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万見
- PDB-3rhc: Crystal structure of the holo form of glutaredoxin C5 from Arabid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rhc
タイトルCrystal structure of the holo form of glutaredoxin C5 from Arabidopsis thaliana
要素Glutaredoxin-C5, chloroplastic
キーワードOXIDOREDUCTASE / Thioredoxin fold / thiol-disulfide oxidoreductase / [2Fe-2S] cluster / glutaredoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


iron-sulfur cluster assembly / chloroplast
類似検索 - 分子機能
Glutaredoxin subgroup / Glutaredoxin, eukaryotic/virial / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Glutaredoxin domain profile. / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / GLUTATHIONE / Glutaredoxin-C5, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Roret, T. / Couturier, J. / Tsan, P. / Jacquot, J.P. / Rouhier, N. / Didierjean, C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Arabidopsis chloroplastic glutaredoxin c5 as a model to explore molecular determinants for iron-sulfur cluster binding into glutaredoxins.
著者: Couturier, J. / Stroher, E. / Albetel, A.N. / Roret, T. / Muthuramalingam, M. / Tarrago, L. / Seidel, T. / Tsan, P. / Jacquot, J.P. / Johnson, M.K. / Dietz, K.J. / Didierjean, C. / Rouhier, N.
履歴
登録2011年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月17日Group: Database references
改定 1.32011年12月14日Group: Non-polymer description
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutaredoxin-C5, chloroplastic
B: Glutaredoxin-C5, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7875
ポリマ－24,9972
非ポリマー7903
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2180 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area11170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.747, 111.747, 58.476
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Glutaredoxin-C5, chloroplastic / AtGrxC5


分子量: 12498.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: GRXC5, At4g28730, F16A16.160 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8GWS0
#2: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#3: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.24 %
結晶化温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES, 70 % MPD, pH 7.5, Microbatch, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8266 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: 111 SILICON SINGLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8266 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→27.99 Å / Num. obs: 10043 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.061

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Xnemoデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→27.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 7.1 / SU ML: 0.168 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.237 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2381 508 4.8 %RANDOM
Rwork0.18889 ---
all0.19126 10043 --
obs0.19126 10043 99.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.17 Å20.08 Å20 Å2
2--0.17 Å20 Å2
3----0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→27.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1589 0 44 29 1662
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0221654
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.192.0052229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5835201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.36824.61565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.57315310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9091510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2264
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211189
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.231.51004
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3121639
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4063650
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.8784.5588
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 40 -
Rwork0.243 740 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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