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万見
- PDB-3rgi: Trans-acting transferase from Disorazole synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rgi
タイトルTrans-acting transferase from Disorazole synthase
要素DisD protein
キーワードTRANSFERASE / acyltransferase / acyl carrier protein malonyl CoA / acylation
機能・相同性
機能・相同性情報


[acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase activity / fatty acid biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
PfaD family protein / : / [Acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase, inserted helical domain / Malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase, FabD-type / : / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2 / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2 / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Acyl transferase ...PfaD family protein / : / [Acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase, inserted helical domain / Malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase, FabD-type / : / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2 / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2 / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Aldolase-type TIM barrel / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
[acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Sorangium cellulosum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å
データ登録者Khosla, C. / Mathews, I.I. / Wong, F.T. / Jin, X.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Structure and Mechanism of the trans-Acting Acyltransferase from the Disorazole Synthase.
著者: Wong, F.T. / Jin, X. / Mathews, I.I. / Cane, D.E. / Khosla, C.
履歴
登録2011年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月10日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DisD protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0721
ポリマ－31,0721
非ポリマー00
水5,386299
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.430, 54.140, 121.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DisD protein / DszD


分子量: 31071.570 Da / 分子数: 1 / 断片: transferase domain (UNP residues 1-286) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sorangium cellulosum (バクテリア)
株: So ce12 / 遺伝子: dszD, disD / プラスミド: pFW3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q4U443, [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.45 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 30% PEG3350, 40 mM ammonium acetate, 0.1 M Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.9761
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月27日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9761 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.51→33.9 Å / Num. all: 44785 / Num. obs: 44785 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.5 % / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 26.7
反射 シェル解像度: 1.51→1.55 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 2917 / Rsym value: 0.466 / % possible all: 86.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2G1H

2g1h


解像度: 1.51→32.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 2.312 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18175 2258 5 %RANDOM
Rwork0.16213 ---
obs0.16314 42520 97.73 %-
all-42520 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.843 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.33 Å20 Å20 Å2
2---0.39 Å20 Å2
3---0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.51→32.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2148 0 0 299 2447
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222199
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021538
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5111.9682970
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95833712
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0835283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.15622.871101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.24215362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.8991522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2321
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212506
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02479
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9021.51399
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2681.5577
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.58322222
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7873800
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5634.5747
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.51→1.549 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 133 -
Rwork0.204 2776 -
obs--86.84 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 32.7038 Å / Origin y: 28.2688 Å / Origin z: 15.6932 Å
111213212223313233
T0.0112 Å2-0.004 Å2-0.0002 Å2-0.0374 Å20.0065 Å2--0.0294 Å2
L0.3936 °20.0494 °2-0.0641 °2-1.6503 °20.741 °2--0.8389 °2
S-0.0406 Å °0.0135 Å °0.0074 Å °-0.1053 Å °0.0169 Å °0.0047 Å °-0.0203 Å °0.0354 Å °0.0237 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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