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万見
- PDB-3rd9: Human Cyclophilin D Complexed with a Fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rd9
タイトルHuman Cyclophilin D Complexed with a Fragment
要素Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial
キーワードISOMERASE/ISOMERASE INHIBITOR / beta barrel / prolyl cis/trans isomerase / mitochondria / inhibitor / ISOMERASE-ISOMERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / negative regulation of oxidative phosphorylation uncoupler activity / mitochondrial outer membrane permeabilization involved in programmed cell death / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / skeletal muscle fiber differentiation / mitochondrial permeability transition pore complex / mitochondrial depolarization / cellular response to arsenic-containing substance / negative regulation of ATP-dependent activity / negative regulation of oxidative phosphorylation ...regulation of proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / negative regulation of oxidative phosphorylation uncoupler activity / mitochondrial outer membrane permeabilization involved in programmed cell death / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / skeletal muscle fiber differentiation / mitochondrial permeability transition pore complex / mitochondrial depolarization / cellular response to arsenic-containing substance / negative regulation of ATP-dependent activity / negative regulation of oxidative phosphorylation / regulation of mitochondrial membrane permeability / cyclosporin A binding / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / apoptotic mitochondrial changes / necroptotic process / protein peptidyl-prolyl isomerization / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to calcium ion / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / response to ischemia / cellular response to hydrogen peroxide / protein folding / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MSY / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Colliandre, L. / Ahmed-Belkacem, H. / Bessin, Y. / Pawlotsky, J.M. / Guichou, J.F.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Fragment-based discovery of a new family of non-peptidic small-molecule cyclophilin inhibitors with potent antiviral activities.
著者: Ahmed-Belkacem, A. / Colliandre, L. / Ahnou, N. / Nevers, Q. / Gelin, M. / Bessin, Y. / Brillet, R. / Cala, O. / Douguet, D. / Bourguet, W. / Krimm, I. / Pawlotsky, J.M. / Guichou, J.F.
履歴
登録2011年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2303
ポリマ－17,8701
非ポリマー3592
水7,332407
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.214, 57.214, 87.198
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11X-615-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial / PPIase F / Cyclophilin F / Rotamase F


分子量: 17870.400 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 43-207 / 変異: K175I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPIF, CYP3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30405, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物 ChemComp-MSY / 3-(3-methyl-5-oxo-4,5-dihydro-1H-pyrazol-1-yl)benzenesulfonamide / 1-[3-(アミノスルホニル)フェニル]-3-メチル-5(4H)-ピラゾロン


分子量: 253.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H11N3O3S
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 407 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.39 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 30% PEG4000, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月15日
放射モノクロメーター: yale mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→29.7 Å / Num. all: 27758 / Num. obs: 26731 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): 29.4 / 冗長度: 7.1 % / Rsym value: 0.049
反射 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 8.4 / Rsym value: 0.081 / % possible all: 79.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
X-PLORモデル構築
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BIT

2bit


解像度: 1.4→29.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 1.511 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.053 / ESU R Free: 0.056 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.14965 1414 5 %RANDOM
Rwork0.12169 ---
all0.123 27558 --
obs0.12306 26731 96.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.163 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å20 Å20 Å2
2--0.1 Å20 Å2
3----0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→29.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1240 0 24 407 1671
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0221334
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.02920
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1931.9711800
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8263.0012252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1915167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.5172455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.09115233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.398156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2196
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021471
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02266
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1840.2223
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1840.21017
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1740.2666
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.2626
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1050.2277
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1760.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1330.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1130.293
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3821.51043
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0931.5344
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.51321322
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.8213612
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.0524.5476
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.161 82 -
Rwork0.143 1491 -
obs--73.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6381-0.1924-0.14470.62990.01090.60570.01270.0598-0.0208-0.0564-0.01230.00510.0039-0.0045-0.0004-0.0528-0.0028-0.0043-0.04220.0025-0.04812.344114.033123.6715
247.10210.83268.9312.549713.818575.3092-0.28051.0953-0.3681-0.0406-0.53080.96740.59870.31240.81130.0030.00780.00790.0080.01180.00253.687718.182615.9095
3191.8365-1.66823.8342114.3139-121.0925149.6773-0.2030.73850.4624-0.2780.11180.7567-0.36940.04250.09120.0136-0.0039-0.00750.0092-0.00070.015718.958721.98656.0002
40.7913-0.1782-0.1680.75130.08740.69460.01010.0834-0.0118-0.0727-0.01310.01080.0097-0.020.0030.0363-0.008-0.00810.03890.00870.035412.407513.453922.8712
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1X44 - 207
2X-RAY DIFFRACTION2X301
3X-RAY DIFFRACTION3X302
4X-RAY DIFFRACTION4X401 - 807

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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