PDB-3rge: Crystal structure of the W5H mutant of human carbonic anhydrase II

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rge

タイトル

Crystal structure of the W5H mutant of human carbonic anhydrase II

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / zinc metalloenzyme / W5H mutation

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase activity / cyanamide hydratase / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.096 Å

データ登録者

Domsic, J.F. / Robbins, A.H. / McKenna, R.

引用

ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2011
タイトル: Structure and catalysis by carbonic anhydrase II: role of active-site tryptophan 5.
著者: Mikulski, R. / Domsic, J.F. / Ling, G. / Tu, C. / Robbins, A.H. / Silverman, D.N. / McKenna, R.

履歴

登録	2011年4月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rge.cif.gz	116.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rge.ent.gz	88.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rge.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3rge_validation.pdf.gz	415.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3rge_full_validation.pdf.gz	416.9 KB	表示
XML形式データ	3rge_validation.xml.gz	12.4 KB	表示
CIF形式データ	3rge_validation.cif.gz	17 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/3rge ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/3rge	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3rg3C 3rg4C 2iliS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1g46-d 1hug-d 2abe-d 5yuk-d 3gz0-d 3rg3-d 1rza-d 1cal-d 1cak-d 1if8-d 1g3z-d 1xev-4 1yo1-d 1azm-d 1can-d 4hf3-d 1g4j-d 1cvb-d 1h9q-d 1am6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.700, 41.510, 72.642
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.320, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / CA-II 分子量: 29241.000 Da / 分子数: 1 / 変異: W5H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.34 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1.2-1.4 M sodium citrate, 100 mM Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 298 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年12月30日 / 詳細: mirror

放射

モノクロメーター: Rigaku Varimax HR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.096→30 Å / Num. all: 12848 / Num. obs: 12580 / % possible obs: 87.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.6 % / B_iso Wilson estimate: 24.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Χ²: 1.043 / Net I/σ(I): 13

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.18	2.4	0.121	1322	1.014	1	90.9
2.18-2.26	2.4	0.119	1334	1.121	1	91
2.26-2.37	2.4	0.122	1319	0.99	1	91.4
2.37-2.49	2.5	0.109	1328	1.054	1	90.2
2.49-2.65	2.5	0.105	1300	1.066	1	90.3
2.65-2.85	2.6	0.113	1307	1.07	1	88.7
2.85-3.14	2.6	0.1	1285	1.058	1	87.8
3.14-3.59	2.6	0.101	1257	1.065	1	85.9
3.59-4.52	2.8	0.093	1232	1.023	1	83.1
4.52-30	2.8	0.092	1164	0.977	1	75.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7_650	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
CrystalClear		データ収集
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ILI

2ili

解像度: 2.096→20.755 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.7 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1876	642	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1411	-	-	-
obs	0.1434	12580	85.5 %	-
all	-	12848	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 47.015 Å² / k_sol: 0.381 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 82.11 Å² / B_iso mean: 20.4471 Å² / B_iso min: 2.1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.3337 Å²	-0 Å²	-1.4479 Å²
2-	-	-2.9988 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.4335 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.18 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.096→20.755 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2035	0	1	131	2167

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2110
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.795	2865
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	300
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	373
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.295	776

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.0961-2.2578	0.2021	125	0.1412	2420	2545	87
2.2578-2.4846	0.2244	133	0.1538	2425	2558	88
2.4846-2.8434	0.2281	134	0.1629	2446	2580	88
2.8434-3.5794	0.1955	122	0.1423	2376	2498	85
3.5794-20.756	0.1391	128	0.1229	2271	2399	79

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0101	0.0255	-0.0121	0.0655	-0.0293	0.0137	-0.024	0.0746	-0.0271	-0.0248	-0.0419	-0.0119	0.0271	0.0341	0.0012	0.0858	0.0004	0.0389	0.2161	-0.0366	0.2672	9.243	-4.892	14.9627
2	0.0298	-0.0614	-0.0168	0.1287	0.0274	0.0306	-0.0335	-0.0739	-0.0178	0.0556	0.0854	-0.0345	0.0256	0.0891	0.0229	0.0578	0.0053	-0.0049	0.0952	0.0033	0.0594	-3.0027	-3.7775	29.1907
3	0.0092	0.0029	0.0108	0.0165	0.0183	0.0283	-0.0515	-0.1374	0.0453	0.0045	0.0553	0.0196	-0.0325	-0.0683	-0.005	0.1052	0.0339	0.0294	0.1379	0.0213	0.096	-19.6838	4.2206	17.7736
4	0.0233	0.0297	0.0051	0.0377	-0.001	0.1145	-0.06	-0.005	0.019	0.0268	-0.0271	0.0519	-0.0783	-0.0552	-0.1173	0.0707	0.0053	-0.0006	-0.0869	0.0436	0.0355	-11.865	-0.6459	15.4439
5	0.0968	-0.0142	0.0666	0.0628	0.0082	0.1743	-0.0217	-0.024	0.0719	0.0234	-0.0175	-0.0557	-0.0723	0.0627	-0.0414	0.0315	-0.0609	-0.0402	-0.0263	-0.0156	0.0417	-9.3718	10.1115	19.1416
6	0.0092	-0.001	0.0157	0.0011	-0.0017	0.0322	0.0293	0.0266	-0.0477	-0.0378	0.0179	0.0264	0.0578	-0.0216	0.0693	0.0568	-0.0171	-0.0176	0.0481	-0.0106	0.0462	-16.0156	-7.1596	8.1871
7	0.0475	-0.0551	0.0204	0.0786	-0.0011	0.0792	0.0292	0.0048	0.0017	-0.0097	-0.0147	-0.0141	0.0307	-0.044	0.0015	0.0446	0.0035	0.0053	0.0632	0.0029	0.0451	-13.3417	-1.512	15.7483
8	0.0339	-0.0402	-0.0064	0.0461	0.0072	0.0008	0.031	0.0916	-0.0373	-0.1022	-0.0579	-0.0101	0.0474	0.0359	0.0101	0.1292	0.0155	0.0305	0.124	-0.0002	0.0568	-4.6983	-10.7638	0.9115
9	0.0948	0.0021	0.0474	0.0048	0.0057	0.0474	0.0229	-0.1128	-0.0348	0.0319	0.0219	-0.0346	0.0551	-0.0269	0.0054	0.0887	0.0185	0.0112	0.0988	-0.0029	0.0633	-4.892	-6.6548	23.0763

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 5:19)	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 20:39)	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 40:61)	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 62:115 or resseq 262)	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 116:140)	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 141:167)	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 168:219)	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 220:238)	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 239:261)	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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