ソフトウェア 名称 バージョン 分類 SBC-Collectデータ収集 HKL-3000データ収集 HKL-3000位相決定 SHELXS位相決定 MLPHARE位相決定 BUCCANEERモデル構築 PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化 HKL-3000データ削減 HKL-3000データスケーリング BUCCANEER位相決定
精密化 構造決定の手法 : 単波長異常分散 / 解像度 : 1.75→35.067 Å / SU ML : 0.16 / Isotropic thermal model : mixed / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / 立体化学のターゲット値 : MLHLRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.191 2709 5.08 % random Rwork 0.161 - - - all 0.163 53353 - - obs 0.163 53353 98.97 % -
溶媒の処理 減衰半径 : 0.95 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å / 溶媒モデル : FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol : 41.754 Å2 / ksol : 0.347 e/Å3 原子変位パラメータ Biso mean : 28.9 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -3.0228 Å2 -0 Å2 -1.4596 Å2 2- - 2.5798 Å2 0 Å2 3- - - 0.443 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.75→35.067 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 4129 0 13 447 4589
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal 数 X-RAY DIFFRACTION f_bond_d0.008 4426 X-RAY DIFFRACTION f_angle_d1.27 6042 X-RAY DIFFRACTION f_dihedral_angle_d15.433 1654 X-RAY DIFFRACTION f_chiral_restr0.105 647 X-RAY DIFFRACTION f_plane_restr0.007 818
LS精密化 シェル Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (7 x 19) 大きな表を隠す 解像度 (Å)Rfactor Rfree Num. reflection Rfree Rfactor Rwork Num. reflection Rwork Num. reflection obs % reflection obs (%)1.7501-1.7819 0.2489 136 0.2074 2416 2552 90 1.7819-1.8162 0.2337 147 0.2022 2632 2779 99 1.8162-1.8533 0.2289 151 0.1786 2651 2802 99 1.8533-1.8935 0.2093 146 0.175 2659 2805 99 1.8935-1.9376 0.2 146 0.1572 2696 2842 100 1.9376-1.986 0.1738 124 0.1479 2675 2799 100 1.986-2.0397 0.1855 134 0.1483 2702 2836 100 2.0397-2.0997 0.2043 146 0.1553 2679 2825 100 2.0997-2.1675 0.2009 150 0.1589 2673 2823 100 2.1675-2.245 0.2029 131 0.1595 2664 2795 100 2.245-2.3348 0.1959 166 0.1658 2655 2821 100 2.3348-2.4411 0.2237 132 0.1623 2700 2832 100 2.4411-2.5697 0.1903 131 0.176 2716 2847 100 2.5697-2.7307 0.2332 165 0.1749 2659 2824 100 2.7307-2.9414 0.2061 129 0.1766 2708 2837 100 2.9414-3.2372 0.1806 132 0.1727 2736 2868 100 3.2372-3.7052 0.1845 152 0.1486 2673 2825 100 3.7052-4.6665 0.1486 136 0.1356 2715 2851 100 4.6665-35.0741 0.1841 155 0.1658 2635 2790 95
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 11) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 0.7305 0.0277 -0.1433 0.465 -0.3226 0.7381 0.0009 0.0699 0.0717 -0.0051 0.003 0.0557 -0.0679 -0.1189 -0.0142 0.1713 0.0172 0.0062 0.1651 0.0133 0.1595 13.9595 60.2654 10.3534 2 0.6834 -0.0602 0.1724 1.0359 0.0825 0.4013 0.0458 -0.0023 -0.1161 0.0122 0.0189 0.1061 0.0412 -0.1458 -0.0335 0.1635 -0.022 -0.0063 0.2221 0.0222 0.1898 0.1172 39.5727 24.7314 3 0.5248 0.0062 0.0139 0.687 -0.1774 0.3951 0.0549 -0.0189 0.0078 -0.059 0.006 0.1072 -0.0172 -0.1256 -0.0275 0.1618 -0.003 -0.0018 0.1775 0.0095 0.1557 1.7845 47.2861 20.6683 4 0.3301 0.0484 -0.1173 0.3383 -0.0314 0.1918 -0.0377 0.1506 -0.0426 -0.0955 0.067 -0.0099 0.0269 0.0011 -0.0035 0.2194 -0.0256 0.015 0.2245 -0.0622 0.2075 31.4847 29.8158 6.6699 5 0.1653 0.2233 -0.02 0.5567 -0.0825 0.2367 -0.0879 0.1194 0.051 -0.056 0.0834 -0.0515 0.0663 0.043 -0.0184 0.1639 -0.0052 0.013 0.1833 -0.0253 0.222 33.312 35.7024 15.6052 6 0.5141 0.0078 -0.1309 0.2479 0.0308 0.4279 -0.0247 -0.0475 -0.1382 0.0173 0.0049 0.0463 0.0875 -0.0275 0.0211 0.1789 -0.0069 0.0003 0.1441 -0.0019 0.1828 22.1334 30.5137 20.4882 7 0.6466 0.016 -0.1141 0.4703 0.0398 0.4314 -0.0123 -0.0993 0.1058 -0.1065 0.0156 -0.0375 -0.0867 0.12 0.0075 0.1784 -0.0267 -0.0227 0.2027 0.0277 0.1812 39.1117 59.1368 13.1243 8 0.602 0.0445 -0.1587 0.558 -0.057 0.3667 -0.0298 0.1528 -0.0465 -0.1369 0.0347 -0.0618 -0.0331 0.1889 0.0124 0.188 -0.0475 -0.0093 0.1979 0.0191 0.1739 44.6067 54.1282 13.0479 9 0.401 0.1105 -0.106 0.8203 -0.0501 0.1375 -0.0126 0.0829 -0.0387 -0.2444 -0.0245 -0.0641 -0.0429 0.0754 0.0112 0.1916 -0.0345 -0.0207 0.1769 0.0156 0.1294 41.5671 53.0704 11.0149 10 0.2424 -0.2471 0.0961 0.3142 0.0064 0.2692 0.06 0.0772 -0.117 -0.0737 0.0129 0.0596 0.041 0.0654 0.079 0.179 -0.0089 -0.0006 0.1632 -0.0278 0.1848 45.5413 44.5313 9.5912 11 0.5987 0.2809 -0.1949 0.3506 -0.1582 0.3748 -0.0807 -0.118 -0.084 0.0284 0.0657 -0.0523 -0.0046 0.1152 0.0158 0.1568 -0.0013 -0.0094 0.1769 -0.0002 0.186 36.3787 44.1677 19.4413
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Selection details 1 X-RAY DIFFRACTION 1 chain 'A' and (resseq 29:147)2 X-RAY DIFFRACTION 2 chain 'A' and (resseq 148:215)3 X-RAY DIFFRACTION 3 chain 'A' and (resseq 216:287)4 X-RAY DIFFRACTION 4 chain 'B' and (resseq 29:47)5 X-RAY DIFFRACTION 5 chain 'B' and (resseq 48:70)6 X-RAY DIFFRACTION 6 chain 'B' and (resseq 71:147)7 X-RAY DIFFRACTION 7 chain 'B' and (resseq 148:167)8 X-RAY DIFFRACTION 8 chain 'B' and (resseq 168:200)9 X-RAY DIFFRACTION 9 chain 'B' and (resseq 201:232)10 X-RAY DIFFRACTION 10 chain 'B' and (resseq 233:248)11 X-RAY DIFFRACTION 11 chain 'B' and (resseq 249:287)