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- PDB-3rjq: Crystal structure of anti-HIV llama VHH antibody A12 in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rjq
タイトルCrystal structure of anti-HIV llama VHH antibody A12 in complex with C186 gp120
要素
  • C186 gp120
  • Llama VHH A12
キーワードViral Protein/Immune system / Ig VH domain / anti-HIV / Viral Protein-Immune system complex
機能・相同性HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Beta Complex / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.601 Å
データ登録者Chen, L. / McLellan, J.S. / Kwon, Y.D. / Schmidt, S. / Wu, X. / Zhou, T. / Yang, Y. / Zhang, B. / Forsman, A. / Weiss, R.A. ...Chen, L. / McLellan, J.S. / Kwon, Y.D. / Schmidt, S. / Wu, X. / Zhou, T. / Yang, Y. / Zhang, B. / Forsman, A. / Weiss, R.A. / Verrips, T. / Mascola, J. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of anti-HIV A12 VHH of llama antibody in complex with C1086 gp120
著者: Chen, L. / McLellan, J.S. / Kwon, Y.D. / Schmidt, S. / Wu, X. / Zhou, T. / Yang, Y. / Zhang, B. / Forsman, A. / Weiss, R.A. / Verrips, T. / Mascola, J. / Kwong, P.D.
履歴
登録2011年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月13日Group: Database references
改定 1.22012年9月12日Group: Structure summary
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C186 gp120
B: Llama VHH A12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,98310
ポリマ－58,2132
非ポリマー1,7708
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4110 Å2
ΔGint23 kcal/mol
Surface area20000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.600, 66.600, 266.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 C186 gp120


分子量: 42324.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
#2: 抗体 Llama VHH A12


分子量: 15888.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ)
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 50 mM of KH2PO4, 24.2% PEG 8000, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.601→50 Å / Num. obs: 13406 / % possible obs: 68.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.601→23.473 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2988 659 4.92 %
Rwork0.2551 --
all0.26 --
obs0.2572 13402 68.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 68.266 Å2 / ksol: 0.263 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--33.1835 Å2-0 Å2-0 Å2
2---33.1835 Å2-0 Å2
3----15.7071 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.601→23.473 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3278 0 112 0 3390
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043470
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8834698
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4611264
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055529
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003593
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.601-2.80140.5101220.3566380X-RAY DIFFRACTION11
2.8014-3.08270.3464870.34761490X-RAY DIFFRACTION42
3.0827-3.52750.36051800.31153335X-RAY DIFFRACTION91
3.5275-4.43940.27881790.25043675X-RAY DIFFRACTION99
4.4394-23.47350.27351910.22033863X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8374-0.6084-1.04080.58950.65334.02280.59770.6023-0.0512-0.4281-0.06590.1225-0.5574-2.2135-0.19540.41950.43830.1651.47890.35190.23153.024823.566-36.4179
20.52650.0462-0.79870.1602-0.3622.10620.32560.6774-0.07940.0265-0.18580.4323-0.133-2.6376-0.03240.18610.08760.16972.34190.05710.4104-13.39216.1432-20.0504
30.24890.0316-0.09610.2396-0.00590.29890.26840.18070.22350.21010.25060.02590.4038-0.40110.75720.0912-0.7114-0.05530.5295-0.101-0.068616.17127.2438-12.1085
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 45:256 )A45 - 256
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 257:472 )A257 - 472
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 1:113 )B1 - 113

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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