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- PDB-3r8f: Replication initiator DnaA bound to AMPPCP and single-stranded DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r8f
タイトルReplication initiator DnaA bound to AMPPCP and single-stranded DNA
要素
  • 5'-D(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3'
  • Chromosomal replication initiator protein dnaA
キーワードREPLICATION ACTIVATOR/DNA / AAA+ ATPase / Replication Initiator / DNA Binding / REPLICATION ACTIVATOR-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA replication / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / DNA replication / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chromosomal Replication Initiator Protein Dnaa; Chain: A; / DnaA protein, C-terminal DNA-binding domain / Chromosomal replication control, initiator DnaA / Chromosomal replication initiator, DnaA C-terminal / Chromosomal replication control, initiator DnaA, conserved site / Bacterial dnaA protein helix-turn-helix / DnaA protein signature. / Bacterial dnaA protein helix-turn-helix domain / Chromosomal replication control, initiator DnaA-like / Chromosomal replication initiator protein DnaA ...Chromosomal Replication Initiator Protein Dnaa; Chain: A; / DnaA protein, C-terminal DNA-binding domain / Chromosomal replication control, initiator DnaA / Chromosomal replication initiator, DnaA C-terminal / Chromosomal replication control, initiator DnaA, conserved site / Bacterial dnaA protein helix-turn-helix / DnaA protein signature. / Bacterial dnaA protein helix-turn-helix domain / Chromosomal replication control, initiator DnaA-like / Chromosomal replication initiator protein DnaA / Bacterial DnaA ATPAse domain / Trp repressor/replication initiator / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / DNA / DNA (> 10) / Chromosomal replication initiator protein DnaA
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.366 Å
データ登録者Duderstadt, K.E. / Chuang, K. / Berger, J.M.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: DNA stretching by bacterial initiators promotes replication origin opening.
著者: Duderstadt, K.E. / Chuang, K. / Berger, J.M.
履歴
登録2011年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月19日Group: Database references
改定 1.22012年2月22日Group: Non-polymer description / Refinement description
改定 1.32012年3月28日Group: Database references
改定 1.42015年9月9日Group: Structure summary
改定 1.52023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromosomal replication initiator protein dnaA
B: Chromosomal replication initiator protein dnaA
C: Chromosomal replication initiator protein dnaA
D: Chromosomal replication initiator protein dnaA
E: 5'-D(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,28013
ポリマ－155,1615
非ポリマー2,1188
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.797, 114.219, 201.266
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN B AND NOT RESSEQ 255:265
211CHAIN A AND NOT RESSEQ 255:265
311CHAIN C AND NOT RESSEQ 255:265
411CHAIN D AND NOT RESSEQ 255:265

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要素

#1: タンパク質
Chromosomal replication initiator protein dnaA


分子量: 37861.984 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 76-399 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: aq_322, dnaA / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: O66659
#2: DNA鎖 5'-D(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3'


分子量: 3713.524 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.72 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 15-35 mM sodium cacodylate, pH 6.5, 26% 1,2-propanediol, 1-2% PEG2000 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月28日
放射モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.35→50 Å / Num. all: 32862 / Num. obs: 32862 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 85.47 Å2 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 3.35→3.47 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.612 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHENIX(phenix.automr)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2HCB

