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- PDB-3rob: The crystal structure of a conserved protein from Planctomyces li... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rob
タイトルThe crystal structure of a conserved protein from Planctomyces limnophilus DSM 3776
要素uncharacterized conserved protein
キーワードStructural Genomics / unknown function / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG
機能・相同性Domain of unknown function DUF4440 / Domain of unknown function (DUF4440) / Steroid delta5-4-isomerase / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta / DUF4440 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Planctomyces limnophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Tan, K. / Li, H. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a conserved protein from Planctomyces limnophilus DSM 3776
著者: Tan, K. / Li, H. / Bearden, J. / Joachimiak, A.
履歴
登録2011年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: uncharacterized conserved protein
B: uncharacterized conserved protein
C: uncharacterized conserved protein
D: uncharacterized conserved protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7388
ポリマ－63,3694
非ポリマー3684
水12,250680
1
A: uncharacterized conserved protein
B: uncharacterized conserved protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8694
ポリマ－31,6852
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2620 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area13590 Å2
手法PISA
2
C: uncharacterized conserved protein
D: uncharacterized conserved protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8694
ポリマ－31,6852
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2740 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area13260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.098, 68.098, 124.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
詳細Experimentally unknown. The chains A and B, C and D are predicted to form dimers, respectively.

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要素

#1: タンパク質
uncharacterized conserved protein


分子量: 15842.309 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Planctomyces limnophilus (バクテリア)
株: DSM 3776 / 遺伝子: Plim_4131 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: D5SZ41
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 680 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.24 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M Tris:HCl, 15% (v/v) Ethanol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97923 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月22日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→30 Å / Num. all: 107855 / Num. obs: 107855 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 38
反射 シェル解像度: 1.48→1.52 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.565 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 5291 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
ARPモデル構築
WARPモデル構築
HKL-3000位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.48→29.487 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 18.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1937 5254 5 %random
Rwork0.1722 ---
all0.1733 105018 --
obs0.1733 105018 97.29 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.011 Å2 / ksol: 0.381 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3448 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.3448 Å20 Å2
3----0.6896 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.48→29.487 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4154 0 24 680 4858
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074356
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0765910
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4071637
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068663
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005770
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4784-1.53130.24044290.23989222X-RAY DIFFRACTION90
1.5313-1.59260.24164840.20859657X-RAY DIFFRACTION94
1.5926-1.66510.22264810.19319850X-RAY DIFFRACTION96
1.6651-1.75280.20275320.17959950X-RAY DIFFRACTION97
1.7528-1.86270.18875700.169510011X-RAY DIFFRACTION98
1.8627-2.00640.19635480.171310228X-RAY DIFFRACTION99
2.0064-2.20830.1975460.170110213X-RAY DIFFRACTION100
2.2083-2.52770.20285650.171310264X-RAY DIFFRACTION100
2.5277-3.1840.20015590.177210221X-RAY DIFFRACTION100
3.184-29.49320.16955400.156310148X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.20990.6669-0.09950.9777-0.45480.76230.0469-0.0750.16820.04590.00570.0971-0.0594-0.0376-0.04860.06250.00340.01630.0766-0.00960.07692.642252.957837.1694
20.85390.2161-0.10091.3881-0.36010.5519-0.00140.0287-0.1347-0.06250.0216-0.11570.127-0.0146-0.00930.09980.0049-0.01230.0694-0.01640.0929-7.986430.968640.5844
30.8796-0.57620.04830.9568-0.72340.94910.03690.0837-0.1552-0.09220.0446-0.00270.1098-0.0885-0.0650.0764-0.014-0.02160.09-0.02380.087536.594443.088536.5452
40.539-0.28580.53071.328-0.42250.5064-0.06830.02880.08290.05550.0065-0.1435-0.14470.00920.05680.108-0.01810.0030.0823-0.00390.083325.953464.875432.1311
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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