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- PDB-3riw: The Crystal Structure of Leishmania major Peroxidase mutant C197T -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3riw
タイトルThe Crystal Structure of Leishmania major Peroxidase mutant C197T
要素Ascorbate peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Alpha Helical Bundle / Heme Peroxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


iodide peroxidase activity / L-ascorbate oxidase activity / L-ascorbate peroxidase activity / stabilization of membrane potential / cytochrome-c peroxidase / cytochrome-c peroxidase activity / cytochrome-c oxidase activity / calcium ion homeostasis / reactive oxygen species metabolic process / response to reactive oxygen species ...iodide peroxidase activity / L-ascorbate oxidase activity / L-ascorbate peroxidase activity / stabilization of membrane potential / cytochrome-c peroxidase / cytochrome-c peroxidase activity / cytochrome-c oxidase activity / calcium ion homeostasis / reactive oxygen species metabolic process / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / mitochondrial intermembrane space / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / heme binding / negative regulation of apoptotic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Class I peroxidase / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase / Peroxidase ...Class I peroxidase / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase / Peroxidase / Peroxidase; domain 1 / Haem peroxidase superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / Cytochrome c peroxidase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania major (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Jasion, V.S. / Li, H. / Poulos, T.L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of Leishmania major Peroxidase and Characterization of the Compound I Tryptophan Radical.
著者: Jasion, V.S. / Polanco, J.A. / Meharenna, Y.T. / Li, H. / Poulos, T.L.
履歴
登録2011年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月27日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ascorbate peroxidase
B: Ascorbate peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,7798
ポリマ－61,3882
非ポリマー1,3916
水2,144119
1
A: Ascorbate peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3894
ポリマ－30,6941
非ポリマー6963
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ascorbate peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3894
ポリマ－30,6941
非ポリマー6963
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.819, 77.766, 160.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ascorbate peroxidase


分子量: 30693.791 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal catalytic domain (UNP residues 35-303) / 変異: C197T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア)
遺伝子: APX, LMJF_34_0070 / プラスミド: pPAL7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4Q3K2, L-ascorbate peroxidase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.21 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG3350, potassium chloride, calcium chloride, glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月20日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.369→35.426 Å / Num. obs: 23951 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 35.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 17.15
反射 シェル解像度: 2.38→2.42 Å / Rmerge(I) obs: 0.584 / Mean I/σ(I) obs: 3.08 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceIceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.37→35.426 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 16.232 / SU ML: 0.175 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.421 / ESU R Free: 0.259 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24056 1215 5.1 %RANDOM
Rwork0.17832 ---
obs0.1814 22558 98.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.754 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.64 Å20 Å20 Å2
2--0.47 Å20 Å2
3----1.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.37→35.426 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4263 0 90 119 4472
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0224466
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.462.0246070
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6265532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.67623.942208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.52215748
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.631528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2618
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213450
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6391.52664
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.324278
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5231802
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0544.51792
LS精密化 シェル解像度: 2.369→2.431 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 63 -
Rwork0.196 1476 -
obs--87.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4894-0.26480.45481.0505-0.40191.5025-0.0284-0.05430.01580.0584-0.0235-0.0494-0.12770.03330.05190.022-0.00540.01010.00910.00380.0299-18.312712.1201-27.3785
20.7627-0.1177-0.36321.2934-0.49792.1275-0.0565-0.0689-0.03290.15660.04280.02680.14770.04690.01370.05680.0074-0.00420.0544-0.0220.0261-17.921348.5785-10.8773
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A34 - 305
2X-RAY DIFFRACTION2B34 - 305

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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