ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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PHENIX | | 精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.1 | データ抽出 | | HKL-2000 | | データ収集 | | HKL-2000 | | データ削減 | | HKL-2000 | | データスケーリング | | PHENIX | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3N1H 解像度: 1.755→33.846 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.8384 / SU ML: 0.22 / Isotropic thermal model: isotropic with tls / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2157 | 964 | 4.86 % | RANDOM |
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Rwork | 0.1921 | - | - | - |
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obs | 0.1933 | 19830 | 91.1 % | - |
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all | - | 21767 | - | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.614 Å2 / ksol: 0.305 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso max: 103.5 Å2 / Biso mean: 39.4593 Å2 / Biso min: 17.1 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 2.4901 Å2 | 0 Å2 | -0 Å2 |
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2- | - | 2.4901 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -4.9802 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.755→33.846 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1220 | 0 | 10 | 209 | 1439 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.007 | 1258 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1 | 1701 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.066 | 182 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.004 | 218 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d12.457 | 454 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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1.755-1.8475 | 0.3232 | 75 | 0.2822 | 1490 | 1565 | 52 | 1.8475-1.9633 | 0.2789 | 142 | 0.2259 | 2618 | 2760 | 90 | 1.9633-2.1148 | 0.2266 | 149 | 0.1891 | 2863 | 3012 | 98 | 2.1148-2.3276 | 0.2377 | 140 | 0.1914 | 2855 | 2995 | 97 | 2.3276-2.6643 | 0.2427 | 150 | 0.1953 | 2936 | 3086 | 100 | 2.6643-3.3562 | 0.2 | 161 | 0.1875 | 2965 | 3126 | 100 | 3.3562-33.8519 | 0.198 | 147 | 0.1868 | 3139 | 3286 | 99 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 5.9519 Å / Origin y: 25.5371 Å / Origin z: 14.7982 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0.1409 Å2 | 0.0013 Å2 | 0.0075 Å2 | - | 0.1312 Å2 | -0.0558 Å2 | - | - | 0.1398 Å2 |
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L | 2.6724 °2 | -0.7787 °2 | 0.4363 °2 | - | 1.4673 °2 | -0.3742 °2 | - | - | 1.6546 °2 |
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S | 0.0378 Å ° | 0.2087 Å ° | -0.2216 Å ° | -0.1365 Å ° | -0.0315 Å ° | 0.1263 Å ° | 0.1177 Å ° | 0.0349 Å ° | -0.0101 Å ° |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allA53 - 214 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allA1 - 2 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allA1 - 389 | | | | | | |
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