PDB-3rg4: Crystal structure of the W5F mutant of human carbonic anhydrase II

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rg4

タイトル

Crystal structure of the W5F mutant of human carbonic anhydrase II

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / zinc metalloenzyme / W5F mutation

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Domsic, J.F. / Robbins, A.H. / McKenna, R.

引用

ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2011
タイトル: Structure and catalysis by carbonic anhydrase II: role of active-site tryptophan 5.
著者: Mikulski, R. / Domsic, J.F. / Ling, G. / Tu, C. / Robbins, A.H. / Silverman, D.N. / McKenna, R.

履歴

登録	2011年4月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rg4.cif.gz	166.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rg4.ent.gz	132.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rg4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/3rg4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/3rg4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3rg3C 3rgeC 2iliS 3rg5 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6lv4-d 5sz0-d 4r59-d 1cim-d 3hkt-d 1cai-d 5amd-d 6yhb-d 1ugd-d 5sz6-d 1if9-d 6h6s-1 1g53-d 1kwq-d 3daz-d 3s76-d 4k0s-d 4r5a-d 1bnw-d 1h9n-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.683, 41.475, 72.651
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.400, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / CA-II 分子量: 29250.027 Da / 分子数: 1 / 変異: W5F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.24 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1.2-1.4 M sodium citrate, 100 mM Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 298 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年1月8日 / 詳細: mirror

放射

モノクロメーター: Rigaku Varimax HR optic / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→30 Å / Num. all: 35975 / Num. obs: 34955 / % possible obs: 89.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.086 / Χ²: 1.064 / Net I/σ(I): 17.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.5-1.55	2	0.253	3366	1.052	1	84.8
1.55-1.62	2	0.189	3437	1.083	1	86.6
1.62-1.69	2.1	0.149	3461	1.059	1	87.7
1.69-1.78	2	0.124	3535	1.056	1	88.4
1.78-1.89	2.1	0.103	3566	1.09	1	89.9
1.89-2.04	2.1	0.09	3619	1.077	1	90.1
2.04-2.24	2.1	0.087	3635	1.069	1	92
2.24-2.56	2.1	0.088	3761	1.043	1	93.4
2.56-3.23	2.1	0.083	3800	1.089	1	94.2
3.23-30	2	0.077	3795	1.021	1	92.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7_650	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
CrystalClear		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ILI

2ili

解像度: 1.5→20.737 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 14.91 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1659	1781	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1361	-	-	-
obs	0.1376	34955	88.06 %	-
all	-	35975	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.29 Å / VDWプローブ半径: 0.5 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 45.816 Å² / k_sol: 0.469 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 79.05 Å² / B_iso mean: 23.0573 Å² / B_iso min: 6.97 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.8443 Å²	-0 Å²	-0.1664 Å²
2-	-	-1.8516 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.4649 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→20.737 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2046	0	1	201	2248

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2186
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.272	2983
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	313
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	390
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.248	808

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5-1.5406	0.2629	135	0.2522	2259	2394	79
1.5406-1.5859	0.249	126	0.2025	2363	2489	82
1.5859-1.637	0.2116	134	0.1683	2361	2495	83
1.637-1.6955	0.2015	129	0.1582	2465	2594	85
1.6955-1.7634	0.2021	137	0.1421	2475	2612	86
1.7634-1.8436	0.1449	133	0.1292	2509	2642	88
1.8436-1.9407	0.1595	119	0.1211	2602	2721	89
1.9407-2.0622	0.1391	137	0.1212	2610	2747	90
2.0622-2.2213	0.152	143	0.1275	2625	2768	91
2.2213-2.4445	0.1674	146	0.1269	2681	2827	92
2.4445-2.7975	0.1667	139	0.1373	2731	2870	94
2.7975-3.5217	0.1665	152	0.1343	2749	2901	94
3.5217-20.7395	0.1453	151	0.1263	2744	2895	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.247	0.1474	0.0003	0.0998	-0.041	0.139	0.023	0.0626	-0.1946	0.0455	-0.0455	-0.2225	0.1133	0.1455	-0.0064	0.0872	0.0036	0.0245	0.1972	-0.0191	0.2285	8.4179	-2.7074	16.1211
2	0.3176	0.0213	0.2209	0.3599	0.011	0.6405	-0.1646	-0.2828	0.0092	0.1341	0.1619	-0.0369	0.0303	-0.0896	0.0118	0.1359	0.0214	0.0053	0.1839	0.0166	0.0874	-13.1202	-2.8668	31.263
3	0.4636	0.2165	0.0428	0.4359	0.0401	0.3717	-0.0046	0.0393	0.062	-0.0868	-0.0256	0.0538	-0.0648	-0.0206	0	0.1123	0.0073	-0.0111	0.0895	0.0081	0.1028	-14.2601	5.6079	11.6516
4	0.0596	-0.0345	-0.0127	0.0861	-0.0809	0.0671	-0.0202	-0.0337	-0.0861	0.0518	0.0401	-0.0112	0.1427	0.0573	-0	0.128	0.0003	0.007	0.0801	0.0071	0.119	-7.7419	-14.5462	19.3898
5	0.3777	0.0149	0.1405	0.0481	-0.1093	0.304	0.0171	-0.0274	0.0511	-0.0015	-0.0605	0.065	-0.0125	-0.0083	-0.0096	0.0995	-0.009	-0.003	0.0774	-0.0035	0.0922	-11.4355	4.2367	18.1141
6	0.0522	-0.0104	0.0238	0.0847	-0.0488	0.0726	-0.1653	0.1934	0.0067	-0.4643	0.1315	0.2539	0.1876	-0.1133	-0.0004	0.1788	-0.022	-0.0357	0.1559	-0.0019	0.1495	-15.7411	-6.3005	0.0443
7	0.3006	-0.0081	0.1971	0.3111	0.0007	0.1774	0.0238	0.1095	-0.0408	-0.1432	-0.0245	0.0565	0.0098	-0.0859	-0	0.1368	0.0156	-0.0058	0.1524	0.0192	0.1311	-17.8728	-1.3155	7.7802
8	0.176	-0.0622	0.1154	0.2092	0.0741	0.1469	-0.0245	-0.0606	-0.0038	-0.0119	0.0114	0.0118	-0.0028	-0.0029	-0	0.0921	-0.0106	0.0003	0.109	-0.0069	0.101	-10.4196	-2.0421	22.2659
9	0.2577	-0.2744	0.095	0.2141	-0.0991	0.1042	-0.0168	0.2871	-0.2756	-0.2255	-0.0111	-0.0668	0.1512	0.0439	0.002	0.177	-0.0035	0.0263	0.1805	-0.0147	0.1358	-5.1974	-11.122	1.1877
10	0.5506	-0.2061	0.3323	0.4993	-0.0786	0.1987	-0.0226	-0.1576	0.0163	0.0902	0.049	-0.0692	0.1638	0.0895	-0	0.1157	0.0005	0.0059	0.1296	-0.0077	0.1043	-5.3947	-6.5338	24.0418

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 4:24)	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 25:50)	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 51:97)	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 98:115)	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 116:154)	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 155:167)	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 168:190)	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 191:219)	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 220:238)	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resseq 239:261)	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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