[日本語] English
万見
- PDB-3rgu: Structure of Fap-NRa at pH 5.0 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rgu
タイトルStructure of Fap-NRa at pH 5.0
要素Fimbriae-associated protein Fap1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / HELICAL BUNDLE / CELL WALL / PEPTIDOGLYCAN-ANCHOR / ADHESION / DENTAL CARIES / pH
機能・相同性
機能・相同性情報


pilus / cell adhesion / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF445 / Protein of unknown function (DUF445) / Serine-rich repeat adhesion glycoprotein / KxYKxGKxW signal peptide / KxYKxGKxW signal peptide / Immunoglobulin FC, subunit C / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces ...Protein of unknown function DUF445 / Protein of unknown function (DUF445) / Serine-rich repeat adhesion glycoprotein / KxYKxGKxW signal peptide / KxYKxGKxW signal peptide / Immunoglobulin FC, subunit C / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-glucopyranose / Fap1 adhesin / Fap1 adhesin
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus parasanguinis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Garnett, J.A. / Matthews, S.J.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2012
タイトル: Structural insight into the role of Streptococcus parasanguinis Fap1 within oral biofilm formation.
著者: Garnett, J.A. / Simpson, P.J. / Taylor, J. / Benjamin, S.V. / Tagliaferri, C. / Cota, E. / Chen, Y.Y. / Wu, H. / Matthews, S.
履歴
登録2011年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月1日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Fimbriae-associated protein Fap1
B: Fimbriae-associated protein Fap1
C: Fimbriae-associated protein Fap1
D: Fimbriae-associated protein Fap1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,0015
ポリマ－57,8214
非ポリマー1801
水724
1
A: Fimbriae-associated protein Fap1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4551
ポリマ－14,4551
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Fimbriae-associated protein Fap1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4551
ポリマ－14,4551
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Fimbriae-associated protein Fap1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6352
ポリマ－14,4551
非ポリマー1801
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Fimbriae-associated protein Fap1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4551
ポリマ－14,4551
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)121.885, 121.885, 117.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

#1: タンパク質
Fimbriae-associated protein Fap1


分子量: 14455.194 Da / 分子数: 4
断片: The alpha subdomain of the major non-repeat unit of Fap1 fimbriae, residues 184-299
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus parasanguinis (バクテリア)
株: FW213 / 遺伝子: fap1 / プラスミド: PRSETA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9ZFF9, UniProt: A1C3L3*PLUS
#2: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.9 M Na/K phosphate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293 K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.939 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.939 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→37.43 Å / Num. obs: 17284 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 102.925 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
3-3.164.40.3932.82502195.9
9.49-37.433.80.04918.5527181.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0104精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2kub

2kub


解像度: 3→37.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 12.49 / SU ML: 0.221 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.301 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24194 885 5.1 %RANDOM
Rwork0.22292 ---
obs0.22387 16333 93.72 %-
all-16333 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 82.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å20 Å20 Å2
2---0.13 Å20 Å2
3---0.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→37.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2538 0 12 4 2554
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222599
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4621.9993534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9675346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.49428.333108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.75315472
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.263157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2460
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211871
LS精密化 シェル解像度: 3→3.077 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.479 65 -
Rwork0.369 1078 -
obs--94.31 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る