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- PDB-3rj1: Architecture of the Mediator Head module -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rj1

タイトル

Architecture of the Mediator Head module

要素

(Mediator of RNA polymerase II transcription subunit ...) x 7

キーワード

TRANSCRIPTION / Mediator / RNA polymeras II / Pol II / RNAP / Med / Head module / Mediator Head / regulator / Helical bundle / transcriptional regulation / RNA polymerase II / TBP / nucleus

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase II complex recruiting activity / TFIIH-class transcription factor complex binding / core mediator complex / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / mediator complex / termination of RNA polymerase II transcription / TFIID-class transcription factor complex binding / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 4.3 Å

データ登録者

Imasaki, T. / Calero, G. / Cai, G. / Tsai, K.L. / Yamada, K. / Cardelli, F. / Erdjument-Bromage, H. / Tempst, P. / Berger, I. / Kornberg, G.L. ...

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Architecture of the Mediator head module.
著者: Imasaki, T. / Calero, G. / Cai, G. / Tsai, K.L. / Yamada, K. / Cardelli, F. / Erdjument-Bromage, H. / Tempst, P. / Berger, I. / Kornberg, G.L. / Asturias, F.J. / Kornberg, R.D. / Takagi, Y.

履歴

登録	2011年4月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月2日	Group: Advisory / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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その他	その他のダウンロード

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文書・要旨	3rj1_validation.pdf.gz	576.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3rj1_full_validation.pdf.gz	636.3 KB	表示
XML形式データ	3rj1_validation.xml.gz	109.9 KB	表示
CIF形式データ	3rj1_validation.cif.gz	154.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/3rj1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/3rj1	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2hzm 2hzs
類似構造データ	4gwq-d 4gwp-d 4jhd-d 2hye-d 5wtj-d 6ucv-d 3ip3-d 3cl2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

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集合体

登録構造単位

A: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11

B: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17

C: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8

D: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22

E: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18

F: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20

G: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6

H: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11

I: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17

J: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8

K: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22

L: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18

M: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20

N: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6

O: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11

P: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17

Q: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8

R: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22

S: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18

T: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20

U: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6

ヘテロ分子

636 kDa, 21 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

A: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11

B: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17

C: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8

D: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22

E: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18

F: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20

G: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
212 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

H: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11

I: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17

J: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8

K: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22

L: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18

M: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20

N: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
212 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

O: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11

P: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17

Q: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8

R: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22

S: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18

T: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20

U: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
212 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	265.914, 265.914, 319.948
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7

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要素

-
Mediator of RNA polymerase II transcription subunit ... , 7種, 21分子 AHOBIPCJQDKRELSFMTGNU

#1: タンパク質	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11 / Mediator complex subunit 11 分子量: 15240.751 Da / 分子数: 3 / 変異: T16G, M17S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: MED11, YMR112C, YM9718.11C / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q99278
#2: タンパク質	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17 / Mediator complex subunit 17 / Suppressor of RNA polymerase B 4 分子量: 66912.102 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: SRB4, MED17, YER022W / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P32569
#3: タンパク質	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 / Mediator complex subunit 8 分子量: 25484.814 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: MED8, YBR193C, YBR1403 / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P38304
#4: タンパク質	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 / Mediator complex subunit 22 / Suppressor of RNA polymerase B 6 分子量: 14110.207 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: SRB6, MED22, YBR253W, YBR1721 / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P32570
#5: タンパク質	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18 / Mediator complex subunit 18 / Suppressor of RNA polymerase B 5 分子量: 31128.746 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: SRB5, MED18, YGR104C / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P32585
#6: タンパク質	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20 / Hyper-recombination suppressor protein 2 / Mediator complex subunit 20 / Suppressor of RNA polymerase B 2 分子量: 23105.650 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: SRB2, HRS2, MED20, YHR041C / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P34162
#7: タンパク質	Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6 / Mediator complex subunit 6 分子量: 33501.270 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: MED6, MTR32, YHR058C / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P38782

