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- PDB-3rmd: Crystal Structure of a replicative DNA polymerase bound to DNA co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rmd
タイトルCrystal Structure of a replicative DNA polymerase bound to DNA containing Thymine Glycol
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*TP*(CTG)P*G*AP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*A)-3')
  • DNA polymerase
キーワードTRANSFERASE/DNA / DNA LESION / THYMINE GLYCOL / PROTEIN-DNA COMPLEX / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


bidirectional double-stranded viral DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / DNA replication proofreading / 3'-5'-DNA exonuclease activity / SOS response / 3'-5' exonuclease activity / base-excision repair, gap-filling / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity ...bidirectional double-stranded viral DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / DNA replication proofreading / 3'-5'-DNA exonuclease activity / SOS response / 3'-5' exonuclease activity / base-excision repair, gap-filling / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DnaQ-like 3'-5' exonuclease / Monooxygenase - #300 / Ribonuclease H-like motif / DNA-directed DNA polymerase T4 type / DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain / Monooxygenase ...DnaQ-like 3'-5' exonuclease / Monooxygenase - #300 / Ribonuclease H-like motif / DNA-directed DNA polymerase T4 type / DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain / Monooxygenase / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Helix Hairpins / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA-directed DNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage RB69 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Aller, P. / Duclos, S. / Wallace, S.S. / Doublie, S.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: A crystallographic study of the role of sequence context in thymine glycol bypass by a replicative DNA polymerase serendipitously sheds light on the exonuclease complex.
著者: Aller, P. / Duclos, S. / Wallace, S.S. / Doublie, S.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2007
タイトル: A structural rationale for stalling of a replicative DNA polymerase at the most common oxidative thymine lesion, thymine glycol.
著者: Aller, P. / Rould, M.A. / Hogg, M. / Wallace, S.S. / Doublie, S.
履歴
登録2011年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月2日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32023年9月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase
B: DNA polymerase
C: DNA polymerase
D: DNA polymerase
E: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*(CTG)P*G*AP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*A)-3')
G: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*(CTG)P*G*AP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*G)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*A)-3')
I: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*(CTG)P*G*AP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*G)-3')
J: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*A)-3')
K: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*(CTG)P*G*AP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*G)-3')
L: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)461,90314
ポリマ－460,92112
非ポリマー9822
水3,387188
1
A: DNA polymerase
E: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*(CTG)P*G*AP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,2303
ポリマ－115,2303
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2840 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area44660 Å2
手法PISA
2
B: DNA polymerase
G: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*(CTG)P*G*AP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*G)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,7214
ポリマ－115,2303
非ポリマー4911
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5300 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area43870 Å2
手法PISA
3
C: DNA polymerase
I: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*(CTG)P*G*AP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*G)-3')
J: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,7214
ポリマ－115,2303
非ポリマー4911
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5290 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area44030 Å2
手法PISA
4
D: DNA polymerase
K: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*(CTG)P*G*AP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*G)-3')
L: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,2303
ポリマ－115,2303
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4700 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area43550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.837, 123.025, 168.775
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.870, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細4 complexes DNA/DNA-polymerase per asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質
DNA polymerase / Gp43


分子量: 105069.586 Da / 分子数: 4 / 変異: D222A, D327A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage RB69 (ファージ)
遺伝子: 43, gp43 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q38087, DNA-directed DNA polymerase
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*CP*GP*TP*(CTG)P*G*AP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量: 5575.606 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA template
#3: DNA鎖
DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*A)-3')


分子量: 4584.985 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA primer
#4: 化合物 ChemComp-DTP / 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / dATP


分子量: 491.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.67 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 4% PEG 20,000, 100 mM Na acetate, 125 mM Mg acetate, 100 mM TrisHCl, 1% glycerol, 10mM Phenol, 2 mM beta-mercaptoethanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 297K, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月15日 / 詳細: Rhodium coated silicon single crysta
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator, liquid nitrogen cooling
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.98→50 Å / Num. all: 111177 / Num. obs: 109082 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Χ2: 1.063 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.98-3.093.10.40991360.953182.5
3.09-3.214.10.372109120.971199.1
3.21-3.364.70.284110630.969199.9
3.36-3.534.80.206110711.0811100
3.53-3.754.80.153110861.1171100
3.75-4.044.80.109111091.1181100
4.04-4.454.90.077111191.0561100
4.45-5.094.90.063110941.0531100
5.09-6.424.80.062111681.0841100
6.42-504.70.046113241.142199.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化開始モデル: pdb entry 2DY4

2dy4


解像度: 2.98→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2754 19418 8.9 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs-106834 92.8 %-
溶媒の処理Bsol: 49.9206 Å2
原子変位パラメータBiso max: 200.13 Å2 / Biso mean: 67.1825 Å2 / Biso min: 2.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.326 Å20 Å29.771 Å2
2---2.51 Å20 Å2
3---1.184 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.98→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29076 2546 60 188 31870
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.277
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2881.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.782
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.2832
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.9462.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna-test.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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