2hcb


解像度: 3.366→43.487 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2682 1663 5.07 %R-free set from PDB ENTRY 2HCB
Rwork0.249 ---
all0.2499 33228 --
obs0.2499 32803 98.46 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 66.672 Å2 / ksol: 0.306 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.1804 Å20 Å2-0 Å2
2--20.585 Å2-0 Å2
3----14.4046 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.366→43.487 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10472 252 128 22 10874
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00911529
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86414840
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.5574397
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431648
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031812
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11B2552X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12A2552X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.059
13C2552X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.056
14D2552X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.063
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.366-3.46480.41611300.38232438X-RAY DIFFRACTION94
3.4648-3.57650.3181240.32932573X-RAY DIFFRACTION100
3.5765-3.70430.28471460.27832589X-RAY DIFFRACTION100
3.7043-3.85250.28961250.27332587X-RAY DIFFRACTION100
3.8525-4.02770.31571380.27192598X-RAY DIFFRACTION100
4.0277-4.23990.25071500.2272596X-RAY DIFFRACTION100
4.2399-4.50530.22311450.22622606X-RAY DIFFRACTION99
4.5053-4.85280.23041330.20352600X-RAY DIFFRACTION99
4.8528-5.34030.24591510.20692605X-RAY DIFFRACTION99
5.3403-6.11130.34371500.28482610X-RAY DIFFRACTION99
6.1113-7.69260.30351380.27852634X-RAY DIFFRACTION98
7.6926-43.49070.21321330.21792704X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.13930.8747-1.01510.47220.99023.5563-0.1180.13140.06870.0426-0.17310.11480.0075-0.145-0.0010.37010.0811-0.00960.371-0.0930.3382-14.6757-16.397319.679
20.92571.39780.20351.21431.00323.9970.0711-0.07480.13330.1542-0.19340.11880.18780.080800.46410.0768-0.05090.4578-0.18610.4839-32.1692-2.124638.926
32.99891.93481.29251.07090.67691.59750.1704-0.0680.05780.1012-0.22590.0264-0.07260.047500.5288-0.0605-0.00610.4717-0.18050.5118-30.705311.864464.984
43.41860.8104-0.8330.6692-1.22022.0363-0.2894-0.0578-0.18840.0397-0.0456-0.1791-0.0063-0.138900.3624-0.05560.05010.4275-0.03460.4076-11.216926.113782.3417
50.7483-0.7457-0.26430.90020.52830.26990.1740.36-0.69170.0622-0.1903-0.0955-0.3332-0.5269-00.46610.05980.03480.7174-0.36490.6651-6.4129-35.3195-0.669
61.2756-0.655-0.13470.75320.74080.8708-0.59140.0122-0.0311-0.1745-0.05840.0070.26520.0676-0.00120.4938-0.04980.01670.6812-0.38870.6075-40.6837-20.657218.3254
70.71530.6056-0.00530.57940.1170.70560.25030.6179-0.0271-0.0205-0.61510.22410.2876-0.4439-00.6447-0.1750.17980.7024-0.46040.8355-51.1465-6.755256.5918
80.88081.18410.22631.25670.13570.63070.0253-0.16430.2782-0.6309-0.01410.46430.4594-1.157-00.6387-0.29120.00420.70670.0610.5328-31.35567.157190.835
91.77220.04370.02372.1181-2.05513.63460.6636-0.1458-0.1295-0.4947-1.1891-0.32390.49671.6215-0.26760.1196-0.0135-0.0120.0972-0.30720.6063-9.5168-57.428116.3206
101.42330.711-0.36640.7-0.57460.79860.3915-0.2321-0.4996-0.3403-0.9482-0.1713-0.6090.4811-0.0150.8161-0.16080.24660.7502-0.04360.9783-30.7741-43.05832.2968
110.03390.05560.16990.10150.1090.71810.23140.25140.30190.2215-1.02860.15540.4221-0.655-0.02191.7577-0.31420.13540.65460.01711.0636-34.1015-29.046558.9862
120.8919-0.92750.30770.2722-0.08980.01690.2032-0.25710.7898-0.2252-0.30690.32740.7809-0.2687-01.3809-0.1256-0.09340.85310.07781.0923-17.3476-14.875180.4037
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resseq 77:241A77 - 241
2X-RAY DIFFRACTION2chain B and resseq 77:241B77 - 241
3X-RAY DIFFRACTION3chain C and resseq 77:241C77 - 241
4X-RAY DIFFRACTION4chain D and resseq 77:241D77 - 241
5X-RAY DIFFRACTION5chain A and resseq 242:290A242 - 290
6X-RAY DIFFRACTION6chain B and resseq 242:290B242 - 290
7X-RAY DIFFRACTION7chain C and resseq 242:290C242 - 290
8X-RAY DIFFRACTION8chain D and resseq 242:290D242 - 290
9X-RAY DIFFRACTION9chain A and resseq 291:399A291 - 399
10X-RAY DIFFRACTION10chain B and resseq 291:399B291 - 399
11X-RAY DIFFRACTION11chain C and resseq 291:399C291 - 399
12X-RAY DIFFRACTION12chain D and resseq 291:399D291 - 399

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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