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- PDB-3r87: Crystal Structure of Orf6 protein from Photobacterium profundum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r87
タイトルCrystal Structure of Orf6 protein from Photobacterium profundum
要素Putative uncharacterized protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


thiolester hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase, active site / 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase family active site. / Acyl-CoA thioester hydrolase YbgC/YbaW family / Thioesterase-like superfamily / : / Thioesterase superfamily / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Photobacterium profundum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.05 Å
データ登録者Rodriguez-Guilbe, M.M. / Schreiter, E.R. / Baerga Ortiz, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structure, Activity, and Substrate Selectivity of the Orf6 Thioesterase from Photobacterium profundum.
著者: Rodriguez-Guilbe, M. / Oyola-Robles, D. / Schreiter, E.R. / Baerga-Ortiz, A.
履歴
登録2011年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月27日Group: Database references
改定 1.22013年3月6日Group: Database references
改定 1.32013年5月1日Group: Database references
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5631
ポリマ－15,5631
非ポリマー00
水2,000111
1
A: Putative uncharacterized protein

A: Putative uncharacterized protein

A: Putative uncharacterized protein

A: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2514
ポリマ－62,2514
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation9_554-x,-x+y,-z-1/31
crystal symmetry operation12_544x,x-y-1,-z-1/31
Buried area8940 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area21740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.370, 103.370, 64.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 15562.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Photobacterium profundum (バクテリア)
プラスミド: pGEX 4T-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 RIL / 参照: UniProt: Q93CG9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES monohydrate, 1.6M Magnesium sulfate heptahydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332, 0.9329
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年6月25日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.03321
20.93291
反射解像度: 1.05→52.44 Å / Num. all: 88811 / Num. obs: 88811 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.05→1.077 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.05→52.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / SU B: 0.563 / SU ML: 0.013 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.021 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16481 1893 2.1 %RANDOM
Rwork0.14888 ---
all0.14921 88811 --
obs0.14921 88811 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.555 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.63 Å20.31 Å20 Å2
2--0.63 Å20 Å2
3----0.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.05→52.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1076 0 0 111 1187
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0221195
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1621.9461641
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5435161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.2723.57156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.57915218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.43157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.2180
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.021919
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5571.5708
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.86121164
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.3013487
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.3334.5462
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.75631195
LS精密化 シェル解像度: 1.05→1.077 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 103 -
Rwork0.244 4841 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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