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- PDB-3rig: Sirt5 is an NAD-dependent protein lysine demalonylase and desucci... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rig
タイトルSirt5 is an NAD-dependent protein lysine demalonylase and desuccinylase
要素
  • NAD-dependent deacetylase sirtuin-5
  • peptide of histone 3 thioacetyl-lysine 9
キーワードHYDROLASE / protein lysine demalonylase/desuccinylase / Zn-binding domain / Rossmann fold / Mitochondria
機能・相同性
機能・相同性情報


protein demalonylation / protein deglutarylation / regulation of ketone biosynthetic process / peptidyl-lysine demalonylation / protein desuccinylation / peptidyl-lysine desuccinylation / protein-glutaryllysine deglutarylase activity / protein-malonyllysine demalonylase activity / protein-succinyllysine desuccinylase activity / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity ...protein demalonylation / protein deglutarylation / regulation of ketone biosynthetic process / peptidyl-lysine demalonylation / protein desuccinylation / peptidyl-lysine desuccinylation / protein-glutaryllysine deglutarylase activity / protein-malonyllysine demalonylase activity / protein-succinyllysine desuccinylase activity / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / protein deacetylation / NAD-dependent histone deacetylase activity / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / NAD+ binding / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / Chromatin modifying enzymes / epigenetic regulation of gene expression / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / telomere organization / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / mitochondrion organization / response to nutrient levels / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / HDMs demethylate histones / mitochondrial intermembrane space / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / RMTs methylate histone arginines / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / HATs acetylate histones / gene expression / transferase activity / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / mitochondrial matrix / cadherin binding / protein heterodimerization activity / Amyloid fiber formation / protein-containing complex / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sirtuin, class III / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily ...Sirtuin, class III / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H3.1 / NAD-dependent protein deacylase sirtuin-5, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zhou, Y.
引用ジャーナル: Science / 年: 2011
タイトル: Sirt5 is a NAD-dependent protein lysine demalonylase and desuccinylase
著者: Du, J. / Zhou, Y. / Su, X. / Yu, J.J. / Khan, S. / Jiang, H. / Kim, J. / Woo, J. / Kim, J.H. / Choi, B.H. / He, B. / Chen, W. / Zhang, S. / Cerione, R.A. / Auwerx, J. / Hao, Q. / Lin, H.
履歴
登録2011年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月11日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent deacetylase sirtuin-5
B: NAD-dependent deacetylase sirtuin-5
C: peptide of histone 3 thioacetyl-lysine 9
D: peptide of histone 3 thioacetyl-lysine 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,4828
ポリマ－61,9374
非ポリマー5454
水3,171176
1
A: NAD-dependent deacetylase sirtuin-5
C: peptide of histone 3 thioacetyl-lysine 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2414
ポリマ－30,9682
非ポリマー2732
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1050 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area12980 Å2
手法PISA
2
B: NAD-dependent deacetylase sirtuin-5
D: peptide of histone 3 thioacetyl-lysine 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2414
ポリマ－30,9682
非ポリマー2732
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1000 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area13140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.538, 67.876, 156.749
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 NAD-dependent deacetylase sirtuin-5 / SIR2-like protein 5


分子量: 29674.795 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 34-302 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIR2L5, SIRT5 / プラスミド: pDEST-F1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 R2
参照: UniProt: Q9NXA8, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: タンパク質・ペプチド peptide of histone 3 thioacetyl-lysine 9


分子量: 1293.517 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: This human histone 3 N-terminal was chemically modified on residue lysine 9 with thioacetyl.
参照: UniProt: P68431*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸


分子量: 207.290 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.48 % / Mosaicity: 0.278 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 20% PEG 8000, 0.1M CHES, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.917 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.917 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 41492 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Χ2: 2.004 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.95-1.985.30.34620320.85699.7
1.98-2.025.70.28520320.854100
2.02-2.066.10.26620370.877100
2.06-2.16.50.23620540.977100
2.1-2.157.10.21720371.041100
2.15-2.27.40.19620701.09100
2.2-2.257.40.18720481.259100
2.25-2.317.40.16520271.299100
2.31-2.387.30.14920861.434100
2.38-2.467.40.14320181.581100
2.46-2.547.30.1320751.658100
2.54-2.657.30.12320601.902100
2.65-2.777.20.11420832.044100
2.77-2.917.20.10420682.219100
2.91-3.17.10.09620872.405100
3.1-3.3370.08720812.862100
3.33-3.676.90.08220903.369100
3.67-4.26.60.07521173.797100
4.2-5.296.20.07321524.21199.8
5.29-505.30.07122384.51597.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å41.55 Å
Translation2.5 Å41.55 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2B4Y

2b4y


解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / WRfactor Rfree: 0.271 / WRfactor Rwork: 0.228 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.784 / SU B: 10.826 / SU ML: 0.148 / SU R Cruickshank DPI: 0.213 / SU Rfree: 0.182 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 1950 5 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.221 38693 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 65.64 Å2 / Biso mean: 41.687 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2 Å2-0 Å20 Å2
2---0.47 Å2-0 Å2
3---0.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4084 0 28 176 4288
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0224270
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8561.9585799
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9295542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.57722.473186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.80115678
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1971539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2631
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213279
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0581.52666
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.79624293
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.73731604
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2824.51497
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 147 -
Rwork0.252 2682 -
all-2829 -
obs--99.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5055-0.4718-2.57351.05070.30052.860.13540.29460.122-0.0540.0030.0177-0.076-0.2637-0.13830.00820.0063-0.00350.273-0.01660.043410.135-9.315-18.227
23.75730.7791-0.9962.80052.89289.14120.69450.12060.8612-0.5444-0.0294-0.0306-1.674-0.43-0.66510.40520.06390.260.26330.05130.284521.2953.937-28.287
33.6545-1.29830.81614.179-1.42298.1595-0.2762-0.5617-0.0850.10160.6370.2858-0.058-2.3699-0.36090.07160.1405-0.01241.62140.31930.25773.252-7.098-47.571
42.07640.465-0.01740.8775-1.39624.57920.0174-0.0933-0.1259-0.1010.02890.01740.24210.1575-0.04630.02630.0096-0.03550.24320.00510.094326.723-7.125-62.857
51.6776-0.4311.66880.463-1.69078.1244-0.1359-0.4957-0.14090.10410.60510.2247-0.4692-2.2907-0.46930.06710.1154-0.01261.11130.2260.25084.846-4.837-55.859
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A36 - 274
2X-RAY DIFFRACTION2A275 - 302
3X-RAY DIFFRACTION3B36 - 59
4X-RAY DIFFRACTION4B74 - 229
5X-RAY DIFFRACTION5B230 - 302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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