+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3rdd | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Human Cyclophilin A Complexed with an Inhibitor | ||||||
![]() | Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A | ||||||
![]() | ISOMERASE/ISOMERASE INHIBITOR / ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / negative regulation of viral life cycle / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Colliandre, L. / Ahmed-Belkacem, H. / Bessin, Y. / Pawlotsky, J.M. / Guichou, J.F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Fragment-based discovery of a new family of non-peptidic small-molecule cyclophilin inhibitors with potent antiviral activities. 著者: Ahmed-Belkacem, A. / Colliandre, L. / Ahnou, N. / Nevers, Q. / Gelin, M. / Bessin, Y. / Brillet, R. / Cala, O. / Douguet, D. / Bourguet, W. / Krimm, I. / Pawlotsky, J.M. / Guichou, J.F. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 48.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 32.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3r49C ![]() 3r4gC ![]() 3r54C ![]() 3r56C ![]() 3r57C ![]() 3r59C ![]() 3rcfC ![]() 3rcgC ![]() 3rciC ![]() 3rckC ![]() 3rclC ![]() 3rd9C ![]() 3rdaC ![]() 3rdbC ![]() 4j58C ![]() 4j59C ![]() 4j5bC ![]() 4j5cC ![]() 4j5dC ![]() 4j5eC ![]() 2cyhS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20293.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-EA4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.24 % |
---|---|
結晶化![]() | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM HEPES, 20% PEG10000, 5% ethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月18日 |
放射 | モノクロメーター: yale mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.14→35 Å / Num. all: 10210 / Num. obs: 10078 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 11.3 / 冗長度: 2.5 % / Rsym value: 0.057 |
反射 シェル | 解像度: 2.14→2.195 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Rsym value: 0.494 / % possible all: 97.2 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2CYH 解像度: 2.14→33.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 7.502 / SU ML: 0.187 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.256 / ESU R Free: 0.219 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.128 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.14→33.46 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.14→2.195 Å / Total num. of bins used: 20
|