PDB-3rkp: Crystal structure of BcpA*(D312A), the major pilin subunit of Bac...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rkp

タイトル

Crystal structure of BcpA*(D312A), the major pilin subunit of Bacillus cereus

要素

Collagen adhesion protein

キーワード

CELL ADHESION / intramolecular amide bond / jelly-roll / Ig / pilin subunit

機能・相同性

機能・相同性情報

membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus cereus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.243 Å

データ登録者

Hendrickx, A.P. / Poor, C.B. / Jureller, J.E. / Budzik, J.M. / He, C. / Schneewind, O.

引用

ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2012
タイトル: Isopeptide bonds of the major pilin protein BcpA influence pilus structure and bundle formation on the surface of Bacillus cereus.
著者: Hendrickx, A.P. / Poor, C.B. / Jureller, J.E. / Budzik, J.M. / He, C. / Schneewind, O.

履歴

登録	2011年4月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年7月25日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rkp.cif.gz	288 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rkp.ent.gz	235.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rkp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3rkp_validation.pdf.gz	431.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3rkp_full_validation.pdf.gz	440.5 KB	表示
XML形式データ	3rkp_validation.xml.gz	27.2 KB	表示
CIF形式データ	3rkp_validation.cif.gz	37.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/3rkp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/3rkp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3kptS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3kpt-1 7jnh-d 3kpt-2 1290 6qd6-9 1bp1-d 3qe5-2 5e6w-d 1293 1291 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Collagen adhesion protein

B: Collagen adhesion protein

78.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Collagen adhesion protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Collagen adhesion protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.862, 68.096, 97.251
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.73, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Collagen adhesion protein 分子量: 39233.578 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 163-515 / 変異: D312A, L182M, I261M, L357M, L426M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: ATCC 14579 / DSM 31 / 遺伝子: BC_2508 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q81D71
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.56 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5 20% PEG 10,000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月20日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.24→50 Å / Num. all: 41360 / Num. obs: 39085 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 2.24 / Observed criterion σ(I): 2.24 / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 16.96
反射シェル	解像度: 2.24→2.28 Å / R_merge(I) obs: 0.305 / Mean I/σ(I) obs: 2.68 / % possible all: 61.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	GUI (SSRL)	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3KPT

3kpt

解像度: 2.243→38.781 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 0 / 位相誤差: 34.85 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2547	1794	4.99 %	random
R_work	0.2104	-	-	-
obs	0.2127	35971	87.09 %	-
all	-	41303	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 39.213 Å² / k_sol: 0.324 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-10.5265 Å²	-0 Å²	-17.2745 Å²
2-	-	6.1389 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.3876 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.243→38.781 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5436	0	0	133	5569

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	5518
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.579	7462
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.963	2112
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	869
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	953

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2428-2.3035	0.423	84	0.3109	1557	X-RAY DIFFRACTION	52
2.3035-2.3712	0.3992	98	0.3258	1875	X-RAY DIFFRACTION	62
2.3712-2.4478	0.3899	111	0.3155	2117	X-RAY DIFFRACTION	71
2.4478-2.5352	0.3647	121	0.3025	2491	X-RAY DIFFRACTION	82
2.5352-2.6367	0.3761	122	0.2765	2603	X-RAY DIFFRACTION	86
2.6367-2.7567	0.3056	151	0.2507	2739	X-RAY DIFFRACTION	92
2.7567-2.902	0.3587	152	0.2454	2802	X-RAY DIFFRACTION	94
2.902-3.0837	0.2972	158	0.2483	2883	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0837-3.3217	0.3104	152	0.2424	2962	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3217-3.6558	0.263	148	0.2263	3003	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6558-4.1842	0.2337	155	0.1884	3032	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1842-5.2696	0.1948	176	0.1488	3033	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2696-38.7868	0.1876	166	0.1777	3080	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4011	0.221	-0.0335	0.7356	0.0154	1.7062	-0.0181	-0.5753	-0.128	-0.0301	0.1862	0.4356	0.1595	-0.1372	-0.1352	0.4061	0.0757	-0.1922	0.3415	-0.1449	0.6094	-89.5278	-12.9144	-33.1873
2	3.773	-1.2006	1.3983	1.7808	-0.7581	1.6885	-0.037	0.4469	0.3153	-0.4016	-0.178	0.0886	-0.0254	0.2438	0.1725	0.3943	0.0857	0.0126	0.2296	-0.0243	0.2052	-52.3647	-18.0251	-24.6753
3	2.6186	0.1269	0.9632	1.6055	-0.348	3.1331	0.3048	0.0996	-0.5804	0.0129	-0.188	-0.1828	0.0482	0.3455	-0.0751	0.1279	-0.0132	0.0508	0.1117	-0.0067	0.2295	-20.0735	-39.6734	-1.1825
4	3.5843	-1.1265	0.3031	1.0418	-0.8027	1.1432	-0.4584	-1.517	0.7787	0.4517	0.4729	-0.3219	-0.085	-0.1833	0.0542	0.5435	0.133	-0.4192	0.6764	-0.0583	0.7701	-74.2161	21.9343	-35.3982
5	2.7784	-0.9171	1.2978	1.8059	-1.4935	1.9579	-0.6293	0.1747	0.6613	-0.2164	0.2052	0.1415	-0.4612	-0.3049	0.3727	0.5485	0.0379	-0.193	0.3843	0.0062	0.437	-38.1438	12.8089	-25.4761
6	5.1388	-1.6942	0.5348	1.184	0.191	1.4949	-0.1232	-1.1893	-0.789	0.0891	0.1771	-0.1012	0.0044	0.1305	-0.0809	0.2442	0.0738	0.0582	0.5698	0.1686	0.51	-8.9165	-8.5249	1.6119

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resseq 166:267
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resseq 268:409
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resseq 410:515
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain B and resseq 166:267
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain B and resseq 268:409
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain B and resseq 410:514

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