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万見
- PDB-3rkd: Hepatitis E Virus E2s domain (Genotype I) in complex with a neutr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rkd
タイトルHepatitis E Virus E2s domain (Genotype I) in complex with a neutralizing antibody
要素
  • Capsid protein
  • Monoclonal Antibody, Heavy Chain
  • Monoclonal Antibody, Light Chain
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Hepatitis E virus capsid protein / neutralizing antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum / T=1 icosahedral viral capsid / host cell surface / host cell Golgi apparatus / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Hepatitis E virus structural protein 2 / Structural protein 2 nucleoplasmin-like domain / : / Structural protein 2 second domain / : / Structural protein 2 C-terminal domain / Viral coat protein subunit / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pro-secreted protein ORF2 / Pro-secreted protein ORF2
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis E virus (E 型肝炎ウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Tang, X.H. / Sivaraman, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Structural basis for the neutralization and genotype specificity of hepatitis E virus
著者: Tang, X.H. / Yang, C.Y. / Gu, Y. / Song, C.L. / Zhang, X. / Wang, Y.B. / Zhang, J. / Hew, C.L. / Li, S.W. / Xia, N.S. / Sivaraman, J.
履歴
登録2011年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年7月3日Group: Database references
改定 1.32017年10月25日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein
B: Capsid protein
L: Monoclonal Antibody, Light Chain
H: Monoclonal Antibody, Heavy Chain
C: Monoclonal Antibody, Light Chain
D: Monoclonal Antibody, Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,2706
ポリマ－127,2706
非ポリマー00
水13,709761
1
A: Capsid protein
L: Monoclonal Antibody, Light Chain
H: Monoclonal Antibody, Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6353
ポリマ－63,6353
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5260 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area24990 Å2
手法PISA
2
B: Capsid protein
C: Monoclonal Antibody, Light Chain
D: Monoclonal Antibody, Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6353
ポリマ－63,6353
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5320 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area24590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.479, 95.198, 108.305
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.31, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein / Protein ORF2 / pORF2


分子量: 15510.313 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 459-603 / 変異: Y532H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hepatitis E virus (E 型肝炎ウイルス)
遺伝子: ORF2 / プラスミド: pTO-T7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: B0VX51, UniProt: P33426*PLUS
#2: 抗体 Monoclonal Antibody, Light Chain


分子量: 23648.018 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: Myeloma Cell Line / 株: Sp2/0 Ag15
#3: 抗体 Monoclonal Antibody, Heavy Chain


分子量: 24476.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: Myeloma Cell Line / 株: Sp2/0 Ag15
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 761 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.29 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.1M HEPEPS, 0.4M KSCN, 0.4M NH4Cl, 18% PEG 3350, 5% w/v n-Dodecyl-beta-D-maltoside, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月17日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 112759 / 冗長度: 6.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GGQ and 1QBL

3ggq

1qbl


解像度: 1.9→20 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2169 9963 -RANDOM
Rwork0.1885 ---
obs-99759 87.9 %-
溶媒の処理Bsol: 45.6126 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 26.0299 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.016 Å20 Å20.947 Å2
2---1.124 Å20 Å2
3---1.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8772 0 0 761 9533
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.384

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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