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万見
- PDB-3rby: Crystal structure of uncharacterized protein YLR301w from Sacchar... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rby
タイトルCrystal structure of uncharacterized protein YLR301w from Saccharomycces cerevisiae
要素Uncharacterized protein YLR301W
キーワードUNKNOWN FUNCTION / uncharacterized / beta-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


protein targeting to membrane / endoplasmic reticulum membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein HRI1, C-terminal domain / Protein HRI1, N-terminal domain / Protein Hri1 / Hri1, N-terminal / Hri1, N-terminal domain superfamily / Protein HRI1 / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Protein HRI1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.301 Å
データ登録者Kim, K.-H. / Kim, E.E.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Novel beta-structure of YLR301w from Saccharomyces cerevisiae.
著者: Kim, K.H. / Ahn, H.J. / Lee, W.K. / Lee, C. / Yu, M.H. / Kim, E.E.
履歴
登録2011年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月16日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein YLR301W
B: Uncharacterized protein YLR301W
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3659
ポリマ－55,3682
非ポリマー9977
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2700 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area22010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.320, 122.320, 174.001
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein YLR301W


分子量: 27683.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: YLR301W / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q05905
#2: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.72 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 33% PEGMME 550, 0.1M HEPES, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPAL/PLS 4A10.97939
シンクロトロンPAL/PLS 4A21
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 2101CCD2007年12月15日mirrors
ADSC QUANTUM 2102CCD2008年3月20日mirrors
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SADMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979391
211
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 34825 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 27.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.314 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.301→40.24 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2473 2000 5.87 %
Rwork0.2039 --
obs0.2064 34058 98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.953 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.8527 Å2-0 Å2-0 Å2
2--2.8527 Å20 Å2
3----5.7054 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.301→40.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3916 0 65 146 4127
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094080
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1995526
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.9831492
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088590
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005716
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.301-2.35860.31971390.265223398
2.3586-2.42230.31351390.25221797
2.4223-2.49360.29551400.2561224498
2.4936-2.57410.31461380.2442222998
2.5741-2.6660.26911410.2468225698
2.666-2.77280.30911410.2442224398
2.7728-2.89890.331400.2459226698
2.8989-3.05170.2811430.246228198
3.0517-3.24280.2891420.2369227799
3.2428-3.49310.2971450.2301232299
3.4931-3.84440.22691450.1968231699
3.8444-4.40010.19961450.1648233099
4.4001-5.54130.18331470.1567235798
5.5413-40.24570.22631550.1857248797

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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