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データベース: PDB / ID: 3rfw
タイトル
The virulence factor PEB4 and the periplasmic protein Cj1289 are two structurally-related SurA-like chaperones in the human pathogen Campylobacter jejuni
冗長度: 20.4 % / Av σ(I) over netI: 3.8 / 数: 277591 / Rsym value: 0.084 / D res high: 2.6 Å / D res low: 59.996 Å / Num. obs: 13585 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)
最低解像度 (Å)
% possible obs (%)
ID
Rmerge(I) obs
Rsym value
Redundancy
8.22
45.9
99.4
1
0.078
0.078
19.9
5.81
8.22
100
1
0.053
0.053
21.3
4.75
5.81
100
1
0.056
0.056
21.2
4.11
4.75
100
1
0.056
0.056
21.5
3.68
4.11
100
1
0.074
0.074
21.4
3.36
3.68
100
1
0.094
0.094
21.5
3.11
3.36
100
1
0.116
0.116
21.7
2.91
3.11
100
1
0.166
0.166
21.7
2.74
2.91
100
1
0.291
0.291
20.9
2.6
2.74
100
1
0.507
0.507
15.2
反射
解像度: 2.199→45.797 Å / Num. all: 22275 / Num. obs: 22275 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 41.7 Å2 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル
解像度 (Å)
冗長度 (%)
Rmerge(I) all
Rmerge(I) obs
Mean I/σ(I) obs
Num. measured all
Num. unique all
Rpim(I) all
Rrim(I) all
Rsym value
Net I/σ(I) obs
% possible all
2.2-2.32
11.4
0.464
0.443
1.4
36924
3238
0.138
0.464
0.443
5.7
100
2.32-2.46
11.6
0.254
0.242
3
35926
3099
0.074
0.254
0.242
7.9
100
2.46-2.63
11.6
0.18
0.172
4.1
33369
2881
0.053
0.18
0.172
10.9
100
2.63-2.84
11.5
0.13
0.124
5.4
30885
2693
0.039
0.13
0.124
15.4
100
2.84-3.11
11.4
0.082
0.079
7.8
28365
2487
0.025
0.082
0.079
22.2
100
3.11-3.48
11.4
0.065
0.062
9.5
25663
2252
0.019
0.065
0.062
29.4
100
3.48-4.02
10.9
0.064
0.061
9.6
21836
2005
0.019
0.064
0.061
35.7
100
4.02-4.92
10.2
0.059
0.056
10.4
17067
1670
0.019
0.059
0.056
38.7
100
4.92-6.96
11.8
0.054
0.051
10.9
15620
1324
0.016
0.054
0.051
41.4
100
6.96-45.797
8.8
0.055
0.051
11.8
5478
626
0.02
0.055
0.051
36.8
85.4
-
位相決定
位相決定
手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
3
Phasing MAD
D res high: 2.69 Å / D res low: 20 Å / FOM : 0.55 / 反射: 12185
Phasing MAD set
Clust-ID
Expt-ID
Set-ID
波長 (Å)
F double prime refined
F prime refined
3wavelength
1
1
0.98
3.5
-7.8
3wavelength
1
2
0.9803
4.96
-7.11
3wavelength
1
3
0.9745
3.5
-5
Phasing MAD set site
ID
Atom type symbol
B iso
Fract x
Fract y
Fract z
Occupancy
1
Se
60
0.024
0
0.156
1.446
2
Se
60
0.563
0.041
0.265
1.143
3
Se
60
0.883
0.086
0.253
0.977
Phasing MAD shell
解像度 (Å)
FOM
反射
9.07-20
0.8
644
5.94-9.07
0.83
1028
4.71-5.94
0.74
1280
4.02-4.71
0.69
1505
3.56-4.02
0.59
1681
3.23-3.56
0.49
1868
2.98-3.23
0.39
2023
2.78-2.98
0.29
2156
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
NB
SCALA
3.3.9
データスケーリング
SOLVE
2.13
位相決定
REFMAC
精密化
PDB_EXTRACT
3.1
データ抽出
精密化
構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→39.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / WRfactor Rfree: 0.289 / WRfactor Rwork: 0.2495 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7905 / SU B: 5.556 / SU ML: 0.143 / SU R Cruickshank DPI: 0.209 / SU Rfree: 0.1931 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.2763
1139
5.1 %
RANDOM
Rwork
0.2341
-
-
-
obs
0.2362
21134
99.24 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK