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万見
- PDB-3rlh: Crystal structure of a class II phospholipase D from Loxosceles i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rlh
タイトルCrystal structure of a class II phospholipase D from Loxosceles intermedia venom
要素Dermonecrotic toxin LiSicTox-alphaIA1a
キーワードHYDROLASE / Class II PLD / TIM beta/alpha-barrel superfamily / PLC-like Phosphodiesterase / Phospholipase-D / Hydrolase.
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoric diester hydrolase activity / lipid catabolic process / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / toxin activity / killing of cells of another organism / lyase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family / Phosphatidylinositol (PI) phosphodiesterase / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Dermonecrotic toxin LiSicTox-alphaIA1a
類似検索 - 構成要素
生物種Loxosceles intermedia (クモ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Giuseppe, P.O. / Ullah, A. / Veiga, S.S. / Murakami, M.T. / Arni, R.K. / Doherty, D.Z. / Gismene, C. / Bachega, J.F.R. / Chahine, J. / Gonzalez, J.E.H.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2020/08615-8 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)309940/2019-2 ブラジル
引用
ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2011
タイトル: Structure of a novel class II phospholipase D: Catalytic cleft is modified by a disulphide bridge.
著者: de Giuseppe, P.O. / Ullah, A. / Silva, D.T. / Gremski, L.H. / Wille, A.C. / Chaves Moreira, D. / Ribeiro, A.S. / Chaim, O.M. / Murakami, M.T. / Veiga, S.S. / Arni, R.K.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mechanism of phosphate cyclization by Loxoceles intermedia Class II Phospholipase-D
著者: Gismene, C. / Bachega, J.F.R. / Calil, F.A. / Chahine, J. / Arni, R.K. / Gonzalez, J.E.H.
履歴
登録2011年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
改定 2.02025年2月19日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_type ...atom_site / atom_type / audit_author / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / diffrn / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_contact_author / pdbx_database_status / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell / software / struct / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_keywords / struct_mon_prot_cis / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _entity_name_com.name / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_contact_author.id / _pdbx_contact_author.identifier_ORCID / _pdbx_contact_author.name_salutation / _pdbx_database_status.SG_entry / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][2] / _refine.aniso_B[1][3] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[2][3] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.details / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_all / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_all / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.ls_wR_factor_R_free / _refine.ls_wR_factor_R_work / _refine.occupancy_max / _refine.occupancy_min / _refine.overall_FOM_work_R_set / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI / _refine.overall_SU_R_free / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii / _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii / _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _reflns.number_all / _reflns.observed_criterion_sigma_I / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI / _reflns.pdbx_redundancy / _reflns_shell.number_unique_all / _reflns_shell.number_unique_obs / _software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct.pdbx_CASP_flag / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_keywords.text / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.id / _struct_sheet_order.sheet_id / _struct_sheet_range.sheet_id
解説: Ligand identity / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dermonecrotic toxin LiSicTox-alphaIA1a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2968
ポリマ－36,6021
非ポリマー6947
水3,423190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.810, 49.300, 56.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.83, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Dermonecrotic toxin LiSicTox-alphaIA1a / Dermonecrotic toxin 1 / DT1 / LiRecDT1 / P1 / Phospholipase D / PLD / Sphingomyelin ...Dermonecrotic toxin 1 / DT1 / LiRecDT1 / P1 / Phospholipase D / PLD / Sphingomyelin phosphodiesterase D 1 / SMD 1 / SMase D 1 / Sphingomyelinase D 1


分子量: 36601.926 Da / 分子数: 1 / 断片: mature phospholipase D / 変異: E277D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Loxosceles intermedia (クモ) / プラスミド: pET-14b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS
参照: UniProt: P0CE80, 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; -

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非ポリマー , 6種, 197分子

#2: 化合物 ChemComp-A1BTZ / (2r,5r)-5-amino-2-hydroxy-5-(hydroxymethyl)-1,3,2lambda~5~-dioxaphosphinan-2-one


分子量: 183.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10NO5P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.07 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 7.5, 40%(v/v) PEG200, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.458 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月20日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.458 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→54.165 Å / Num. obs: 28041 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 1.72→1.81 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.468 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 28041 / Rsym value: 0.468 / % possible all: 99.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.87 Å23.74 Å
Translation1.87 Å23.74 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345dtbデータ収集
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XX1

1xx1


解像度: 1.72→23.74 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.86 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1971 1408 5.02 %RANDOM
Rwork0.1607 ---
obs0.1626 28026 99.88 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→23.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2220 0 11 190 2421
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.567
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.952
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.12330
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.013406
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.72-1.780.39211470.28952632X-RAY DIFFRACTION100
1.78-1.850.26911120.23042646X-RAY DIFFRACTION100
1.85-1.940.22231320.18152663X-RAY DIFFRACTION100
1.94-2.040.23531470.15982630X-RAY DIFFRACTION100
2.04-2.170.21161390.15052683X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.330.19941320.14262670X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.570.20631430.15072661X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.940.19311570.15452647X-RAY DIFFRACTION100
2.94-3.70.1871350.15772692X-RAY DIFFRACTION100
3.7-23.740.15151640.14512694X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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