードHYDROLASE / Phosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight / Phosphotyrosine protein phosphatase I / Phosphotyrosine protein phosphatase I superfamily / Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase / Low molecular weight phosphatase family / Response regulator / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Low molecular weight protein-tyrosine-phosphatase PtpA
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.03 Å
データ登録者Grundner, C. / Chou, S. / Engel, K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structure and substrate recognition of the Staphylococcus aureus protein tyrosine phosphatase PtpA.
著者: Vega, C. / Chou, S. / Engel, K. / Harrell, M.E. / Rajagopal, L. / Grundner, C.
履歴
登録2011年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月23日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32024年2月28日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Low molecular weight protein-tyrosine-phosphatase ptpA
B: Expression tag cleaved from protein-tyrosine-phosphatase ptpA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9894
ポリマ－18,7992
非ポリマー1902
水5,350297
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1250 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area8320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.810, 35.100, 65.510
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.050, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Low molecular weight protein-tyrosine-phosphatase ptpA / Phosphotyrosine phosphatase A / PTPase A


分子量: 17946.219 Da / 分子数: 1 / 変異: E114A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: ptpA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C5D2, protein-tyrosine-phosphatase
#2: タンパク質・ペプチド Expression tag cleaved from protein-tyrosine-phosphatase ptpA


分子量: 852.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: ptpA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.39 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.9 M NaH2PO4/1.1 M K2HPO4 acetate buffer, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 100K

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データ収集

回折平均測定温度: 291 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月28日
放射モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.03→34.804 Å / Num. obs: 73124

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.6.3_473精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.03→34.804 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.09 / σ(F): 0 / 位相誤差: 16.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1689 3495 5.03 %
Rwork0.1495 --
obs0.1505 69482 88.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.77 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.209 Å2 / ksol: 0.462 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3542 Å20 Å20.1278 Å2
2--1.2533 Å2-0 Å2
3----0.8991 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.03→34.804 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1312 0 10 297 1619
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0131385
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4151878
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.071516
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088197
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009249
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.0302-1.0670.23033090.21035648X-RAY DIFFRACTION77
1.067-1.10970.20263030.17926023X-RAY DIFFRACTION82
1.1097-1.16020.17463540.15226248X-RAY DIFFRACTION84
1.1602-1.22140.18293330.1466513X-RAY DIFFRACTION88
1.2214-1.29790.18263090.14436702X-RAY DIFFRACTION90
1.2979-1.39810.18963660.14616709X-RAY DIFFRACTION91
1.3981-1.53880.17893740.13846787X-RAY DIFFRACTION92
1.5388-1.76150.15433570.13847024X-RAY DIFFRACTION94
1.7615-2.21920.16014150.1377074X-RAY DIFFRACTION95
2.2192-34.8240.15453750.15387259X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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