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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rky
タイトルStructural characterisation of staphylococcus aureus biotin protein ligase
要素Biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase
キーワードLIGASE / biotin protein ligase / 3 domain / enzyme DNA binding / DNA biotin carrier coupling domains
機能・相同性
機能・相同性情報


SH3 type barrels. - #100 / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / SH3 type barrels. / Arc Repressor Mutant, subunit A / Roll / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta ...SH3 type barrels. - #100 / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / SH3 type barrels. / Arc Repressor Mutant, subunit A / Roll / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.232 Å
データ登録者Wilce, M.C.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural characterisation of staphylococcus aureus biotin protein ligase
著者: Pendini, N.R. / Yap, M.Y. / Polyak, S.W. / Cowieson, N. / Traore, D.A.K. / Booker, G.W. / Wallace, J.C. / Abell, A. / Wilce, J.A. / Wilce, M.C.J.
履歴
登録2011年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4312
ポリマ－37,1871
非ポリマー2441
水00
1
A: Biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase
ヘテロ分子

A: Biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,8624
ポリマ－74,3742
非ポリマー4892
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area2010 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area29000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.266, 94.266, 130.885
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 Biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase


分子量: 37186.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: ECT-R 2 / 遺伝子: ECTR2_1310 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: E5R5T0, biotin-[biotin carboxyl-carrier protein] ligase
#2: 化合物 ChemComp-BTN / BIOTIN / ビオチン


分子量: 244.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O3S

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 3350, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9951 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9951 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→40 Å / Num. obs: 9929 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化開始モデル: 3RIR

3rir


解像度: 3.232→19.797 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2392 465 4.75 %Random
Rwork0.1919 ---
obs0.1942 9784 98.84 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.168 Å2 / ksol: 0.331 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6778 Å2-0 Å20 Å2
2---0.6778 Å2-0 Å2
3---1.3557 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.232→19.797 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2602 0 16 0 2618
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0152669
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.8683600
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.498998
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.095391
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012464
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.2323-3.69740.31551520.2601302699
3.6974-4.64830.2531580.1793308299
4.6483-19.79710.19341550.1673321198
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6086-0.2424-0.25841.1533-0.09540.47870.09540.19940.4303-0.34490.1166-0.3939-0.0462-0.1558-0.15330.09510.12810.09130.26440.14110.283724.197123.934746.6374
20.9620.1307-0.41830.79290.00141.08250.05710.04550.0660.0290.21270.1019-0.237-0.1176-0.16990.06980.01160.04360.12130.07610.123340.746817.276721.6598
30.6742-0.2264-0.17220.5286-0.11240.31690.23870.2726-0.1146-0.0732-0.1587-0.1036-0.2661-0.2731-0.12160.4456-0.13530.07170.46930.07170.140249.699618.0470.6501
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1RESSEQ 2:61
2X-RAY DIFFRACTION2RESSEQ 67:261
3X-RAY DIFFRACTION3RESSEQ 263:323

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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