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- PDB-3rim: Crystal structure of mycobacterium tuberculosis Transketolase (Rv... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rim
タイトルCrystal structure of mycobacterium tuberculosis Transketolase (Rv1449c)
要素Transketolase
キーワードTRANSFERASE / transketolase / mycobacterium / TPP
機能・相同性
機能・相同性情報


transketolase / transketolase activity / pentose-phosphate shunt / cell wall / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transketolase, bacterial-like / Transketolase family / Transketolase signature 1. / Transketolase, thiamine diphosphate binding domain / Transketolase binding site / Transketolase signature 2. / Transketolase, N-terminal / Transketolase, C-terminal domain / Transketolase, C-terminal domain / Rossmann fold - #920 ...Transketolase, bacterial-like / Transketolase family / Transketolase signature 1. / Transketolase, thiamine diphosphate binding domain / Transketolase binding site / Transketolase signature 2. / Transketolase, N-terminal / Transketolase, C-terminal domain / Transketolase, C-terminal domain / Rossmann fold - #920 / Transketolase-like, pyrimidine-binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase C-terminal/Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase domain II / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / Thiamin diphosphate-binding fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THIAMINE DIPHOSPHATE / Transketolase / Transketolase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Pojer, F. / Fullam, E. / Jones, T.A. / Cole, S.T.
引用ジャーナル: Open Biol / 年: 2012
タイトル: Structure and function of the transketolase from Mycobacterium tuberculosis and comparison with the human enzyme.
著者: Fullam, E. / Pojer, F. / Bergfors, T. / Jones, T.A. / Cole, S.T.
履歴
登録2011年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月20日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transketolase
B: Transketolase
C: Transketolase
D: Transketolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)305,20920
ポリマ－302,6744
非ポリマー2,53516
水7,386410
1
A: Transketolase
C: Transketolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,4218
ポリマ－151,3372
非ポリマー1,0836
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10810 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area43680 Å2
手法PISA
2
B: Transketolase
D: Transketolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,78912
ポリマ－151,3372
非ポリマー1,45210
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11940 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area43610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.530, 80.120, 130.100
Angle α, β, γ (deg.)82.20, 81.16, 66.37
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 10 - 695 / Label seq-ID: 10 - 695

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質
Transketolase / TK


分子量: 75668.562 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: tkt, Rv1449c, MT1496, MTCY493.05 / プラスミド: PET160 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: O06811, UniProt: P9WG25*PLUS, transketolase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / 3-[(4-アミノ-2-メチル-5-ピリミジニル)メチル]-4-メチル-5-[2-(ホスホノオキシホスフィナトオキシ)(以下略)


分子量: 425.314 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 410 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.88 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 17% PEG 10000, 0.1M ammonium acetate in 0.1M bis-tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月3日
放射モノクロメーター: Bartels Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.494→128.12 Å / Num. obs: 91429 / % possible obs: 96.62 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.49→2.64 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 2.77 / Num. unique all: 13701 / Rsym value: 0.431 / % possible all: 91.16

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: model of Rv1449c with E. coli transketolase (pdb entry 2r8o) as template

2r8o


解像度: 2.49→19.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.872 / SU B: 12.779 / SU ML: 0.277 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.01 / ESU R Free: 0.35 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2721 4579 5 %RANDOM
Rwork0.22298 ---
obs0.22544 86846 96.69 %-
all-91429 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.069 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.91 Å20.21 Å2-1.64 Å2
2--1 Å2-0.24 Å2
3----1.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→19.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21150 0 156 410 21716
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.02121868
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6341.95629835
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.23552786
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.55523.313990
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.625153269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.45815177
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.23283
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02117017
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5661.513778
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.064222035
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.57238090
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6034.57793
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
15202TIGHT POSITIONAL0.10.05
15202TIGHT THERMAL0.160.5
25194TIGHT POSITIONAL0.120.05
25194TIGHT THERMAL0.210.5
35202TIGHT POSITIONAL0.110.05
35202TIGHT THERMAL0.190.5
LS精密化 シェル解像度: 2.494→2.559 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 285 -
Rwork0.308 5639 -
obs--85.21 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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