-
非ポリマー , 1種, 98分子

#8: 化合物	... ChemComp-SE / SELENIUM ATOM / セレン化水素分子量: 78.960 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 合成 / 式: Se

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詳細

配列の詳細	AUTHORS STATE THAT RESIDUES 1094-1101, 1028-1038, 1316-1323, 1619-1627, 1719-1727 OF MED17 ARE PART ...AUTHORS STATE THAT RESIDUES 1094-1101, 1028-1038, 1316-1323, 1619-1627, 1719-1727 OF MED17 ARE PART OF THE RESIDUE REGION 617-668, HOWEVER, THE IDENTITY OF THESE RESIDUES IS UNCLEAR. THE RESIDUES ARE DEFINED AS UNK (UNKNOWN RESIDUE) IN THE COORDINATES. N-TERMINUS 1-108 RESIDUES OF MED17 WERE DELETED, AND 10 X HIS-TAG WAS FUSED TO ITS N-TERMINUS. RESIDUES 109-140 OF MED18 WERE DELETED.

配列の詳細

AUTHORS STATE THAT RESIDUES 1094-1101, 1028-1038, 1316-1323, 1619-1627, 1719-1727 OF MED17 ARE PART ...

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 5.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 76.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 0.1 M Tris-HCl (pH 7.6) containing 10-12.5% (w/v) PEG-6K, and 0.4 M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97948 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月9日
放射	モノクロメーター: 23ID-B / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97948 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 4.3→50 Å / Num. all: 89531 / Num. obs: 89531 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 8.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 4.3→49.911 Å / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 73.84 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
詳細: Positions of Se were those used for phasing. Due to the resolution the side chains for MSE residues could not be modeled.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3726	4269	5.18 %
R_work	0.3451	-	-
obs	0.3477	82491	92.63 %
all	-	89531	-

溶媒の処理

減衰半径: 0 Å / VDWプローブ半径: 0.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 298.504 Å² / k_sol: 0.242 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.6587 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	2.6587 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.3174 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 4.3→49.911 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17847	0	98	0	17945

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	17766
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.544	24669
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.711	3513
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	3471
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	3513

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	468	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	H	468	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.001
1	3	O	468	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.001
2	1	B	1583	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	I	1583	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.119
2	3	P	1583	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.212
3	1	C	791	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	J	791	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0
3	3	Q	791	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.001
4	1	D	440	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
4	2	K	440	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0
4	3	R	440	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.001
5	1	E	1141	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
5	2	L	1141	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0
5	3	S	1141	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.001
6	1	F	1012	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
6	2	M	1012	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0
6	3	T	1012	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.001
7	1	G	514	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
7	2	N	514	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0
7	3	U	514	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.001

