PDB-3rhi: DNA-binding protein HU from Bacillus anthracis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rhi

タイトル

DNA-binding protein HU from Bacillus anthracis

要素

DNA-binding protein HU

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / protein HU / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

chromosome condensation / structural constituent of chromatin / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.48 Å

データ登録者

Osipiuk, J. / Makowska-Grzyska, M. / Hasseman, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: DNA-binding protein HU from Bacillus anthracis.
著者: Osipiuk, J. / Makowska-Grzyska, M. / Hasseman, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2011年4月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rhi.cif.gz	141.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rhi.ent.gz	114.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rhi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3rhi_validation.pdf.gz	452.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3rhi_full_validation.pdf.gz	458.6 KB	表示
XML形式データ	3rhi_validation.xml.gz	13.7 KB	表示
CIF形式データ	3rhi_validation.cif.gz	18.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/3rhi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/3rhi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2o97S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6j2y-d 2hkq-d 2kna-d 3w6v-d 4nyg-d 2gdi-1 3c2i-d 4nn1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP04601

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DNA-binding protein HU

B: DNA-binding protein HU

C: DNA-binding protein HU

D: DNA-binding protein HU

40.1 kDa, 4 ポリマー
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1

A: DNA-binding protein HU

B: DNA-binding protein HU

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20 kDa, 2 ポリマー
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2

C: DNA-binding protein HU

D: DNA-binding protein HU

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	123.984, 43.105, 85.141
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 125.65, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	DNA-binding protein HU 分子量: 10014.383 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Sterne / 遺伝子: BAS3574 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: E9QVF3, UniProt: A0A6L8Q3B5*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.7 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.1 M ammonium tartrate dibasic, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月24日

放射

モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.46→42.3 Å / Num. all: 13039 / Num. obs: 13039 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 8.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	% possible all
2.46-2.5	3.3	0.63	1.96	99.4
2.5-2.55	3.5	0.551		99.5
2.55-2.6	3.5	0.472		100
2.6-2.65	3.5	0.46		100
2.65-2.71	3.5	0.371		100
2.71-2.77	3.5	0.314		100
2.77-2.84	3.5	0.283		100
2.84-2.92	3.5	0.236		100
2.92-3	3.5	0.214		99.7
3-3.1	3.5	0.182		99.8
3.1-3.21	3.5	0.148		100
3.21-3.34	3.5	0.129		100
3.34-3.49	3.5	0.102		100
3.49-3.67	3.5	0.092		100
3.67-3.9	3.5	0.081		99.7
3.9-4.21	3.5	0.068		99.7
4.21-4.63	3.4	0.06		99.7
4.63-5.3	3.4	0.056		99.9
5.3-6.67	3.4	0.051		100
6.67-50	3.3	0.044		98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2O97

2o97

解像度: 2.48→42.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.899 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 27.954 / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.696 / ESU R Free: 0.344 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29229	639	4.9 %	RANDOM
R_work	0.22187	-	-	-
obs	0.22502	12353	97.6 %	-
all	-	12992	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.876 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.48 Å²	0 Å²	0.64 Å²
2-	-	1.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.48→42.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2631	0	0	5	2636

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	2664
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.615	1.964	3583
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.53	5	348
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.969	26.46	113
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	23.254	15	526
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.652	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	436
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1922
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.667	1.5	1731
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.287	2	2786
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.26	3	933
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.04	4.5	794
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.48→2.54 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.325	39	-
R_work	0.281	693	-
obs	-	-	74.24 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1217	0.5845	-1.3838	0.4973	0.3901	2.0973	0.0075	-0.1413	-0.0853	-0.1542	-0.0326	0.157	-0.0122	-0.0777	0.0251	0.3783	-0.0009	-0.0021	0.3687	0.0086	0.3132	22.2404	6.5848	16.7249
2	4.4151	0.4013	0.5229	1.2287	0.0328	2.3588	0.1064	-0.058	-0.1984	0.0308	-0.0314	0.0038	0.0625	-0.1885	-0.075	0.3625	-0.0198	0.0447	0.3527	0.0002	0.2901	22.7399	3.1012	11.2795
3	3.2276	1.5458	1.4219	1.9689	2.553	3.5506	-0.017	0.0669	-0.1019	-0.0643	0.1906	-0.105	-0.0418	0.2014	-0.1736	0.1507	-0.0006	0.0491	0.2306	-0.012	0.1445	-8.2756	-5.4142	16.7978
4	5.9104	1.8412	-1.107	3.5306	0.6857	2.6925	0.0296	-0.0216	-0.235	-0.0647	-0.0039	0.0276	0.0735	-0.1348	-0.0257	0.2116	-0.021	-0.0204	0.1205	0.0483	0.0504	-9.648	-1.7279	22.3805

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 90
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-1 - 90
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 90
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 90

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関連情報:EMDBヘッダ

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