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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3rbi | ||||||
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タイトル | The Type III Crystal Structure of Streptococcus agalactiae Sortase C1 | ||||||
要素 | Sortase family protein | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Sortase fold / Beta-barrel / Class C sortase / Pili biogenesis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptococcus agalactiae serogroup V (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Khare, B. / Narayana, S.V.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2011 タイトル: Structural differences between the Streptococcus agalactiae housekeeping and pilus-specific sortases: SrtA and SrtC1. 著者: Khare, B. / Krishnan, V. / Rajashankar, K.R. / I-Hsiu, H. / Xin, M. / Ton-That, H. / Narayana, S.V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3rbi.cif.gz | 88 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3rbi.ent.gz | 67.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3rbi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3rbi_validation.pdf.gz | 450.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3rbi_full_validation.pdf.gz | 462.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3rbi_validation.xml.gz | 17.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3rbi_validation.cif.gz | 23.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rb/3rbi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rb/3rbi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25775.227 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 43-260 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae serogroup V (バクテリア) 株: SAG 2603V/R / 遺伝子: SAG0647, srtC1 (SAG0647) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1Blue / 参照: UniProt: Q8E0S7 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.36 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 100 mM calcium chloride, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→65.22 Å / Num. all: 12057 / Num. obs: 12026 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 11.3 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.248 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→65.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.842 / SU B: 16.633 / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.475 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 52.346 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→65.22 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1377 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
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