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
4.3-4.3741	0.3593	176	0.3219	3615	X-RAY DIFFRACTION	82
4.3741-4.4536	0.3325	208	0.3085	3610	X-RAY DIFFRACTION	82
4.4536-4.5391	0.3247	193	0.3142	3644	X-RAY DIFFRACTION	83
4.5391-4.6317	0.3345	179	0.319	3740	X-RAY DIFFRACTION	84
4.6317-4.7323	0.3379	188	0.3177	3753	X-RAY DIFFRACTION	85
4.7323-4.8423	0.3438	207	0.3096	3797	X-RAY DIFFRACTION	86
4.8423-4.9632	0.3324	214	0.3115	3783	X-RAY DIFFRACTION	86
4.9632-5.0973	0.3431	211	0.321	3832	X-RAY DIFFRACTION	87
5.0973-5.247	0.3678	191	0.3154	3839	X-RAY DIFFRACTION	87
5.247-5.4161	0.4014	193	0.3306	3876	X-RAY DIFFRACTION	87
5.4161-5.6094	0.3605	209	0.3286	3882	X-RAY DIFFRACTION	88
5.6094-5.8335	0.3829	209	0.3304	3898	X-RAY DIFFRACTION	88
5.8335-6.0984	0.3396	208	0.343	3963	X-RAY DIFFRACTION	89
6.0984-6.4191	0.3972	202	0.3471	3987	X-RAY DIFFRACTION	90
6.4191-6.8201	0.4086	212	0.3763	4090	X-RAY DIFFRACTION	91
6.8201-7.3446	0.3683	207	0.3972	4028	X-RAY DIFFRACTION	91
7.3446-8.08	0.4218	207	0.3868	4167	X-RAY DIFFRACTION	93
8.08-9.2407	0.3503	222	0.3525	4236	X-RAY DIFFRACTION	93
9.2407-11.6101	0.3659	220	0.3193	4251	X-RAY DIFFRACTION	94
11.6101-45.4617	0.4184	208	0.3994	4417	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1714	0.0511	0.1538	0.0538	0.1874	0.6932	0.532	-0.0242	-0.2708	-0.0013	-0.2043	-0.0892	0.5987	0.3109	0.2387	0.3802	0.0304	-0.0821	0.7401	0.4962	1.0935	-20.7549	115.3848	131.163
2	0.0033	0.0027	0.0009	0.0037	-0.0029	0.0044	0.0135	0.0165	0.0042	-0.1111	-0.0227	-0.0026	0.0047	-0.1014	-0	1.5087	-0.0547	0.0544	1.3996	0.0164	1.5665	-38.4003	125.3036	152.0138
3	0.0699	-0.011	0.0179	0.0492	-0.0349	0.1016	-0.0156	-0.0087	0.0043	0.1397	0.0411	0.0331	-0.0471	0.0116	0.0919	0.0131	0.3623	0.176	0.4541	0.6576	0.8859	-24.6747	124.5745	145.1036
4	0.013	0.0229	-0.0407	0.098	0.0553	0.0762	-0.0389	0.0845	0.0199	0.1793	-0.2472	-0.1176	0.0399	0.2426	0.0036	1.1291	0.3174	-0.646	1.2767	0.0328	1.6091	-0.0092	124.1131	119.2152
5	0.0141	-0.0073	-0.0027	0.0093	-0.0054	0.0136	0.0126	0.1028	0.0474	0.039	0.0241	-0.0039	0.0404	0.0408	-0.0005	0.7467	0.7466	-0.0002	1.5969	-0.3995	0.8848	24.6274	138.7625	100.8635
6	0.882	0.1425	0.2917	0.7963	-0.745	0.188	0.313	-0.8132	0.2156	1.4696	-0.4888	-0.1748	0.5845	0.2921	-0.0746	0.0282	0.667	-0.5057	0.6112	-0.3578	0.6142	-1.5998	120.6287	153.2054
7	0.0063	0.0076	0.0057	0.0087	-0.0057	0.0156	-0.2112	-0.0832	0.0412	0.2231	-0.0192	0.0189	0.0038	0.2874	-0	2.4967	-0.4916	0.2563	2.0514	-0.3771	2.1889	36.2697	149.5065	115.5516
8	1.1717	-0.16	0.1433	1.781	-1.633	1.5123	-0.6861	0.4929	0.4103	0.1791	-0.8007	-0.162	-0.242	0.1026	-1.1209	1.0549	-0.5131	-0.3661	0.648	-0.3251	0.8896	42.2563	130.8992	107.1051
9	0.0189	0.1111	0.0073	0.2319	0.0208	-0.0101	-0.7058	0.2531	-0.0556	0.0453	0.0556	-0.9508	-0.193	0.4611	-0.4217	0.7713	-0.423	-0.565	1.5823	-0.1552	1.6617	56.0128	125.556	95.6135
10	0.0071	0.0072	0.0184	-0.0021	-0.0016	0.0163	0.0094	0.042	-0.059	-0.0066	0.003	-0.0183	0.0944	0.1153	0.0312	1.3873	0.2834	0.6149	1.4489	0.1346	0.4682	-6.6523	102.0943	169.4124
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精密化 TLSグループ

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116	X-RAY DIFFRACTION	116	chain 'U' and (resseq 81:100)
117	X-RAY DIFFRACTION	117	chain 'U' and (resseq 101:190)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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