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- PDB-3rmu: Crystal structure of human Methylmalonyl-CoA epimerase, MCEE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rmu
タイトルCrystal structure of human Methylmalonyl-CoA epimerase, MCEE
要素Methylmalonyl-CoA epimerase, mitochondrial
キーワードISOMERASE / structural genomics consortium / SGC / vitamin B12 / mitochondria
機能・相同性
機能・相同性情報


methylmalonyl-CoA epimerase / short-chain fatty acid catabolic process / methylmalonyl-CoA epimerase activity / L-methylmalonyl-CoA metabolic process / Propionyl-CoA catabolism / mitochondrial matrix / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Methylmalonyl-CoA epimerase / : / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Methylmalonyl-CoA epimerase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Krysztofinska, E. / Froese, D.S. / Yue, W.W. / Vollmar, M. / Muniz, J.R.C. / von Delft, F. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. ...Chaikuad, A. / Krysztofinska, E. / Froese, D.S. / Yue, W.W. / Vollmar, M. / Muniz, J.R.C. / von Delft, F. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of human Methylmalonyl-CoA epimerase, MCEE
著者: Chaikuad, A. / Krysztofinska, E. / Froese, D.S. / Yue, W.W. / Vollmar, M. / Muniz, J.R.C. / von Delft, F. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Oppermann, U. / ...著者: Chaikuad, A. / Krysztofinska, E. / Froese, D.S. / Yue, W.W. / Vollmar, M. / Muniz, J.R.C. / von Delft, F. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2011年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methylmalonyl-CoA epimerase, mitochondrial
B: Methylmalonyl-CoA epimerase, mitochondrial
C: Methylmalonyl-CoA epimerase, mitochondrial
D: Methylmalonyl-CoA epimerase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,38532
ポリマ－57,5284
非ポリマー1,85828
水5,819323
1
A: Methylmalonyl-CoA epimerase, mitochondrial
B: Methylmalonyl-CoA epimerase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,68917
ポリマ－28,7642
非ポリマー92515
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4890 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area13350 Å2
手法PISA
2
C: Methylmalonyl-CoA epimerase, mitochondrial
D: Methylmalonyl-CoA epimerase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,69715
ポリマ－28,7642
非ポリマー93313
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5830 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area13120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.120, 66.690, 76.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Methylmalonyl-CoA epimerase, mitochondrial / MCEE / DL-methylmalonyl-CoA racemase


分子量: 14381.883 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 45-176 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCEE / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3-pRARE2 / 参照: UniProt: Q96PE7, methylmalonyl-CoA epimerase
#2: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細R104L IS A NATURAL VARIANT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.11 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% PEG smears (PEG400, PEG550 MME, PEG600, PEG1000), 0.1 M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月8日 / 詳細: Kirkpatrick Baez bimorph mirror pair
放射モノクロメーター: Si (111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→38.49 Å / Num. all: 49557 / Num. obs: 49519 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.565 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 7219 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 30A4

30a4


解像度: 1.8→36.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 6.435 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23722 2491 5 %RANDOM
Rwork0.18701 ---
obs0.18961 47027 99.14 %-
all-49519 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.591 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.33 Å20 Å20.11 Å2
2--2.72 Å20 Å2
3----0.39 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.235 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→36.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3983 0 109 323 4415
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0224219
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022877
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5051.9945649
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91537140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0835552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.15726.107149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.54815744
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.022155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2659
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214559
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02694
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.88332690
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.93231098
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.26854320
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.2481529
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.977111319
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.389 185 -
Rwork0.331 3452 -
obs--99.62 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.68220.5538-0.11161.7477-0.71333.72460.0104-0.5367-0.18610.0653-0.01390.0354-0.04330.02960.00350.02010.0020.00660.08150.03040.013731.592826.567872.2455
24.3306-0.82822.84410.9135-1.08085.62630.2154-0.037-0.551-0.1083-0.03950.16420.5901-0.3185-0.17580.118-0.0330.03390.0527-0.0020.134521.634620.475163.8725
315.9098-4.975-1.62018.51934.299614.5522-0.0325-0.0737-1.02290.1195-0.17710.57150.6719-0.94090.20960.0984-0.0382-0.00080.12910.06090.133817.326923.749561.961
43.2741-0.4847-0.00311.98620.83313.8405-0.0110.4148-0.3017-0.1059-0.01220.01280.01540.15410.02330.0311-0.00250.01340.0589-0.03790.032833.293426.231749.8596
54.54921.0492.61761.27461.47824.67840.1437-0.0976-0.69690.07230.0179-0.19040.47590.2618-0.16160.11430.04160.04290.03680.04520.149542.984820.195158.0882
610.90715.097-2.07737.3428-1.359411.88940.0407-0.1459-0.92220.0154-0.1412-0.51930.57820.82120.10050.08250.0507-0.01270.1345-0.03730.150747.208923.121360.5393
73.73240.1135-0.53970.6023-0.54813.7729-0.05760.36970.5038-0.0243-0.0272-0.0084-0.25440.08720.08480.0635-0.0125-0.02110.04280.05470.082743.334453.136545.1804
86.734-1.7242-6.11982.3454.900820.14160.16450.15340.8644-0.33590.0468-0.0148-1.0896-0.6285-0.21120.14330.0357-0.02050.13450.00130.22228.192553.408956.0869
916.1288.1058-2.569121.3067-0.39654.07720.718-1.24981.32821.1479-0.6599-0.3278-0.2981-0.5118-0.05820.0929-0.00440.01550.2422-0.12910.197535.53153.693157.273
103.93211.12631.22061.50180.71073.70860.0001-0.55750.2651-0.015-0.0306-0.0610.0135-0.11660.03060.02370.00160.00090.0933-0.05250.033847.817550.578165.4755
113.3434-0.9275-1.25211.85121.82986.45770.12340.10510.5631-0.1911-0.0989-0.1064-0.62430.302-0.02440.1075-0.0324-0.03190.04390.03640.143257.8956.139757.0709
1214.1822-3.79870.64995.9086-2.292310.57080.00930.05341.13320.1018-0.2323-0.4702-0.59621.1810.22310.1003-0.05620.01060.165-0.01880.166461.882153.011954.9771
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 94
2X-RAY DIFFRACTION2A95 - 144
3X-RAY DIFFRACTION3A145 - 176
4X-RAY DIFFRACTION4B-1 - 94
5X-RAY DIFFRACTION5B95 - 143
6X-RAY DIFFRACTION6B144 - 176
7X-RAY DIFFRACTION7C-1 - 134
8X-RAY DIFFRACTION8C135 - 163
9X-RAY DIFFRACTION9C164 - 176
10X-RAY DIFFRACTION10D-1 - 94
11X-RAY DIFFRACTION11D95 - 144
12X-RAY DIFFRACTION12D145 - 176

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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