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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3r9v | ||||||
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タイトル | Cocrystal Structure of Proteolytically Truncated Form of IpaD from Shigella flexneri Bound to Deoxycholate | ||||||
要素 | Invasin ipaD | ||||||
キーワード | CELL INVASION / type III secretion system / tip protein / deoxycholate | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Barta, M.L. / Dickenson, N.E. / Picking, W.L. / Picking, W.D. / Geisbrecht, B.V. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2012 タイトル: Identification of the bile salt binding site on IpaD from Shigella flexneri and the influence of ligand binding on IpaD structure. 著者: Barta, M.L. / Guragain, M. / Adam, P. / Dickenson, N.E. / Patil, M. / Geisbrecht, B.V. / Picking, W.L. / Picking, W.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3r9v.cif.gz | 94 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3r9v.ent.gz | 69.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3r9v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r9/3r9v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r9/3r9v | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2j0oS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31659.391 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 39-322 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) 遺伝子: ipaD, CP0126 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18013 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.15 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.02M magnesium chloride hexahydrate, 0.1M HEPES, 22% (w/v) Poly(acrylic acid sodium salt) 5100, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月6日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal - liquid nitrogen cooled プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→45 Å / Num. all: 40352 / Num. obs: 39424 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.7 % / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 21.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.47 / Rsym value: 0.451 / % possible all: 82.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2J0O 解像度: 1.9→25.283 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.32 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.141 Å2 / ksol: 0.336 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→25.283 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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