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- PDB-3rkq: NKX2.5 Homeodomain dimer bound to ANF-242 DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rkq
タイトルNKX2.5 Homeodomain dimer bound to ANF-242 DNA
要素
  • (ANF-242 DNA) x 2
  • Homeobox protein Nkx-2.5
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Helix-turn-Helix / DNA binding / Nucleus / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Nkx-2.5 complex / Purkinje myocyte differentiation / right ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / septum secundum development / proepicardium development / pulmonary myocardium development / cardiac ventricle formation / apoptotic process involved in heart morphogenesis / atrioventricular node cell fate commitment / bundle of His development ...Nkx-2.5 complex / Purkinje myocyte differentiation / right ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / septum secundum development / proepicardium development / pulmonary myocardium development / cardiac ventricle formation / apoptotic process involved in heart morphogenesis / atrioventricular node cell fate commitment / bundle of His development / atrial cardiac muscle cell development / ventricular cardiac myofibril assembly / atrioventricular node cell development / embryonic heart tube left/right pattern formation / positive regulation of cardioblast differentiation / atrial cardiac muscle tissue development / positive regulation of heart contraction / atrioventricular node development / ventricular cardiac muscle cell development / regulation of cardiac muscle cell proliferation / atrial septum morphogenesis / Physiological factors / negative regulation of myotube differentiation / cardiac conduction system development / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / pharyngeal system development / positive regulation of sodium ion transport / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / outflow tract septum morphogenesis / cardiac muscle tissue morphogenesis / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / heart trabecula formation / adult heart development / embryonic heart tube development / aortic valve morphogenesis / cardiac muscle cell development / Cardiogenesis / cardiac muscle cell proliferation / epithelial cell apoptotic process / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / DNA-binding transcription activator activity / ventricular septum morphogenesis / heart looping / cardiac septum morphogenesis / thyroid gland development / hemopoiesis / regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cardiac conduction / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / vasculogenesis / heart morphogenesis / cardiac muscle contraction / spleen development / epithelial cell differentiation / positive regulation of neuron differentiation / epithelial cell proliferation / positive regulation of epithelial cell proliferation / protein-DNA complex / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / sequence-specific double-stranded DNA binding / heart development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / cell differentiation / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A ...Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Homeobox protein Nkx-2.5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Genis, C. / Scone, P. / Kasahara, H. / Nam, H.-J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of the human NKX2.5 homeodomain in complex with DNA target.
著者: Pradhan, L. / Genis, C. / Scone, P. / Weinberg, E.O. / Kasahara, H. / Nam, H.J.
履歴
登録2011年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月14日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Homeobox protein Nkx-2.5
B: Homeobox protein Nkx-2.5
C: ANF-242 DNA
D: ANF-242 DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9345
ポリマ－25,9104
非ポリマー241
水3,063170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5080 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area13490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.450, 71.450, 94.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Homeobox protein Nkx-2.5 / Cardiac-specific homeobox / Homeobox protein CSX / Homeobox protein NK-2 homolog E


分子量: 7129.262 Da / 分子数: 2 / 断片: Homeodomain, UNP residues 138-194 / 変異: C193S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NKX2-5, CSX, NKX2.5, NKX2E / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52952
#2: DNA鎖 ANF-242 DNA


分子量: 5916.819 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 ANF-242 DNA


分子量: 5734.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 50mM Tris pH 7.0, 5mM MgCl2, 15% polyethylene glycol monomethyl ether 550 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月1日
放射モノクロメーター: Si (III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→40 Å / Num. all: 30032 / Num. obs: 29800 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→30.94 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 103 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 1266 4.2 %Random
Rwork0.2109 28272 --
obs-29538 98.4 %-
溶媒の処理Bsol: 40.8257 Å2
原子変位パラメータBiso max: 50.87 Å2 / Biso mean: 22.9407 Å2 / Biso min: 3.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.227 Å20 Å20 Å2
2---1.227 Å20 Å2
3---2.453 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→30.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数998 773 1 170 1942
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.0231.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.7842
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.5722
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.6552.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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