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- PDB-3rmq: Crystal structure of uncharacterized protein Svir_20580 from Sacc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rmq
タイトルCrystal structure of uncharacterized protein Svir_20580 from Saccharomonospora viridis (V71M mutant)
要素uncharacterized protein
キーワードStructural Genomics / unknown function / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / zinc binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Malonyl-[acyl-carrier protein] O-methyltransferase, zinc-finger motif / Helix Hairpins - #1650 / Putative zinc-finger containing protein / zinc-finger / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharomonospora viridis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Michalska, K. / Weger, A. / Hatzos-Skintges, C. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of uncharacterized protein Svir_20580 from Saccharomonospora viridis (V71M mutant)
著者: Michalska, K. / Weger, A. / Hatzos-Skintges, C. / Bearden, J. / Joachimiak, A.
履歴
登録2011年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,53710
ポリマ－13,1011
非ポリマー4369
水1,40578
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.225, 79.225, 47.051
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 uncharacterized protein


分子量: 13101.412 Da / 分子数: 1 / 変異: V71M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomonospora viridis (バクテリア)
株: DSM 43017 / 遺伝子: Svir_20580 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21, pRK1037 / 参照: UniProt: C7MVX3
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.19 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.8 M NaCl, 0.1 M Tris/HCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97923 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 14603 / Num. obs: 14408 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 25.6
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.646 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 707 / % possible all: 95.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
SHELXモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELX位相決定
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.85→25.932 Å / SU ML: 0.18 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: Hydrogen atoms have been added at ridding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1908 1102 7.65 %random
Rwork0.1617 ---
all0.1639 14402 --
obs0.1639 14402 98.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.53 Å / VDWプローブ半径: 0.7 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.816 Å2 / ksol: 0.482 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.0213 Å2-0 Å20 Å2
2---0.0213 Å2-0 Å2
3---0.0426 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→25.932 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数876 0 16 78 970
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015941
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3811282
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.957343
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1136
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007166
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.8472-1.93130.24811420.21431644164498
1.9313-2.03310.22111320.17511623162398
2.0331-2.16040.19791510.15791632163299
2.1604-2.32710.18731290.15571675167599
2.3271-2.56110.20411420.16111656165699
2.5611-2.93130.22251350.18621669166999
2.9313-3.69140.1881390.169516731673100
3.6914-25.9350.15261320.13591728172899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1320.65530.16890.656-0.09110.16290.07720.02320.01710.1016-0.0646-0.0336-0.04220.0468-0.00550.1394-0.0259-0.0140.1469-0.00190.13194.2905-34.05246.4667
20.53370.9601-0.1962.16530.03840.50180.2219-0.14290.09670.4127-0.22660.1306-0.02740.060.00990.2685-0.0551-0.00830.175-0.02210.17910.0861-30.717212.6263
30.97370.4367-0.14921.4248-0.18790.12710.0363-0.020.01920.0522-0.02270.16380.00650.10660.00070.11760.0099-0.00910.1481-0.0070.1075-3.4849-39.74428.8042
44.0479-0.2060.42532.51830.54330.1731-0.01951.55560.1487-0.8975-0.1433-0.0402-0.36170.09680.10040.36420.0416-0.04010.5147-0.00150.1628-2.977-32.1733-11.3643
52.6469-0.4737-0.23092.5167-1.07672.03260.37720.4406-0.23170.1695-0.3317-0.6202-0.2645-0.427-0.07960.1610.0767-0.01380.19910.0320.2645-10.6832-28.4979-1.6035
63.6653-0.8987-0.33870.6872-0.32890.41380.68821.08420.2594-0.5075-0.486-0.19060.01650.0897-0.11850.33930.16490.08170.42580.11510.3076-12.1633-24.3925-9.0422
72.09332.32914.43763.04395.00939.4769-0.34790.3841-0.34940.1950.030.10370.00990.41710.20880.24360.0640.03370.3324-0.05370.2011-19.9386-31.0991-9.5811
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:23)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 24:39)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 40:64)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 65:78)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 79:96)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 97:107)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 108:111)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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