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- PDB-3rga: Crystal structure of epoxide hydrolase for polyether lasalocid A ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rga
タイトルCrystal structure of epoxide hydrolase for polyether lasalocid A biosynthesis
要素Epoxide hydrolase
キーワードISOMERASE / NTF2-like / Epoxide-opening cyclic ether formation
機能・相同性
機能・相同性情報


異性化酵素; 分子内リアーゼ; - / antibiotic biosynthetic process / isomerase activity
類似検索 - 分子機能
SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FORMIC ACID / Chem-ILD / Chem-LSB / METHANOL / Epoxide hydrolase LasB / Epoxide hydrolase LasB
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces lasaliensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / MOLREP / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Hotta, K. / Mathews, I.I. / Chen, X. / Kim, C.-Y.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Enzymatic catalysis of anti-Baldwin ring closure in polyether biosynthesis
著者: Hotta, K. / Chen, X. / Paton, R.S. / Minami, A. / Li, H. / Swaminathan, K. / Mathews, I.I. / Watanabe, K. / Oikawa, H. / Houk, K.N. / Kim, C.-Y.
履歴
登録2011年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月28日Group: Database references
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epoxide hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,99913
ポリマ－30,4691
非ポリマー1,53112
水2,936163
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)117.850, 47.480, 62.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.11, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-428-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Epoxide hydrolase


分子量: 30468.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces lasaliensis (バクテリア)
遺伝子: lasB, lsd19 / プラスミド: pCold1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: B5M9L7, UniProt: B6ZK72*PLUS, 加水分解酵素; エーテル・チオエーテル加水分解酵素; エーテル加水分解酵素

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非ポリマー , 8種, 175分子

#2: 化合物 ChemComp-LSB / (4R,5S)-3-[(2R,3S,4S)-2-ethyl-5-[(3R)-2-ethyl-3-[2-[(2R,3R)-2-ethyl-3-methyl-oxiran-2-yl]ethyl]oxiran-2-yl]-3-hydroxy-4-methyl-pentanoyl]-4-methyl-5-phenyl-1,3-oxazolidin-2-one


分子量: 501.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H43NO6
#3: 化合物 ChemComp-ILD / (4R,5S)-3-[(2R)-2-{(2S,2'R,4S,5S,5'R)-2,5'-diethyl-5'-[(1S)-1-hydroxyethyl]-4-methyloctahydro-2,2'-bifuran-5-yl}butanoyl]-4-methyl-5-phenyl-1,3-oxazolidin-2-one


分子量: 501.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H43NO6
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-MOH / METHANOL / ヒドロキシメチリジンラジカル


分子量: 32.042 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4O
#7: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#8: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.31 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1M sodium acetate, 1.6M sodium formate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→29.45 Å / Num. all: 39256 / Num. obs: 39256 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 1.59→1.63 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 2827 / Rsym value: 0.941 / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: MOLREP
開始モデル: PDB Code 1E3V

1e3v


解像度: 1.59→29.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 3.23 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19236 1966 5 %RANDOM
Rwork0.17261 ---
obs0.17362 37291 97.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.576 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.52 Å20 Å2-0.04 Å2
2--0.32 Å20 Å2
3---0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.59→29.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2126 0 94 163 2383
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.022330
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021608
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7812.0153183
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9763.0023858
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1695300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.11521.73598
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.32515361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.6211530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2365
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212591
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02472
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.59→1.631 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 132 -
Rwork0.292 2616 -
obs--96.12 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 41.6734 Å / Origin y: 43.85 Å / Origin z: 7.684 Å
111213212223313233
T0.0118 Å2-0.0008 Å20.0071 Å2-0.0185 Å2-0.0048 Å2--0.0087 Å2
L1.1246 °20.1322 °20.2455 °2-0.8302 °20.1391 °2--1.3759 °2
S0.0278 Å °-0.0933 Å °0.0308 Å °0.0256 Å °0.0002 Å °-0.0359 Å °0.009 Å °0.098 Å °-0.028 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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