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- PDB-5wrt: Crystal structure of type I inorganic pyrophosphatase from Toxopl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wrt
タイトルCrystal structure of type I inorganic pyrophosphatase from Toxoplasma gondii.
要素Soluble inorganic pyrophosphatase
キーワードHYDROLASE / PPi / PPase / novel interface
機能・相同性
機能・相同性情報


inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inorganic Pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase signature. / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase superfamily / Inorganic pyrophosphatase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
inorganic diphosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.348 Å
データ登録者Jamwal, A. / Yogavel, M. / Sharma, A.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology, Govt. of India インド
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of Apicomplexan Inorganic Pyrophosphatases
著者: Jamwal, A. / Yogavel, M. / Abdin, M.Z. / Jain, S.K. / Sharma, A.
履歴
登録2016年12月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Soluble inorganic pyrophosphatase
B: Soluble inorganic pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6706
ポリマ－53,5732
非ポリマー974
水4,071226
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2240 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area20510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.957, 88.957, 158.665
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-625-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 74 through 75 or (resid 76...
21(chain B and (resid 74 through 98 or (resid 99...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALTYRTYR(chain A and (resid 74 through 75 or (resid 76...AA74 - 751 - 2
12ARGARGARGARG(chain A and (resid 74 through 75 or (resid 76...AA763
13VALVALGLUGLU(chain A and (resid 74 through 75 or (resid 76...AA74 - 3081 - 235
14VALVALGLUGLU(chain A and (resid 74 through 75 or (resid 76...AA74 - 3081 - 235
15VALVALGLUGLU(chain A and (resid 74 through 75 or (resid 76...AA74 - 3081 - 235
16VALVALGLUGLU(chain A and (resid 74 through 75 or (resid 76...AA74 - 3081 - 235
17VALVALGLUGLU(chain A and (resid 74 through 75 or (resid 76...AA74 - 3081 - 235
21VALVALGLUGLU(chain B and (resid 74 through 98 or (resid 99...BB74 - 981 - 25
22ARGARGARGARG(chain B and (resid 74 through 98 or (resid 99...BB9926
23VALVALLEULEU(chain B and (resid 74 through 98 or (resid 99...BB74 - 3051 - 232
24VALVALLEULEU(chain B and (resid 74 through 98 or (resid 99...BB74 - 3051 - 232
25VALVALLEULEU(chain B and (resid 74 through 98 or (resid 99...BB74 - 3051 - 232
26VALVALLEULEU(chain B and (resid 74 through 98 or (resid 99...BB74 - 3051 - 232
27VALVALLEULEU(chain B and (resid 74 through 98 or (resid 99...BB74 - 3051 - 232

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要素

#1: タンパク質 Soluble inorganic pyrophosphatase


分子量: 26786.551 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 74-308 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
遺伝子: sPP1 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4VUZ3
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 10% PEG20000, 20 % glycerol, 0.03M glycols, 0.1 M HEPES/MOPS pH7.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.953 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.348→50 Å / Num. obs: 30191 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 38 % / CC1/2: 0.93 / Net I/σ(I): 104.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1-2575_1496精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.348→43.602 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2323 1890 6.66 %RANDOM
Rwork0.2041 26507 --
obs0.206 28397 91.42 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 76.34 Å2 / Biso mean: 38.1487 Å2 / Biso min: 20.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.348→43.602 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3729 0 4 226 3959
Biso mean--28.67 37.18 -
残基数----467
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053827
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9145198
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051551
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005684
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.8942290
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2184X-RAY DIFFRACTION10.198TORSIONAL
12B2184X-RAY DIFFRACTION10.198TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3479-2.40660.28081000.2751333143364
2.4066-2.47160.29481090.26541544165377
2.4716-2.54440.32151150.26361663177881
2.5444-2.62650.25841220.25711778190088
2.6265-2.72030.28031220.25291853197590
2.7203-2.82920.26891340.23391883201793
2.8292-2.9580.28551400.23151943208394
2.958-3.11390.25161420.22451966210896
3.1139-3.30890.22621470.21472028217598
3.3089-3.56430.2671520.20672042219498
3.5643-3.92280.23441470.18220502197100
3.9228-4.48990.1721480.160120792227100
4.4899-5.65490.1911500.171221222272100
5.6549-43.60980.20581620.190422232385100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -23.8851 Å / Origin y: -18.3103 Å / Origin z: -19.0658 Å
111213212223313233
T0.1919 Å2-0.0391 Å2-0.1009 Å2-0.2597 Å20.0557 Å2--0.2432 Å2
L2.8341 °2-0.1711 °2-1.0554 °2-0.5335 °20.084 °2--1.1738 °2
S-0.0969 Å °-0.1074 Å °0.0262 Å °-0.0168 Å °0.12 Å °0.0429 Å °0.0353 Å °-0.1685 Å °-0.0172 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA74 - 308
2X-RAY DIFFRACTION1allB74 - 305
3X-RAY DIFFRACTION1allS2 - 248
4X-RAY DIFFRACTION1allC1
5X-RAY DIFFRACTION1allD1
6X-RAY DIFFRACTION1allE1
7X-RAY DIFFRACTION1allF1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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