PDB-3rfw: The virulence factor PEB4 and the periplasmic protein Cj1289 are ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rfw

タイトル

The virulence factor PEB4 and the periplasmic protein Cj1289 are two structurally-related SurA-like chaperones in the human pathogen Campylobacter jejuni

要素

Cell-binding factor 2

キーワード

CHAPERONE / SurA-like

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Campylobacter jejuni (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Kale, A. / Phansopa, C. / Suwannachart, C. / Craven, C.J. / Rafferty, J. / Kelly, D.J.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The virulence factor PEB4 and the periplasmic protein Cj1289 are two structurally-related SurA-like chaperones in the human pathogen Campylobacter jejuni
著者: Kale, A. / Phansopa, C. / Suwannachart, C. / Craven, C.J. / Rafferty, J. / Kelly, D.J.

履歴

登録	2011年4月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rfw.cif.gz	65 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rfw.ent.gz	46 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rfw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/3rfw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/3rfw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3rgc
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-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cell-binding factor 2

28.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cell-binding factor 2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.353, 91.595, 61.553
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.270, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Cell-binding factor 2 / Major antigen peb4A 分子量: 28420.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター) 遺伝子: cbf2, peb4A, Cj0596 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0PAS1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.8 % / Mosaicity: 0 °
結晶化	温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5 詳細: 0.1M succinate, 40% v/v Jeffamine, pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 280K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	Diamond	I02	1	0.978
			2	0.9800, 0.9803, 0.9745

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.978	1
2	0.98	1
3	0.9803	1
4	0.9745	1

Reflection

冗長度: 20.4 % / Av σ(I) over netI: 3.8 / 数: 277591 / R_sym value: 0.084 / D res high: 2.6 Å / D res low: 59.996 Å / Num. obs: 13585 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
8.22	45.9	99.4	1	0.078	0.078	19.9
5.81	8.22	100	1	0.053	0.053	21.3
4.75	5.81	100	1	0.056	0.056	21.2
4.11	4.75	100	1	0.056	0.056	21.5
3.68	4.11	100	1	0.074	0.074	21.4
3.36	3.68	100	1	0.094	0.094	21.5
3.11	3.36	100	1	0.116	0.116	21.7
2.91	3.11	100	1	0.166	0.166	21.7
2.74	2.91	100	1	0.291	0.291	20.9
2.6	2.74	100	1	0.507	0.507	15.2

反射

解像度: 2.199→45.797 Å / Num. all: 22275 / Num. obs: 22275 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 11.3 % / B_iso Wilson estimate: 41.7 Å² / R_sym value: 0.07 / Net I/σ(I): 20.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) all	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.2-2.32	11.4	0.464	0.443	1.4	36924	3238	0.138	0.464	0.443	5.7	100
2.32-2.46	11.6	0.254	0.242	3	35926	3099	0.074	0.254	0.242	7.9	100
2.46-2.63	11.6	0.18	0.172	4.1	33369	2881	0.053	0.18	0.172	10.9	100
2.63-2.84	11.5	0.13	0.124	5.4	30885	2693	0.039	0.13	0.124	15.4	100
2.84-3.11	11.4	0.082	0.079	7.8	28365	2487	0.025	0.082	0.079	22.2	100
3.11-3.48	11.4	0.065	0.062	9.5	25663	2252	0.019	0.065	0.062	29.4	100
3.48-4.02	10.9	0.064	0.061	9.6	21836	2005	0.019	0.064	0.061	35.7	100
4.02-4.92	10.2	0.059	0.056	10.4	17067	1670	0.019	0.059	0.056	38.7	100
4.92-6.96	11.8	0.054	0.051	10.9	15620	1324	0.016	0.054	0.051	41.4	100
6.96-45.797	8.8	0.055	0.051	11.8	5478	626	0.02	0.055	0.051	36.8	85.4

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2
3

Phasing MAD

D res high: 2.69 Å / D res low: 20 Å / FOM : 0.55 / 反射: 12185

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
3 wavelength	1	1	0.98	3.5	-7.8
3 wavelength	1	2	0.9803	4.96	-7.11
3 wavelength	1	3	0.9745	3.5	-5

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	60	0.024	0	0.156	1.446
2	Se	60	0.563	0.041	0.265	1.143
3	Se	60	0.883	0.086	0.253	0.977

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
9.07-20	0.8	644
5.94-9.07	0.83	1028
4.71-5.94	0.74	1280
4.02-4.71	0.69	1505
3.56-4.02	0.59	1681
3.23-3.56	0.49	1868
2.98-3.23	0.39	2023
2.78-2.98	0.29	2156

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.9	データスケーリング
SOLVE	2.13	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.2→39.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / WR_factor R_free: 0.289 / WR_factor R_work: 0.2495 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7905 / SU B: 5.556 / SU ML: 0.143 / SU R Cruickshank DPI: 0.209 / SU R_free: 0.1931 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2763	1139	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2341	-	-	-
obs	0.2362	21134	99.24 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 88.41 Å² / B_iso mean: 50.5122 Å² / B_iso min: 24.25 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.56 Å²	0 Å²	3.22 Å²
2-	-	0.68 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→39.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1905	0	0	144	2049

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	1934
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.11	1.959	2617
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.044	5	251
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.564	26.667	84
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.228	15	334
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	29.585	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	303
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.021	1445
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.557	1.5	1252
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.782	2	1998
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.758	3	682
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.393	4.5	619

LS精密化シェル

解像度: 2.199→2.256 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.356	78	-
R_work	0.356	1503	-
all	-	1581	-
obs	-	-	96.88 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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